Ende September 2004 erklärte Finanzdirektor Christian Huber (svp) überraschend seinen Rücktritt. Weil er als Regierungsrat verschiedentlich Positionen habe vertreten müssen, die von der Haltung seiner Partei abwichen, sei er bei Mitgliedern der Parteileitung nicht nur auf kantonaler, sondern auch auf eidgenössischer Ebene auf Unverständnis gestossen und persönlich diffamiert worden. Noch bevor die SVP Nationalrat Toni Bortoluzzi als Kandidaten für die Nachfolge nominierte, schickte die CVP den Winterthurer Stadtrat (Exekutive) Hans Hollenstein ins Rennen, dem es 2003 nur knapp nicht gelungen war, den Sitz des damals zurückgetretenen Ernst Buschor (cvp) zu verteidigen. Als dritte Kandidatin bewarb sich die Parteipräsidentin der Grünen Schweiz, Ruth Genner, um das Amt. Während sich die FDP nach einigem Zögern für den Kandidaten der SVP aussprach, unterstützten SP, EVP und die von den Grünen abgesplitterten Grün-Liberalen Zürich (GLiZ) den Christlichdemokraten; damit anerkannten sie den Anspruch der Bürgerlichen auf den Regierungssitz, wollten der SVP aber für ihre Oppositionspolitik im Kantonsrat einen Denkzettel verpassen.

Im ersten Wahlgang von Ende Februar erreichte niemand das absolute Mehr. Bei einer Wahlbeteiligung von 33,6% konnte Hans Hollenstein (cvp) am meisten Stimmen auf sich vereinen (45%; der Wähleranteil der CVP beträgt 6,5%); er liess damit den Vertreter der stärksten Partei im Kanton (Wähleranteil: 30,3%), Toni Bortoluzzi (svp), hinter sich – dies sogar in dessen eigenem Bezirk Affoltern – Bortoluzzi erreichte 38% der Stimmen. Ruth Genner (gp) erhielt 14% der Stimmen und trat für den zweiten Wahlgang nicht mehr an. Aufgrund seines enttäuschenden Resultats gab auch Bortoluzzi seinen Verzicht bekannt. Für die Stichwahl nominierte die SVP den Klotener Stadtpräsidenten Bruno Heinzelmann. Im April wählten Zürcherinnen und Zürcher bei einer Stimmbeteiligung von 35,7% Hans Hollenstein (cvp) zum Nachfolger von Christian Huber (svp). Hollenstein, den nun auch die Grünen unterstützt hatten, erzielte fast doppelt so viele Stimmen (65%) wie Heinzelmann (34%), der trotz höherer Wahlbeteiligung weniger Stimmen erhielt als Bortoluzzi im ersten Gang. Damit gelang es der CVP, den 2003 verlorenen Sitz wieder zurückzuerobern, während die SVP nur noch mit einem Mitglied in der Zürcher Regierung vertreten ist; diese besteht nun aus 2 FDP, 2 SP, 1 CVP, 1 GLiZ und 1 SVP [15].