Chargé par les commissions des transports du Conseil national et du Conseil des Etats de trouver une solution aux problèmes de trafic routier, le Conseil fédéral a mis en consultation la création de deux fonds successifs, ainsi que des mesures pour les régions périphériques et de montagne. Ces fonds se fondent sur la Réforme de la péréquation et de la répartition des tâches (RPT). Reprenant les variantes évoquées en 2004 [11], le projet est constitué, dans une première étape, d’un fonds d’urgence et, dans une deuxième étape, d’un fonds d’infrastructure. Le fonds d’urgence sera d’une durée limitée à cinq ans au maximum. Il permettra de financer les projets urgents de trafic privé et public, prêts à être réalisés en attendant la mise en place du fonds d’infrastructure. Par rapport à la version initiale, les projets de trafic doux et les parkings d’échange ont été biffés, de même que les aides aux routes principales dans les régions périphériques. Le Conseil fédéral a défini une vingtaine de projets qui devraient bénéficier d’un tel financement. Le fonds d’urgence sera alimenté par 2,2 milliards de francs, prélevés sur les réserves existantes du financement spécial de la construction routière [12]. À la fin 2011 au plus tard, il sera remplacé par le fonds d’infrastructure d’une durée de 20 ans. Ce dernier financera des contributions au trafic d’agglomération ainsi qu’aux investissements requis par les routes nationales. Il sera composé de 20 milliards de francs, alimentés par une part des recettes routières annuelles à affectation obligatoire. 6 milliards seront alloués aux transports publics et privés des agglomérations [13], 9 milliards serviront à achever le réseau des routes nationales et 5 milliards à résoudre les problèmes de capacités du réseau des routes nationales et à en garantir le fonctionnement. Chaque projet devra être approuvé séparément par les chambres, alors que pour le fonds d’urgence, la décision sera globale et interviendra en même temps que son approbation. Le projet du Conseil fédéral aborde également les intérêts des régions périphériques et de montagne en matière de transports. Il propose de leur réserver plus de moyens dans le cadre du financement des routes principales prévues par la RPT, ainsi que dans les conventions de prestations conclues avec les chemins de fer. Ces fonds devront être compensés dans un autre secteur et ne pourront pas être alloués aux agglomérations. Ces dernières recevront cependant davantage de moyens pour leurs transports. Par ailleurs, les régions périphériques et de montagne bénéficieront également du fonds d’urgence, qui vise à empêcher de nouveaux retards dans l’achèvement de leur réseau de routes nationales [14].

La majorité des organismes consultés a salué la création d’un fonds d’infrastructure pour financer les mesures de désengorgement du trafic public et privé. La réalisation d’un fonds d’urgence a, par contre, été contestée. Les partis de droite, l’Alliance des transporteurs, economiesuisse, l’USAM et la branche de la construction l’ont jugée inutile et anticonstitutionnelle. Ils ont estimé qu’un seul fonds, complété par une disposition pour les réalisations prioritaires, était suffisant. L’UDC, le TCS, la Fédération routière suisse, l’USAM et Construction-Suisse ont critiqué la liste des projets urgents du Conseil fédéral dans laquelle figure notamment le CEVA genevois, la gare souterraine de Zurich ou la ligne Mendrision-Varese. Se basant sur une expertise commandée par le TCS [15], cette répartition est à leurs yeux une entorse à la Constitution, car les recettes des impôts routiers doivent être destinées au réseau routier. Les organisations environnementales, le PS et les Verts se sont positionnés, à l’inverse, en faveur d’un fonds d’urgence pour les projets d’agglomérations non contestés. Ils craignent qu’un fonds unique, centré sur la construction routière n’engloutisse tous les moyens mis à disposition. Les Verts, l’ATE, Greenpeace, le WWF, Pro Natura et l’Initiative des Alpes ont exigé qu’au moins un tiers du fonds soit réservé au trafic d’agglomération, les autres projets devant être liés aux transports publics routiers et ferroviaires. Une autre requête demande que la mobilité douce soit davantage prise en compte dans le projet du Conseil fédéral [16]. Afin de répondre à l’expertise du TCS, l’Office fédéral de la justice, sur demande du DETEC, a effectué une contre-expertise. Il est arrivé à la conclusion que le nouvel article, tel qu’il a été adapté après l’approbation de la nouvelle péréquation financière, permet d’utiliser le fonds routier pour financer la construction d’infrastructures ferroviaires (RER). Le libellé [17] autorise l’utilisation du fonds routier pour financer des travaux ferroviaires s’ils contribuent à désengorger les routes dans les agglomérations [18].

Face aux critiques émises, le Conseil fédéral a revu son concept de financement des mesures visant à désengorger le trafic et a renoncé au fonds d’urgence. Dans son message au parlement, il propose de ne créer qu’un seul fonds d’infrastructure aussi bien pour les projets urgents que pour ceux à plus ou moins long terme. Le fonds sera opérationnel en 2008 et doté de 20 milliards de francs pour une période de 20 ans prolongeable de cinq ans maximum. Il sera alimenté par les recettes à affectation obligatoire provenant de l’impôt sur les huiles minérales et de la vignette autoroutière. Le premier apport de 2,2 milliards sera prélevé sur les réserves et sur une part du produit de l’impôt sur les huiles minérales. Conformément au frein à l’endettement de la Confédération, le fonds ne devra pas s’endetter. Les 20 milliards seront répartis en trois domaines: 8,5 milliards de francs serviront à achever le réseau des routes nationales d’ici à 2015; 5,5 milliards de francs seront destinés à en garantir le fonctionnement; les six autres milliards seront utilisés pour moderniser les infrastructures de transport public et privé dans les agglomérations. Comme la moitié de ces derniers coûts sera prise en charge par les cantons, les investissements effectifs se monteront à 12 milliards. Le parlement sera appelé à libérer une partie des fonds lors de l’instauration du fonds. De ce montant, 2,3 milliards de francs serviront à réaliser des projets de trafic d’agglomération urgents et prêts à être réalisés d’ici 2008. Se fondant sur les avis des cantons, le DETEC a élaboré une liste de ces projets. Au plus tard deux ans après l’instauration du fonds d’infrastructure, le Conseil fédéral soumettra au parlement deux programmes, afin de pouvoir garantir le fonctionnement du réseau des routes nationales et contribuer au financement des projets d’agglomération. Le reste des ressources disponibles sera utilisé à cette fin. D’autres tranches de crédit seront libérées tous les quatre ans. Le gouvernement a par ailleurs tenu davantage compte des régions périphériques et de montagne en accroissant l’aide fédérale allouée à celles-ci. Au lieu de 12 millions supplémentaires, elles recevront 45 millions de francs de plus par année pour financer le maintien de la valeur de leurs infrastructures. Les 33 millions de différence proviendront des contributions fédérales aux routes principales et des nouvelles recettes issues de la prochaine hausse de la redevance poids lourds [19].