Suite aux mauvais résultats du 1er semestre 2005 de CFF Cargo, les CFF ont annoncé leur volonté de réduire les coûts de ce dernier de 8% et ont mis en place un plan de restructuration. Sur 650 sites de transbordements existants, le réseau n’en conservera plus que 323 à partir de mai 2006. Le nouveau concept de transport des marchandises permettra aux CFF d’acheminer 95% de l’ancien volume de marchandises. Les installations de transbordement peu utilisées ou celles desservies de manière plus rentable par route ne feront plus partie intégrante du nouveau réseau. Des discussions ont été engagées avec les clients afin de trouver des solutions flexibles. Sur les 4800 emplois de CFF Cargo, 360 postes disparaîtront d’ici à juin 2006, ainsi que 230 emplois dans les secteurs non opérationnels (finances, personnel, information et gestion de la production) et 60 autres places dans la filiale CFF Infrastructure. Aucun licenciement n’est prévu et 78 millions de francs seront provisionnés pour les départs en retraite anticipée et les aides à la reconversion. Les CFF attendent de cette restructuration une amélioration du résultat de 85 millions de francs par an, ainsi qu’un équilibre des comptes à partir de 2007. L’entreprise ferroviaire s’est refusée à demander au parlement de suspendre l’abandon des subventions de 47 millions de francs dès 2008, de même que de nouveaux subsides [46].

Prenant position sur cette restructuration de CFF Cargo, le Conseil fédéral a indiqué que les mesures engagées par les CFF se justifiaient financièrement. De plus, le nouveau concept garantissait la desserte dans l’ensemble du pays et il satisfaisait aux exigences de la convention de prestation. De ce fait, le Conseil fédéral s’est refusé à demander au parlement des allocations de fonds supplémentaires. Pour maintenir une offre de prestation dans son intégralité, il aurait fallu des moyens supplémentaires à hauteur de 90 millions de francs. Ces subventions se feraient au détriment d’autres secteurs tel que le trafic régional. Allant dans le sens du gouvernement, le Conseil des Etats a rejeté la proposition de maintenir au niveau de 2005 l’enveloppe destinée au trafic marchandises en 2006 [47].

Alors que les CFF n’ont jamais autant transporté de voyageurs et de marchandises, l’entreprise a essuyé une perte de 166,3 millions de francs pour l’année 2005. Plusieurs éléments peuvent expliquer ce résultat. Les CFF ont dû constituer une provision pour le 2ème pilier de 94 millions [48]. Ils ont dû faire face aux pertes de CFF Cargo. Celles-ci ont atteint 55,7 millions, sur un chiffre d’affaire de 957,2 millions. Pour répondre à cette mauvaise situation, les CFF ont restructuré leur société de transport de marchandises (voir supra). La réorganisation a coûté près de 110 millions. L’entreprise ferroviaire a subi des événements exceptionnels tels que la panne de courant du 22 juin (voir supra) et les violentes intempéries d’août. Ces dernières ont provoqué des dégâts chiffrés à 50 millions de francs. Les redevances perçues par la Confédération pour l’utilisation du réseau après l’introduction de Rail 2000 ont également connu une hausse de 60 millions. Les CFF ont transporté en 2005 11,48 milliards de tonnes-kilomètres, soit une hausse de 13,4% par rapport à 2004. 276 millions de passagers ont emprunté le train, soit une augmentation de 8,8%. Cette fréquentation, qui constitue un record, a engendré un revenu de 2,07 milliards de francs (+11%). Le secteur de l’infrastructure a dégagé un bénéfice de 17,4 millions. Le bilan 2005 laisse apparaître un produit d’exploitation de 7,087 milliards de francs (+1,1% par rapport à 2004) et des charges de 7,107 milliards (+5,2%) [49].