Un accord politique ayant été trouvé le 19 mai à l’occasion d’un sommet entre la Suisse et l’UE à Bruxelles, la Suisse et l’Union européenne ont signé les Accords bilatéraux II le 26 octobre à Luxembourg, après deux ans de négociations environ [25]. Ces accords concernent neuf dossiers différents : coopération dans les domaines de la justice, de la police, de l’asile et de la migration (Schengen/Dublin), fiscalité de l’épargne, lutte contre la fraude, produits agricoles transformés, environnement, statistique, culture (participation aux programmes européens de promotion du film MEDIA), pensions et éducation, formation professionnelle et jeunesse [26].

Le Conseil fédéral a décidé de soumettre les différents accords au parlement dans des arrêtés d’approbation distincts. Ils ont cependant été présentés dans un seul et même message [27]. Le Conseil fédéral a en outre proposé aux chambres une procédure d’approbation parlementaire accélérée, c’est-à-dire que le message et les accords pouvaient être traités par les deux conseils durant la même session.

Le Conseil fédéral a soumis sept accords au référendum facultatif (statistique, pensions, environnement, MEDIA, Schengen/Dublin, lutte contre la fraude, fiscalité de l’épargne), conformément à l’article 141 de la Constitution. Pour cela, il s’est fondé sur l’expertise juridique fournie par le groupe de travail interdépartemental « Procédure d’approbation des Bilatérales II » dirigé par l’Office fédéral de la justice. Le Conseil fédéral a finalement estimé qu’aucun de ces accords ne remplissait les critères constitutionnels (art.140 Cst.) du référendum obligatoire, dans la mesure où aucun de ceux-ci ne prévoyait l’adhésion à une organisation de sécurité collective ou à une communauté supranationale.

Les Accords bilatéraux II, paraphés le 25 juin, ont été mis en consultation suite à cela. Les résultats de la consultation ont montré que les milieux économiques, de même que la plupart des partis, organisations et associations étaient favorables à ceux-ci. Le soutien a été tout aussi large auprès des cantons. Une majorité de l’UDC a rejeté les accords, à l’exception de celui relatif à la fiscalité de l’épargne. L’Union démocratique fédérale (UDF) et l’Action pour une Suisse indépendante et neutre (ASIN) se sont également prononcées contre Schengen/Dublin, de même que les Démocrates suisses (DS), le Parti de la liberté et le PST/POP. Diverses associations de tir ont formulé des réserves par rapport à la révision de la loi sur les armes, nécessaire en vue d’une association à Schengen. Le Conseil fédéral a tenu compte de leurs principales revendications et a adapté en conséquence ses propositions en vue de la révision de la loi sur les armes [28].

Le Conseil fédéral a adopté, le 1er octobre, le message relatif aux Accords bilatéraux II. Le traitement du message et des accords a eu lieu en décembre au parlement. Le Conseil national a approuvé les accords à une forte majorité. Quant au Conseil des Etats, il les a acceptés à l’unanimité, à l’exception de l’accord d’association à Schengen/Dublin qui était davantage contesté. Ce dernier a néanmoins été accepté par 36 voix contre 3 au Conseil des Etats et par 129 voix contre 60 (dont une forte majorité de membres de l’UDC) au Conseil national [29].

Le référendum a été déposé par un Comité d'action suisse contre l'adhésion à Schengen/UE, un « Comité fédéral pour une Suisse neutre, souveraine et démocratique » et l’association « ProTell » (propriétaires suisses d’armes). Ce référendum, déposé uniquement contre l’accord d’association Schengen/Dublin, a été soutenu par l’UDC. Il a abouti en 2005 avec 86 732 signatures valables [30].