Im Frühling nahm der Ständerat die Beratungen zur Unternehmenssteuerreform II in Angriff. Eintreten war unbestritten. Auf Antrag seiner WAK beschloss der Rat, die Vorlage aufzuteilen. Dieses Vorgehen ermöglichte es dem Parlament, die dringliche Neuregelung der indirekten Teilliquidation und der Transponierung in einem gesonderten Erlass zu behandeln. Die veränderte Rechtsprechung des Bundesgerichts 2004 und die entsprechende Praxisänderung der Steuerverwaltung hatten in der Wirtschaft zu grosser Verunsicherung geführt, so dass insbesondere zahlreiche kleine und mittlere Unternehmen die Regelung der Nachfolge sistiert hatten. Im Hauptteil der Vorlage verblieben u.a. die Teilbesteuerungsverfahren im Privat- und im Geschäftsvermögen mit oder ohne qualifizierte Beteiligungsquote, der vorgesehene Wechsel vom Nennwert-/Buchwertprinzip zum Kapitaleinlageprinzip, die Beschränkung des Schuldzinsenabzugs im Privatvermögen, die Neuerung der Ersatzbeschaffung und der Beteiligungsabzüge und die Möglichkeit einer Anrechnung der Gewinnsteuer an die Kapitalsteuer bei Kapitalgesellschaften.

In der Detailberatung entschied die kleine Kammer, den Erlös aus dem Verkauf einer Beteiligung nur dann als indirekte Teilliquidation zu besteuern, wenn innert fünf Jahren unter Mitwirkung des Verkäufers nicht betriebsnotwendige Substanz ausgeschüttet wird, wobei die Beteiligung am Grund- oder Stammkapital mindestens 20% ausmachen muss. Eine vom Bundesrat unterstützte Minderheit, welche die ausschüttungsfähigen nicht betriebsnotwendigen Mittel bereits beim Verkauf versteuern wollte, scheiterte deutlich; sie hatte jenen Erwerbern Rechnung tragen wollen, die über weniger Geld verfügen als grosse, auch ausländische Erwerber. Bei der Transponierung (Verkauf an sich selber) beschloss der Ständerat, den Erlös aus der Übertragung von Beteiligungsrechten aus dem Privat- ins Geschäftsvermögen zu besteuern, wenn der Verkäufer nach der Übertragung zu mindestens 50% an der Käufergesellschaft beteiligt ist. Die Besteuerung tritt erst ab einem Verkauf von mindestens 5% am Grund- oder Stammkapital einer Gesellschaft oder Genossenschaft ein. Der Rat verabschiedete das Geschäft in der Gesamtabstimmung mit 31:8 Stimmen [14].

Der Nationalrat lehnte zu Beginn der Behandlung Anträge des links-grünen Lagers auf Nichteintreten, Beratungsunterbruch und Rückweisung an den Bundesrat ab und trat mit 104:47 Stimmen auf die Vorlage ein. In der Detailberatung unterstützte die grosse Kammer mit 74:69 Stimmen einen Minderheitsantrag Rime (svp, FR), wonach für das Zustandekommen einer indirekten Teilliquidation die Übertragung einer Beteiligung von mindestens 50% (statt der von Bundesrat und Ständerat vorgesehenen 20%) am Gesamtkapital der übertragenen Gesellschaft notwendig ist. Weiter fügte sie neu eine Übergangsbestimmung ins Gesetz ein, wonach alle zum Zeitpunkt des Inkrafttretens des neuen Rechts noch hängigen Fälle der indirekten Teilliquidation nach den neuen Rechtsbestimmungen zu veranlagen sind; Bundesrat Merz und eine links-grüne Minderheit opponierten hier erfolglos gegen die als rechtspolitisch fragwürdig bezeichnete Rückwirkungsklausel. Bei der Transponierung stellte sich die Ratsmehrheit hinter die Beschlüsse der kleinen Kammer. Die Vorlage passierte die Gesamtabstimmung mit 92:52 Stimmen [15].

