Aufgrund des Abtretens dreier bisheriger Mitglieder gestalteten sich die Wahlen zum Regierungsrat offen. 14 Kandidaten bewarben sich um die 5 Sitze. Zur Verteidigung der Sitze der scheidenden Jean-François Roth und Gérald Schaller bot die CVP 5 Kandidatinnen und Kandidaten auf. Die SP präsentierte ausser der Bisherigen Elisabeth Baume-Schneider drei weitere Kandidaten, um auch ihren zweiten Sitz halten zu können. Die Christlichsozialen traten mit dem Bisherigen Laurent Schaffter erneut an, der 2002 ihren Sitz in der Regierung zurück gewonnen hatte. Die FDP schickte sich an, den damals verlorenen Sitz mit Michel Probst zurückzuerobern. Zum ersten Mal schickte auch die SVP einen Kandidaten ins Rennen. Im ersten Wahlgang, an dem sich 51,9% der Wahlberechtigten beteiligten, erreichte niemand das absolute Mehr, aber es deutete sich bereits eine erneute Umstellung der Regierungsformel an: Überraschend gelang dem Kandidaten der FDP, Michel Probst, das drittbeste Resultat. Vor ihm lagen lediglich die beiden Bisherigen von CSP und SP. Auf den Plätzen 4 bis 7 folgten drei Kandidaten der CVP, erst dann die drei neuen Anwärter der SP. Die Sozialdemokraten zogen daraufhin ihre neuen Kandidaten zurück; bei der der CVP traten nur noch die beiden Bestplatzierten an und die SVP gab auf. Im zweiten Wahlgang verblieben damit ausser den 5 Bestplatzierten (2 CVP, je 1 SP, CSP und FDP) nur noch 2 Bewerber, darunter Pierluigi Fedele, der für die Verbindung aus dem Parti ouvrier populaire und dem Combat socialiste (cs-pop) antrat. Der 2. Wahlgang vom 12. November bestätigte das vorangehende Ergebnis und brachte Michel Probst (fdp) mit 50,8% der Stimmen sogar die Spitzenposition. Auf ihn folgten Laurent Schaffter (csp, 48,9%) und Elisabeth Baume-Schneider (sp, 48,4%) sowie die CVP-Vertreter Charles Juillard (47,2%) und Philippe Receveur (44,2%). Recht stark abschneiden konnte Pierluigi Fedele auf dem sechsten Platz mit 30,5% der Stimmen. Damit hat die jurassische Regierung wie ihr Parlament wieder eine bürgerliche Mehrheit, die FDP stellt auf Kosten der SP erneut einen Regierungsrat. Die Wahlbeteiligung lag mit 47,8% etwas tiefer als bei der ersten Runde [14].