Im Kanton Zürich kam erstmals ein neues Wahlverfahren zur Anwendung, der so genannte „doppelte Pukelsheim“. Mit diesem Verfahren werden die 180 Parlamentssitze proportional zur Stärke der Parteien im ganzen Kanton verteilt, statt nur auf Ebene der Wahlkreise. Die Listenverbindungen fallen weg. Gleichzeitig wurde als Ausgleich eine Fünfprozent-Hürde, zu erreichen in mindestens einem der 18 Wahlkreise, eingeführt, da das neue Verfahren die kleinen Parteien tendenziell begünstigt. Die grossen Parteien mussten allerdings trotz des neu eingeführten Quorums davon ausgehen, nur mit zusätzlichen Wähleranteilen ihre Sitze halten zu können. Der neue Wahlmodus führte zu strategischen Änderungen bei den kleinen Parteien: Da nun der durchschnittliche erreichte Wähleranteil in allen Wahlkreisen entscheidend wurde, traten auch sie in allen Wahlkreisen an. Durch das Wegfallen der Listenverbindungen sank die Anzahl der Listen. Statt 47 (2003) gab es nur noch 11 Listen, die Zahl der Kandidatinnen und Kandidaten sank von 1986 (2003) auf 1641. FDP und SVP hielten vor der Wahl eine knappe absolute Mehrheit im Kantonsrat, deren möglicher Verlust diskutiert wurde. Die Wahlen im April ergaben vor allem eine grosse Niederlage für die SP: Diese verlor 17 Sitze und erreichte nur noch 36 Mandate bei einem Wähleranteil von 19,5%. Dieser Sitzverlust, der allgemein als Debakel für die SP interpretiert wurde, sieht allerdings etwas weniger extrem aus, wenn man bedenkt, dass die SP 2003 10 Mandate hinzugewonnen hatte und die 53 SP-Sitze vor den Wahlen der höchste Stand seit 50 Jahren gewesen waren [68]. Die Grünliberalen, die erstmals angetreten waren, gewannen auf Anhieb 10 Sitze und erreichten das Quorum in mehreren Wahlkreisen. Die Grünen (19 Sitze) gewannen 5 Sitze hinzu. Diese Verschiebungen wurden allgemein als Verlust der SP zugunsten der Grünen und der Grünliberalen interpretiert. Die FDP blieb stabil mit 29 Sitzen, die SVP (56 Sitze) verlor durch das neue Wahlverfahren nur 5 Sitze und hielt ihren hohen Wähleranteil von 30,5%. Die absolute Mehrheit von FDP und SVP ging dennoch verloren. Diese beiden Parteien sind damit neu angewiesen auf die Unterstützung durch andere Parteien, etwa die CVP oder die Grünliberalen. Die SD konnten nicht mehr in den Kantonsrat einziehen, da sie das Quorum verfehlten. Insgesamt kam es mit den Wahlen zu einer Stärkung der Mitte, aber auch zu einer grösseren Unberechenbarkeit des Kantonsrates, da wechselnde Mehrheiten nun die Regel werden dürften. Der Frauenanteil im Parlament stieg leicht von 31,1 auf 32,2% [69].