Basé sur la nouvelle réglementation européenne, le transport de marchandises dangereuses pouvant polluer l’eau a été interdit le 1er mai 2004 sur les ferries naviguant sur le lac de Constance. Le Conseil fédéral a adapté en conséquence le règlement de la navigation sur le lac de Constance. Toutefois, le transport de très petites quantités pour l’usage privé reste possible [18].

La Commission de l’environnement, de l’aménagement et du territoire du Conseil national (CEATE-CN) a décidé de donner suite à une initiative de la CEATE-CE traitant du débit résiduel minimal des cours d’eau. Le projet veut flexibiliser des dérogations pour les débits résiduels dans la loi fédérale sur la protection des eaux, réglementer l’assainissement des débits résiduels pour les petites centrales hydrauliques dignes de protection, créer une réglementation dans la loi fédérale sur la protection des eaux pour réduire les atteintes aux cours d’eau dues aux écluses et préparer des mesures pour améliorer l’utilisation rentable de la force hydraulique. L’initiative de la CEATE-CE fait suite à une initiative parlementaire Epiney (pdc, VS). Celle-ci demandait la modification de la loi sur la protection des eaux, afin de permettre aux entreprises électriques hydrauliques d’augmenter leur production. Le démocrate-chrétien valaisan a toutefois retiré son initiative parlementaire en février 2004 [19].

En raison du programme d’économies 2003 voté par le parlement, le Conseil fédéral réduira ses activités dans le domaine des réservoirs. Cette mesure a nécessité les adaptations de la loi sur la protection des eaux et de l’ordonnance qui en découle. En consultation, le paquet législatif a été largement approuvé, seuls le PS et dix cantons ont rejeté le projet. Le Conseil fédéral a pris connaissance des résultats et a transmis aux Chambres le message et le projet de révision partielle de la loi. Les modifications proposées déchargent la Confédération des activités de haute surveillance, de coordination et de conseil dans les domaines des réservoirs, ainsi que de l’expertise–type des éléments d’installations. La Confédération maintiendra toutefois les principes essentiels du domaine des réservoirs (éviter, détecter et retenir les pertes de liquides des réservoirs), ainsi que les prescriptions concernant l’autorisation obligatoire et les mesures de protection. L’autorisation obligatoire cantonale est à présent limitée aux secteurs dans lesquels se trouvent des nappes d’eaux souterraines exploitables. La consultation a conduit à l’introduction, dans la loi sur la protection des eaux d’une notification obligatoire pour les installations de stockage de liquides de nature à polluer les eaux, qui ne sont pas soumises à autorisation. Le Conseil fédéral a également précisé que les installations destinées aux eaux usées et aux engrais de ferme ne sont pas soumises aux dispositions relatives à la manipulation de liquides de nature à polluer les eaux. Une disposition transitoire est prévue pour les réservoirs enterrés à simple paroi : ils pourront être maintenus en service jusqu’au 1er janvier 2015, après quoi ils devront être remplacés par des réservoirs à double paroi [20].

Le Conseil fédéral a émis un message à l’attention du parlement concernant la ratification du Protocole sur l’eau et la santé à la Convention de 1992 sur la protection et l’utilisation des cours d’eau transfrontalière et des lacs internationaux. Le Protocole est un accord destiné à promouvoir la protection de la santé en améliorant la gestion de l’eau et en luttant contre les maladies liées à l’eau. Il propose un concept d’organisation et de coopération renforcée entre les différentes autorités concernées par la gestion de l’eau, aussi bien à l’échelon national et local que dans un contexte transfrontière. Dans les deux ans suivant la date de ratification du Protocole, des objectifs à atteindre sont fixés. Chaque Partie devra fournir un rapport récapitulant les données qu’elle aura recueillies et évaluées [21].