Le Conseil fédéral, dans un message de juin, a rejeté l’initiative populaire intitulée « Pour une conception moderne de la protection des animaux (Oui à la protection des animaux !) ». Selon le gouvernement, cette initiative demande des mesures de protection des animaux dont la plupart sont déjà contenues dans la loi sur la protection des animaux et d’autres violent des traités internationaux [56]. Le projet de révision de cette loi, proposé au parlement le 9 décembre 2002, garantit une protection moderne des animaux, selon le Conseil fédéral. Le traitement de ce projet avait en outre été suspendu jusqu’à remise du message du Conseil fédéral [57].

En septembre, la Commission de la science du Conseil des Etats a fait pourtant un pas en direction de l’initiative, en recommandant à ce dernier de renforcer les mesures en faveur des animaux dans la révision de la loi idoine. Le but recherché était que la Protection suisse des animaux (PSA) retire son initiative populaire. La présidente de la Commission, la vaudoise Christiane Langenberger (prd), a précisé que les initiants avaient laissé entendre qu’ils pourraient le faire s’ils obtenaient satisfaction sur des points qui leur tenaient à coeur. La Commission a en effet considéré avoir fait un pas significatif en leur direction en « améliorant nettement » le projet du Conseil fédéral relatif à la nouvelle loi sur la protection des animaux, qui doit servir de contre-projet à l’initiative. La Commission a ainsi soutenu l’idée qu’il fallait mettre l’accent sur la dignité des animaux et tenir compte de leur souffrance [58].

La réaction de la PSA ne s’est pas faite attendre. L’association a rapidement fait savoir qu’elle estimait que les corrections à la loi sur la protection des animaux proposées par la Commission de la science du Conseil des Etats étaient insuffisantes et ne permettaient de loin pas de garantir une protection moderne des animaux. Elle a également averti que si ses revendications, qui portent notamment sur la durée des transports du bétail et sur la castration des porcelets, n’étaient pas prises en compte, elle ne retirerait pas son initiative populaire [59]. Lors de sa session d’automne, le Conseil des Etats a débattu simultanément de la révision de la loi sur la protection des animaux et de l’initiative populaire « Pour une conception moderne de la protection des animaux (Oui à la protection des animaux !) ». Il a finalement rejeté cette dernière, mais s’est prononcé en faveur d’un renforcement de la loi par rapport au projet du Conseil fédéral, en suivant en grande partie les propositions de sa Commission. Le Conseil des Etats a notamment accepté d’interdire totalement la castration des porcelets à partir de 2009 [60].

A la fin de l’année, la Protection suisse des animaux a déposé une pétition munie de 82 676 signatures demandant que la Confédération interdise l’importation de peaux de chiens et de chats. Le député socialiste bernois Paul Günter a également déposé une motion à ce sujet au Conseil national [61].