En mai, soit peu de temps avant l’examen de la loi sur la protection des animaux (LPA) par le Conseil national, une dizaine d’organisations de protection des animaux – qui soutenaient l’initiative populaire « Pour une conception moderne de la protection des animaux (Oui à la protection des animaux !) » – ont déclaré que la révision de la LPA proposée n’était pas assez sévère. Elles ont, à ce titre, réitéré un certain nombre d’exigences, afin de faire pression sur les députés: réglementation de la promenade des chiens, formation préalable pour les détenteurs d’animaux domestiques, inscription dans la loi de l’élevage en liberté pour les animaux de rente, limitation du transport d’animaux à six heures, autorisations pour la détention commerciale d’animaux sauvages pour des spectacles et des foires, etc. S’appuyant sur le cas du canton de Zurich, ces associations ont également demandé que chaque canton ait un avocat formé pour défendre les animaux dans des procédures pénales [43].

Le Conseil national, en tant que deuxième conseil, s’est saisi de la révision de la LPA au début du mois de juin. Avant même que les débats soient lancés, il était clair que l’initiative populaire n’avait aucune chance au parlement. En effet, même les Verts et les socialistes, alliés traditionnels de cette cause, jugeaient que cette initiative allait trop loin. Les deux partis soutenaient plutôt des améliorations de la LPA dans le cadre de la révision de celle-ci. Lors du débat au Conseil national, l’entrée en matière n’a pas souffert de contestation, les partis s’accordant sur la nécessité d’apporter des correctifs à des normes édictées en 1978, et parallèlement, à faire échouer l’initiative populaire, en proposant au peuple de préférer le contre-projet indirect, si cette dernière n’était pas retirée. Dans le débat d’entrée en matière, les parlementaires se sont accordés sur le fait que les animaux ne devraient pas être considérés comme des objets. Ils ont également fini par abandonner la notion de « créature », comme l’avait fait le Conseil des Etats, et ont maintenu celle de « dignité », déjà reconnue par la loi sur le génie génétique. Suite à ce premier débat, les oppositions entre la gauche et la droite n’ont pas manqué d’éclater: si la droite a majoritairement voulu s’en tenir au projet du Conseil fédéral, la gauche, alémanique surtout, a voulu aller plus loin. Les députés ont tout d’abord adopté, par 87 voix contre 71 et contre l’avis de Joseph Deiss, une modification de la déclaration sur les denrées alimentaires – qui avait été ajoutée à la LPA en commission –, qui stipulait que les denrées alimentaires issues de la production animale devraient être accompagnées à l’avenir d’une déclaration sur la provenance, la méthode de production et le mode de détention des animaux. L’interdiction d’importer des peaux de chats et de chiens, ainsi que des produits fabriqués à partir de celles-ci, a été adoptée par 96 voix contre 61 et contre l’avis du Conseil fédéral. Le Conseil national a en outre fixé à six heures la durée maximale pour le transport d’animaux et a reformulé des exigences pour éviter aux animaux des « contraintes graves », une autre divergence par rapport au Conseil des Etats. Une proposition encore plus restrictive à ce sujet, qui émanait des socialistes et des Verts, a toutefois été rejetée. Les députés ont également refusé d’obliger les cantons à nommer un avocat spécialisé dans la défense des animaux, comme le demandaient l’initiative populaire et une minorité au sein de la CSEC-CN. Quant à l’obligation d’anesthésier les animaux avant une intervention chirurgicale, elle a été confirmée (le problème se posant plus particulièrement dans le cas de la castration des porcelets). Adopté par 148 voix contre 8, le projet de révision de la LPA a été renvoyé au Conseil des Etats [44].

En deuxième lecture, le Conseil des Etats s’est rallié au Conseil national sur les questions de l’interdiction de l’importation de peaux de chiens et de chats, et de la durée des transports de bétail limitée à six heures. Il n’a en revanche pas voulu (27 voix contre 10) de l’obligation de déclarer la provenance, la méthode de production et le mode de détention des animaux pour les denrées alimentaires issues de la production animale. En ce qui concerne l’obligation d’anesthésier les animaux avant une interdiction chirurgicale à partir du 1er janvier 2009, proposée par le Conseil national, il s’en est distancé en permettant que le Conseil fédéral prolonge ce délai de deux ans au maximum dans le cas où il n’y aurait pas d’autre alternative [45].

Si le Conseil national s’est finalement rallié à la position du Conseil des Etats relative au délai supplémentaire de deux ans pour la mise en œuvre de l’obligation d’anesthésier les porcelets lors de leur castration, il s’est une nouvelle fois opposé à la chambre haute en confirmant sa volonté de mettre en place une obligation de déclarer la provenance, la méthode de production et le mode de détention des animaux pour les denrées alimentaires issues de la production animale. Par 100 voix contre 71, une alliance composée de députés de la gauche, des Verts et des milieux paysans, a ainsi souligné sa volonté de permettre aux consommateurs d’être pleinement informés de ce qu’ils achètent. Le Conseil national a toutefois renoncé au bout du compte, par 105 voix contre 63, à ce dernier point de divergence avec le Conseil des Etats. En vote final, le Conseil national a adopté la révision de la loi sur la protection des animaux par 166 voix contre 22. Quant au Conseil des Etats, il l’a acceptée à l’unanimité [46].

Après avoir également été rejetée par le Conseil national en juin (par 182 voix contre 4), l’initiative populaire « Pour une conception moderne de la protection des animaux (Oui à la protection des animaux !) », a finalement été retirée en fin d’année. La Protection suisse des animaux (PSA), à l’origine de cette initiative, a cependant décidé, cette dernière ayant atteint, selon elle, « ce qui était politiquement faisable à l’heure actuelle », de lancer une nouvelle initiative populaire au printemps 2006. Intitulée « Contre les mauvais traitements envers les animaux et pour une meilleure protection juridique de ces derniers », cette dernière portera uniquement sur l’institution obligatoire dans les cantons d’un avocat pour défendre l’intérêt des animaux, chose que les chambres ont refusé dans la révision de la LPA [47].

Le Conseil national a adopté une motion Aeschbacher (pep, ZH) qui demandait au Conseil fédéral de prévoir, dans l’ordonnance sur la protection des animaux, des dispositions claires sur la détention convenable et acceptable des animaux sauvages. Le député demandait que celles-ci comprennent notamment des conditions strictes concernant les surfaces minimales, la structuration des locaux, la composition sociale des groupes, ainsi que la manière de traiter les animaux et les soins à leur prodiguer [48].

Déposée fin 2004, une motion Günter (ps, BE), qui demandait au Conseil fédéral d’édicter une interdiction d’importation générale de peaux de chiens et de chats et de produits dérivés, a été adoptée au Conseil national [49].