Treize ans après l’approbation en votation populaire des NLFA et onze ans après le premier coup de pioche, les mineurs ont achevé le percement des 34,6 kilomètres du tunnel du Lötschberg. Sa mise en service est prévue pour 2007 [32].

La facture des NLFA a été alourdie par des surcoûts de 440 millions de francs. Cette hausse est due à des conditions géologiques difficiles (zone carbonifère de Mitholz (BE), zones de Faido et Bodio (TI)), aux mesures prises au Lötschberg afin de respecter le délai d’ouverture, ainsi qu’aux développements de la technique ferroviaire pour le tunnel de base du Gothard. Les surcoûts liés à ce dernier axe s’élèvent à 370 millions contre 70 millions au Lötschberg. La fourchette de risques avancée par l’OFT articule un écart possible de 1,1 milliard par rapport aux coûts finaux prévus. En rajoutant les surcoûts de 56 millions de francs du premier semestre 2005, la facture serait de 16,402 milliards de francs [33].

Le Conseil national et le Conseil des Etats ont accepté deux crédits pour la planification des chantiers NLFA. Le premier de 24 millions de francs doit permettre d’évaluer la capacité des axes nord-sud et le second de 15 millions de garantir le tracés des tronçons reportés [34].

Le Conseil fédéral a libéré 123 millions de francs pour financer l’avancement du Lötschberg, dont 7 millions pour la préparation de l’exploitation du tunnel de base. Ce déblocage de fonds sert principalement à couvrir les surcoûts liés à la zone carbonifère difficile du tunnel de base, à la mauvaise qualité de la roche de Frutigen (BE) et aux exigences supplémentaires des entreprises. Il s’agit aussi d’assurer la pose du système d’arrêt automatique des trains ETCS Level 2, l’entretien du tunnel, ainsi que le sauvetage et la réparation des pannes. 72,4 millions de francs seront mis à disposition pour l’équipement des 115 locomotives qui devront être munies du nouveau système de sécurité ETCS. La répartition de cette somme est d’un quart pour les CFF et de trois quarts pour le BLS. Ce déblocage des réserves est le quatrième opéré par le Conseil fédéral pour le Lötschberg. Le total des réserves s’élève à 1,474 milliard de francs [35].

Moritz Leuenberger, chef du DETEC, a approuvé les plans du tunnel de base du Ceneri (TBC). Il sera construit en deux tubes à une voie, répondant à la norme européenne pour des tunnels de cette longueur, exploités pour un trafic mixte (trains voyageurs et marchandises). Sa mise en exploitation est prévue pour 2016. Les coûts s’élèveront à 2 milliards de francs (prix de 1988). Ils sont pris en compte dans la prévision des coûts finaux des NLFA. Le TBC comprend le tunnel de base du Ceneri proprement dit, long de 15,4 kilomètres, mais aussi les raccordements à la ligne existante des CFF au portail nord de Camorino et au portail sud à Vezia, ainsi que d’autres éléments. À la demande du canton du Tessin, la liaison directe Locarno-Lugano a été intégrée au projet approuvé, car il s’agit d’un élément important du RER tessinois. Sur le plan juridique, le constructeur, la société AlpTransit Gothard (ATG) a dû reprendre, après l’échec d’une solution globale, les négociations avec les agriculteurs touchés par le TBC dans la plaine du Magadino. Les organisations écologistes et le canton du Tessin ont par contre donné leur aval au plan du TBC [36].

Le Conseil fédéral a donné son accord conditionnel à une participation pour moitié, à hauteur de 7,5 millions de francs, aux investissements préliminaires du projet « Porta Alpina ». Ce dernier veut transformer en un arrêt permanent la station de secours de Sedrun (GR) du tunnel de base du Gothard. L’originalité de cette gare souterraine, au milieu des 57 kilomètres de la ligne NLFA, serait d’être reliée 800 mètres plus haut à la région de la Survela par un ascenseur. Le Conseil fédéral a demandé au gouvernement du canton des Grisons d’élargir le concept aux trois cantons voisins de la région du Gothard (Uri, Tessin et Valais). En novembre, le Conseil des Etats et le Conseil national ont emboîté le pas du Conseil fédéral et ont accepté d’accorder le crédit préalable de 7,5 millions au projet Porta Alpina. Au cours du mois de décembre, le parlement grison a approuvé l’octroi d’un crédit de 20 millions de francs pour ce projet devisé à 50 millions [37].

L’OFT a mis en consultation des nouveaux standards de sécurité pour les tunnels ferroviaires, dont le coût est estimé à 100 millions de francs. Il propose de les classer selon leur dangerosité en fonction de trois critères: la longueur, la densité du trafic ferroviaire et le système de circulation. Les standards de sécurité à respecter varieraient en fonction du potentiel de risques. Selon cette classification, 81 tunnels de Suisse (12%) devraient adapter des exigences sécuritaires spécifiques. Parmi les mesures, l’OFT souhaiterait poser des mains courantes et des chemins de fuite dans les longs tunnels. Autre proposition: les trains en difficulté devraient pouvoir s’arrêter devant le tunnel ou le quitter en cas d’événement [38].