Obwohl es in der Vernehmlassung über die Reorganisation der Aufsicht über die Bundesanwaltschaft Kritik am Vorschlag gab, diese vollumfänglich beim EJPD anzusiedeln, hielt der Bundesrat an dieser Absicht fest. Diese Unterstellung der Anklagebehörde unter die Exekutive entspreche auch der Regelung in den meisten anderen europäischen Staaten [45].

Nach sehr kritischen Artikeln in den Medien über die Ermittlungsmethoden von Bundesanwalt Valentin Roschacher geriet dieser unter massiven Druck. Bundesrat Blocher ordnete aufgrund dieser Berichte am 5. Juni eine ausserordentliche Untersuchung an. Diese konzentriere sich auf führungstechnische, finanzielle und organisatorische Fragen, für deren Kontrolle nach geltender Ordnung das EJPD zuständig ist. Das Bundesstrafgericht als Kontrollinstanz für inhaltliche Belange leitete gleichzeitig eine fachliche Überprüfung der Arbeit der Bundesanwaltschaft ein. Diese Analysen konstatierten strukturelle und organisatorische Mängel, hingegen keine Verfehlungen der Bundesanwaltschaft und ihres Leiters. Anfang Juli erklärte Roschacher seinen Rücktritt auf Ende Jahr; die operative Führung gab er sofort ab [46].