Tous les membres du gouvernement sortant ont déposé leur candidature pour un mandat supplémentaire, à l’exception de la directrice des Finances, Martine Brunschwig Graf (pl), qui avait annoncé sa démission suite à son élection au Conseil national, et de Carlo Lamprecht (pdc), chef du Département de l’économie. Sur la liste de l’Entente bourgeoise figuraient les noms de quatre personnes: ceux des conseillers d’État Pierre-François Unger (pdc) et Micheline Spoerri (pl), celui de Mark Muller, qui voulait défendre le deuxième siège libéral, et celui de François Longchamp, président cantonal des radicaux, qui est entré en lice afin que son parti soit à nouveau représenté au gouvernement, après en avoir été exclu il y a quatre ans. Le démocrate-chrétien Pierre-Louis Portier, qui voulait défendre le deuxième siège de son parti au gouvernement, avait retiré sa candidature après la défaite du PDC aux élections au Grand Conseil. La gauche a fait campagne avec ses trois conseillers d’État Charles Beer (ps), Laurent Moutinot (ps) et Robert Cramer (pe), et, pour compléter la liste, le secrétaire du parti cantonal des Verts et membre du Grand Conseil, David Hiler. L’Union démocratique du centre s’est engagée avec deux candidats, dont le conseiller national André Reymond, tandis que le Mouvement des Citoyens genevois, un regroupement nationaliste d’anciens membres de presque tous les partis, a désigné Eric Stauffer comme candidat, après son succès aux élections au parlement.

À la mi-novembre, les citoyennes et citoyens genevois ont opté, avec un des taux de participation électorale les plus élevés depuis plus de soixante ans (45,9%), pour une majorité «verte-gauche» au Conseil d’État (au parlement, les partis bourgeois ont gardé une courte majorité). Le chef du Département de la santé, le démocrate-chrétien Pierre-François Unger, a obtenu le meilleur résultat, suivi par les deux écologistes, le directeur des transports Robert Cramer, et son colistier David Hiler. Viennent ensuite le radical François Longchamp, puis le chef du Département de l’éducation Charles Beer (ps), le libéral Mark Muller et l’autre socialiste à l’exécutif, le chef du Département des constructions, Laurent Moutinot. La libérale Micheline Spoerri n’a pas été réélue; la directrice du Département de la police a subi de vives critiques à cause de sa gestion des manifestations du G8 en 2003. C’est la deuxième fois de son histoire que le canton sera ainsi gouverné par une majorité de gauche (2 PE, 2 PS, 1 PDC, 1 PL, 1 PRD). En 1933, les socialistes l’avaient obtenue sous la direction de Léon Nicole, après que l’armée eut tiré sur des manifestants. Selon la presse, le bon résultat des écologistes symbolise le désaccord de la population genevoise avec la politique polarisée du canton; les Verts, qui ont gagné un deuxième siège, sont en effet perçus comme un parti à la politique pragmatique et éloigné de considérations purement idéologiques [8].