Désavouant la variante du Conseil fédéral, pourtant soutenue par sa commission des transports, le Conseil des Etats a accepté par 30 voix contre 10 de suivre le Conseil national en votant un crédit de 1,09 milliard de francs pour le raccordement aux lignes à grande vitesse (LGV). Les sénateurs n’ont toutefois pas repris l’intégralité de la variante votée par le National et ont opté pour celle proposée en 2004 par dix-huit cantons (990 millions). Ils y ont ajouté 100 millions de francs afin d’améliorer le tracé ferroviaire entre Zurich, l’aéroport de Kloten et Winterthur. Cet ajout répondait à une proposition Bürgi (udc, TG), avalisée par 17 voix contre 13. Se ralliant à la variante du Conseil des Etats, le Conseil national a accepté, par 95 voix contre 71, de reporter l’amélioration des gares de Genève et Lausanne. En vote final, la loi fédérale sur le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau européen des trains à haute performance a été approuvé par 112 voix contre 64 au Conseil national, et par 26 voix contre 12 au Conseil des Etats [42].

Moritz Leuenberger a signé avec le ministre français des transports, Dominique Perben, trois accords bilatéraux pour la mise en œuvre de la convention bilatérale franco-suisse sur le raccordement de la Suisse au réseau TGV français. Le premier accord concerne le co-financement de la modernisation de la ligne ferroviaire Paris-Dijon-Dole-Lausanne/Neuchâtel-Berne (Arc Jurassien). La Suisse prendra en charge 50% des coûts estimés à 37 millions d’euros. Les investissements permettront d’augmenter la vitesse de circulation. Avec le second accord, la Suisse garantit sa participation financière à la revitalisation de la ligne ferroviaire Paris-Ain-Genève/Nord de la Haute-Savoie (ligne du Haut-Bugey)[43]. Il est prévu de renouveler et d’électrifier toute la ligne, ainsi que d’adapter le profil des tunnels et des ponts. La Suisse y contribuera à hauteur de 100 millions d’euros. Un gain de 30 minutes est escompté. Dans le troisième accord, la Suisse participera à la construction de la ligne à grande vitesse Rhin-Rhône [44] à raison d’un forfait de 100 millions d’euros. Cette nouvelle liaison fera gagner 30 minutes entre Bâle et Paris et une heure entre Bâle et Lyon. Le début des travaux est agendé pour 2006. La loi sur le raccordement de la Suisse orientale et occidentale au réseau européen des trains à haute performance est entrée en vigueur au 1er septembre 2005 [45].