Après le sérieux revers subi par le programme d’armement 2004 lors de son examen par les chambres fédérales en fin d’année passée, ces dernières se sont saisies à nouveau de cet objet au début de l’année sous revue, sans pour autant que les divergences entre les conseils ne parviennent à s’aplanir. Refusé par le Conseil national fin 2004, l’achat de deux avions de transport de type CASA (pour un total de 109 millions de francs) a été approuvé au mois de janvier par la Commission de la politique de sécurité du Conseil des Etats (CPS-CE), par 9 voix contre 1. Les conseillers aux Etats ont d’ailleurs réitéré à la fin du mois de février, par 37 voix contre 3, leur soutien à l’acquisition des deux avions de transport, malgré l’opposition de quelques députés UDC. Transmis à nouveau au Conseil national, le dossier n’a pas trouvé les appuis nécessaires. Confirmant la position qu’elle avait tenu en novembre 2004, la Commission de la politique de sécurité du Conseil national (CPS-CN) a approuvé début mars l’achat en question par 14 voix contre 9, et proposé de se rallier ainsi à la décision du Conseil des Etats. Les conseillers nationaux se sont toutefois opposés derechef, contre l’avis de leur commission, à l’achat des deux avions de transport, par 91 voix contre 79. Socialistes, Verts et UDC se sont à nouveau alliés, pour des raisons cependant différentes – la gauche voulant que l’armée réalise plus d’économies, alors que l’UDC se positionnait contre toute coopération militaire internationale –, afin de refuser cet achat. Cela n’a pas empêché le Conseil des Etats de se prononcer quelques jours plus tard encore une fois en faveur de l’acquisition des avions contestés, sur avis de sa commission.

Le blocage, qui paraissait alors total, a été confirmé lors d’un nouvel examen de cet objet par le Conseil national. La majorité des députés (99 voix contre 81) s’est prononcée, pour la troisième fois consécutive, contre le crédit de 109 millions de francs destiné à l’achat des deux avions de transport CASA, la gauche et l’UDC confirmant leur précédente alliance. Envoyé dès lors en conférence de conciliation, plusieurs parlementaires, ainsi que Christophe Keckeis, le chef de l’armée, ont fait part de leurs inquiétudes quant à un rejet définitif du programme d’armement 2004. De conciliation il n’y a pourtant pas eu, puisque les chambres ne sont finalement pas parvenues à trouver un compromis pour voter le budget d’armement. La gauche et l’UDC se sont à nouveau alliées au Conseil national, afin de rejeter celui-ci (97 voix contre 82). L’objet a par conséquent été liquidé. Bien que Samuel Schmid, le chef du DDPS, se soit efforcé de dédramatiser cet échec, le rejet du programme d’armement 2004 constitue une première dans l’histoire parlementaire suisse. À ce titre, radicaux et démocrates-chrétiens n’ont pas manqué de critiquer très vivement l’attitude de la gauche et des démocrates du centre, les renvoyant fermement à leurs responsabilités. Comme pour se dédouaner, l’UDC a immédiatement déposé une motion au Conseil national, demandant au gouvernement de présenter, d’ici à la session parlementaire suivante, un programme d’armement allégé 2004bis dans lequel ne figureraient plus que les objets du programme 2004 n’ayant pas été contestés. Deux autres motions, déposées par le conseiller national Wasserfallen (prd, BE) et le conseiller aux Etats Maissen (pdc, GR), avaient le même objectif [32].

Le Conseil fédéral a présenté à la mi-avril son message relatif au programme d’armement 2004 modifié. La nouvelle mouture ne contenait que les éléments non contestés, pour un montant total de 409 millions de francs. Sur proposition de sa CPS, le Conseil national s’est prononcé en faveur de celle-ci par 109 voix contre 44, malgré la tentative de la gauche de couper encore dans ces achats, évoquant les difficultés financières de la Confédération. Les Verts, par la voix du député écologiste zougois Josef Lang, ont quant à eux demandé d’adopter un moratoire sur les achats d’armes, plaidant pour la promotion civile de la paix. Le Conseil des Etats a également donné son aval au programme d’armement 2004 révisé, par 33 voix contre 2. Ce dernier ne comprend finalement plus que l’intégration du système Data Link dans le système FLORAKO de surveillance aérienne, deux plate-formes de simulation de tir au laser, 105 000 casques de protection balistique et 49 containers de ravitaillement en carburant [33].