Der Zentralvorstand der SD hatte im Dezember 2006 den Präsidenten der SD Zug, Richard Fluehmann, wegen verunglimpfender Äusserungen gegenüber Parteimitgliedern ausgeschlossen. Die Zuger SD-Sektion bestätigte Fluehmann jedoch im Januar in seinem Amt. Sie forderte zudem den Rücktritt von Parteipräsident und Nationalrat Bernhard Hess (BE) und beschloss, sich zukünftig als „national-konservative Partei“ zu bezeichnen. Vor den Landratswahlen in Baselland im April verteilte Fluehmann Flyer, die den dortigen SD-Kandidaten Rudolf Keller in die Nähe von Adolf Hitler rückten. Die von der Zuger Sektion boykottierte Delegiertenversammlung der SD bestätigte den Ausschluss von Fluehmann einstimmig und beschloss, dass die Zuger Sektion wieder in die Sektion Innerschweiz eingegliedert werden solle. Bernhard Hess wurde als Parteipräsident wiedergewählt. Zudem fassten die Schweizer Demokraten die Nein-Parole zur 5. IV-Revision [72].

Im August trat der Vizepräsident der SD, Roman Wagner, von seinem Amt zurück. Die Presse hatte Besuche von deutschen Neonazis bei Wagner aufgedeckt. Parteipräsident Hess legte ihm daraufhin den Rücktritt nahe. Seine Kandidatur für den Nationalrat im Kanton Aargau konnte Wagner allerdings nicht mehr zurückziehen [73].

Bei den Nationalratswahlen verlor Bernhard Hess den letzten SD-Sitz. Die SD waren in neun Kantonen angetreten, ihr bestes Ergebnis erzielten sie im Kanton Thurgau mit 1,9%. Hess erklärte, die SD werde es als Partei vermutlich bald nicht mehr geben, höchstens als „patriotische Bewegung“ könnten sie weiterexistieren. Er kündigte auch seinen Rücktritt als Parteipräsident an. Verschiedene SD-Sektionen äusserten sich jedoch, sie wollten als Partei weitermachen [74].

Der Zentralvorstand der SD beschloss an einer Sitzung nach den Wahlen, dass die Partei weiterhin auf eidgenössischer Ebene Politik betreiben werde. Vizepräsident Ulrich Brasser (ZH) übernahm interimistisch die Parteileitung und stellte sich auch als Kandidat für Hess’ Nachfolge zu Verfügung. An der Sitzung des Zentralvorstandes kam es allerdings zu einem Eklat, die Sektionen Wil und Oberer Zürichsee/Glarnerland verliessen den Raum. Nach Darstellung dieser Sektionen war angekündigt worden, die Sitzung werde militärisch geführt und es werde keine Kritik geduldet. Die Sektion Oberer Zürichsee/Glarnerland beschloss, sich von den SD zu lösen und als „Republikanische Reform-Partei“ neu zu gründen [75].

Ende Jahr beschlossen die Schweizer Demokraten an einer ausserordentlichen Delegiertenversammlung, das Referendum gegen die Ausdehnung der Personenfreizügigkeit auf Rumänien und Bulgarien zu ergreifen. Zudem fassten sie die Nein-Parole zur Unternehmenssteuerreform II und beschlossen Stimmfreigabe für die Initiative gegen Kampfjetlärm in Tourismusgebieten [76].