Nachdem der Ständerat in der Differenzbereinigung an seinen Beschlüssen festgehalten hatte, erklärte sich der Nationalrat in der Folge stillschweigend damit einverstanden, dass die verkaufte Beteiligung bei der indirekten Teilliquidation nur mindestens 20% (statt 50%) am Grund- oder Stammkapital ausmachen muss. Hingegen beharrte er auf der neuen Übergangsbestimmung, wobei er die Rückwirkung des neuen Rechtes zeitlich auf fünf Jahre, d.h. bis 2001, begrenzte. Der Ständerat stimmte dem Grundsatz der fünfjährigen Rückwirkung zu, beschränkte sie allerdings auf jene Veranlagungen, die zum Zeitpunkt des Inkrafttretens des Gesetzes noch nicht rechtskräftig sind. Die dringlichen Anpassungen bei der Unternehmensbesteuerung passierten die Schlussabstimmung mit 35:8 Stimmen resp. mit 123:70 Stimmen; SP, Grüne und EVP lehnten sie geschlossen ab [16].

In der Sommersession widmete sich der Ständerat dem Hauptteil der Unternehmenssteuerreform II, den Verbesserungen der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen. Kernstück bildet die Eliminierung der Doppelbesteuerung ausgeschütteter Gewinne, wozu eine Teilbesteuerung der Dividenden eingeführt wird. Eintreten war unbestritten. Der Rat lehnte den Rückweisungsantrag einer Minderheit Sommaruga (sp, BE) ab, welche die Vorlage auf jenen Bereich beschränken wollte, bei dem eine Kapitalgesellschaft gegenüber einer Personengesellschaft tatsächlich benachteiligt ist und im Fall einer Teilbesteuerung von ausgeschütteten Gewinnen eine Beteiligungsgewinnsteuer vorsah. In der Detailberatung folgte der Rat den Anträgen seiner WAK: So verwarf er den von einer SP-Minderheit nochmals eingebrachten Wunsch auf Einführung einer Beteiligungsgewinnsteuer mit Hinweis auf das klare Verdikt des Stimmvolkes bei der Abstimmung über die Einführung einer Kapitalgewinnsteuer. Bei der Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung entschied er, im Geschäftsvermögen die Dividenden auf Bundesstufe zu 50%, im Privatvermögen zu 60% teilzubesteuern, wobei jeweils eine Mindestbeteiligung von 10% vorausgesetzt wird. Der Bundesrat hatte die Teilsteuersätze zunächst auf 60% resp. 80% fixieren wollen und auf eine qualifizierte Beteiligung verzichtet. Bundesrat Merz schloss sich nun den Vorschlägen der Kommission an. Durch diesen Beschluss sind die Kantone an die Mindestbeteiligungsquote gebunden, es steht ihnen aber frei, wie hoch sie die Teilbesteuerung ansetzen. Oppositionslos gewährte der Ständerat den Kantonen die Möglichkeit, die Gewinnsteuer an ihre Kapitalsteuer anzurechnen und so auch auf Stufe Unternehmen eine Doppelbelastung auszumerzen. Beim Quasi-Wertschriftenhandel (Unterscheidung von privaten und gesellschaftlichen Kapitalgewinnen) optierte die kleine Kammer für eine grosszügigere Bestimmung als der Bundesrat. So stellen Veräusserungsgewinne aus Finanzanlagen im Prinzip kein Einkommen dar, ausgenommen, der jährliche Erlös beträgt mehr als 50 000 Fr. innerhalb von zwei Jahren und die Summe der getätigten An- und Verkäufe macht wertmässig mindestens viermal das zu Beginn des Steuerjahres vorhandene Wertschriftenvermögen aus. Das Gesetz passierte die Gesamtabstimmung mit 28:7 Stimmen [17].

