Le Conseil fédéral a présenté son message concernant l’initiative populaire « Contre le bruit des avions de combat à réaction dans les zones touristiques », lancée par l’écologiste Franz Weber. Sans surprise, le gouvernement a proposé aux chambres de rejeter cette initiative, qui entraverait considérablement la disponibilité opérationnelle des avions de combat. Entrant dans le détail, le gouvernement a précisé qu’en raison du trafic intense d’avions civils, les secteurs d’entraînement des avions de combat ne pouvaient pratiquement pas être déplacés, et qu’un transfert général des vols d’exercice à l’étranger serait une alternative insuffisante et irréaliste. Selon lui, une telle alternative ne permettrait en effet plus à l’armée de garantir l’instruction et l’entraînement des personnes chargées d’assurer l’engagement d’avions de combat, et compromettrait ainsi la mission de l’armée. Cela aurait pour conséquence que la Suisse ne pourrait dès lors plus garantir la protection de son espace aérien, ce qui remettrait en cause sa souveraineté et sa neutralité [27].

En début d’année, le canton du Valais a demandé à la Confédération une diminution drastique des décollages de F/A-18 avec postcombustion sur l’aérodrome militaire de Sion, ainsi que le respect d’une pause estivale entre le 15 juin et le 30 août [28].

En août, le Conseil fédéral a mis en consultation une révision de la législation militaire. Celle-ci prévoyait d’obliger les soldats de milice à accomplir des cours de répétition de six semaines à l’étranger (pour les membres des troupes de blindés, de l’artillerie, des troupes d’aviation et de défense aérienne), la forte densité de constructions en Suisse ne permettant plus de faire de grandes manœuvres, mais également à participer à des opérations de maintien de la paix à l’étranger. L’avant-projet présenté par le conseiller fédéral Samuel Schmid, chef du DDPS, a été relativement mal reçu. En effet, tous les partis gouvernementaux, de même que la Société suisse des officiers et l’Union patronale suisse, se sont déclarés opposés à ce projet. Le PDC a rejeté cette révision en argumentant que le plan de refonte de l’armée 2008-2011 (voir supra) devait d’abord être défini et adopté, et a ajouté que de tels cours de répétition devaient rester une exception. D’abord favorables au projet, les radicaux ont cependant exprimé par la suite leurs réticences face à une absence de six semaines, qui serait trop lourde pour les employeurs. Les socialistes, favorables à la participation de militaires suisses à des opérations de maintien de la paix à l’étranger, se sont opposés de leur côté au fait que le DDPS veuille sortir de la Suisse pour entreprendre de « grandes manœuvres ». L’UDC s’est quant à elle élevée contre ce projet, fustigeant l’ensemble de la démarche. L’ASIN, farouche opposante à cette révision, a déclaré qu’elle examinerait l’opportunité de lancer le référendum, si celle-ci était adoptée [29].

Le DDPS a indiqué que les écoles de recrues commenceraient une semaine plus tôt dès 2007, afin de s’adapter aux modifications des dates du début des semestres d’études dans les écoles d’enseignement supérieur, suite à l’introduction du système de Bologne [30].