Die Staatsrechnung 2006 schloss mit einem Überschuss von 2,5 Mia Fr. ab – was einer Verbesserung gegenüber dem Voranschlag um 1,9 Mia Fr. entspricht. Die Einnahmen fielen um 2,8 Mia Fr. höher aus als erwartet und nahmen im Vergleich zum Vorjahr massiv zu, und zwar um 3,6 Mia Fr. oder 7,1%. Die höchsten Mehreinnahmen ergaben sich bei der direkten Bundessteuer (+16,5% oder +2017 Mio) und der Mehrwertsteuer (+5,0% oder +899 Mio). Die Ausgaben stiegen im Vergleich zum Vorjahr um 974 Mio Fr. oder 1,9%; sie lagen 366 Mio Fr. unter dem budgetierten Wert. Das grösste Ausgabenwachstum verzeichneten die Finanzen und Steuern (+10,9% oder +1118 Mio), Bildung und Forschung (+2,8% oder +111 Mio), die Verwaltung (+1,6% oder +30 Mio) und die soziale Wohlfahrt (+0,2% oder +29 Mio). Weniger ausgeben musste der Bund insbesondere für den Verkehr (-2,3% oder -181 Mio) und für die Landesverteidigung (-2,8% oder -128 Mio).

Die Erfolgsrechnung schloss mit einem Überschuss von 2,0 Mio Fr. ab. Der Grund für die grosse Abweichung zur Finanzrechnung liegt wie in den Vorjahren vor allem bei den zusätzlichen Abschreibungen betreffend die Ausfinanzierung und Sanierung der Pensionskassen des Bundes und der Post. Ende 2006 reduzierten sich die Bruttoschulden des Bundes um 6,7 Mia Fr. auf 123,6 Mia Fr. Neben dem Überschuss in der Finanzrechnung und den ausserordentlichen Einnahmen aus dem Swisscom-Aktienverkauf ist der Abbau von Tresoreriemitteln für den Rückgang verantwortlich; die Schuldenquote senkte sich markant auf 26,0% (2005: 28,5%) [55].

Der Ständerat billigte eine vom Nationalrat im Vorjahr überwiesene Motion Borer (svp, SO) in modifizierter Form, welche im Rahmen der Staatsrechnung Auskunft über sämtliche Bundesbeteiligungen an privatrechtlichen Gesellschaften verlangt. Dabei seien Höhe, Art sowie Zweck der Beteiligung offen zu legen, egal, ob die Beteiligung bereits abgeschrieben ist oder nicht. Ursprünglich hatte Borer pro Beteiligung die Erläuterung der Eignerstrategie gefordert, was gemäss Finanzkommission nicht umsetzbar sei. Bundesrat Merz wies darauf hin, dass entsprechende Bestrebungen im Rahmen des neuen Rechnungsmodells bereits im Gang seien [56].