Im Nationalrat beurteilte die Linke die Reform in der Eintretensdebatte als verfassungswidrig, weil sie dem Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit widerspreche. Die Bürgerlichen argumentierten, die Förderung des Risikokapitals und der KMU löse Wachstumsimpulse aus; die Schweiz brauche die Reform, um ihre Stellung im internationalen Wettbewerb zu halten und zu stärken. Mit 114:66 Stimmen lehnte der Rat einen Nichteintretensantrag einer Minderheit Leutenegger Oberholzer (sp, BL) ab und mit offensichtlichem Mehr einen Rückweisungsantrag Fässler (sp, SG), sich auf jenen Bereich zu beschränken, in dem eine Kapitalgesellschaft gegenüber einer Personengesellschaft tatsächlich benachteiligt ist. In der Detailberatung beschloss der Nationalrat gegen den Willen des Bundesrates, Gewinnausschüttungen sowohl des Geschäfts- als auch des Privatvermögens künftig nur noch zu 50% zu besteuern; der Ständerat hatte beim Privatvermögen eine Quote von 60% vorgesehen. Die Vorschläge der Linken, auf die Teilbesteuerung ganz zu verzichten oder diese davon abhängig zu machen, dass die Gewinne der Gesellschaft zuvor tatsächlich voll besteuert wurden, scheiterten ebenso wie der Versuch, eine stark begrenzte Beteiligungsgewinnsteuer einzuführen resp. den Kantonen zu verbieten, die Gewinnsteuer an ihre Kapitalsteuern anzurechnen, um eine Akzentuierung des kantonalen Steuerwettbewerbs zu verhindern. Bei der Besteuerung der Quasi-Wertschriftenhändler unterstützte der Nationalrat einen Antrag Steiner (fpd, SO), der bei der Frage der Abgrenzung eine Steuerpflicht auch für private Kapitalgewinne festhält, wenn Wertschriften und andere Finanzanlagen in zwei aufeinander folgenden Steuerjahren je viermal umgeschlagen werden. Im Unterschied zum Bundesrat, der den Abzug privater Schuldzinsen auf den Betrag der steuerbaren Vermögenserträge beschränken wollte, hielt der Nationalrat am heutigen Schuldzinsüberhang von 50 000 Franken fest. Er wich damit auch vom Ständerat ab, der den Schuldzinsüberhang nur noch für Grundpfandschulden zulassen wollte. Die Vorlage, die in der aktuellen Form kurzfristig geschätzte Mindereinnahmen von 120 Mio Fr. für den Bund (zuzüglich 108 bis 163 Mio für die AHV) zur Folge hat, passierte die Gesamtabstimmung gegen den Widerstand des links-grünen Lagers mit 115:65 Stimmen. Bereits vor der Abstimmung hatte die SP-Fraktion ein Referendum gegen das Bundesgesetz angekündigt [18].

Die WAK-SR führte die Beratung des Geschäfts im Dezember fort und nahm zwei Gutachten zur Verfassungskonformität der Teilbesteuerung, welche das Finanzdepartement in Auftrag gegeben hatte, zur Kenntnis. In Anbetracht der Komplexität der aufgeworfenen Fragen beschloss die Kommission, die beiden Gutachten und die verbleibenden offenen Punkte der Revision im Januar eingehend zu beraten und das Geschäft von der Traktandenliste der Wintersession zu streichen [19].

Der Nationalrat lehnte eine Motion der SVP-Fraktion ab, welche die Ertrags- und Kapitalsteuern für Unternehmen auf Bundesebene aufheben wollte, um Anreize für die Ansiedelung neuer Unternehmen zu schaffen [20].

Der Ständerat überwies ein Postulat Brändli (svp, GR), das die Erleichterung der erbrechtlichen Übertragung von Unternehmen verlangt. Danach soll der Erblasser nach freiem Ermessen die Zuteilung einer im Nachlass befindlichen Unternehmung resp. von massgebenden Unternehmensbeteiligungen und deren Anrechnungswert im Erbgang festlegen können. Damit wollte Brändli das System der bäuerlichen Erbfolge auch auf Unternehmensbeteiligungen resp. Unternehmen ausweiten: Für die Erbteilung ist nur der Ertragswert einzusetzen, ebenso für die Berechnung des Pflichtteils. Um Missbräuche zu verhindern, sei wie im bäuerlichen Bodenrecht eine Gewinnbeteiligung der benachteiligten Erben vorzusehen [21].

In der Sommersession stimmte der Nationalrat einem Postulat Kaufmann (svp, ZH) zu, das den Bundesrat auffordert zu prüfen, ob die im Ausland vielerorts bereits etablierten Real Investment Trusts (REIT) auch in der Schweiz zuzulassen seien. Dieses spezielle Anlageinstrument im Immobiliensektor erfreut sich insbesondere in den USA, aber auch in Europa grosser Beliebtheit bei Pensionskassen und anderen institutionellen Anlegern im Bereich der Altersvorsorge. Kernstück eines REIT ist dessen steuerliche Behandlung, indem die heute vorhandene Doppelbesteuerung der Aktiengesellschaft und der Aktionäre reduziert wird. Die steuerliche Befreiung der Aktiengesellschaft (REIT) ist allerdings an die Bedingung geknüpft, dass 85% oder 90% des Nettoertrages ausgeschüttet wird. Diese Dividenden sind von den Investoren als normales Einkommen aus Finanzanlagen zu versteuern [22].