Im Frühling nahmen die beiden Räte die Beratungen zur Unternehmenssteuerreform II wieder auf. Während das Bundesgesetz über dringende Anpassungen bei der Unternehmensbesteuerung bereits im Vorjahr verabschiedet worden war, mussten nun auch die Verhandlungen zum Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen (Unternehmenssteuerreformgesetz II) zu Ende geführt werden. Bei dieser Vorlage ging es im Wesentlichen darum, eine steuerliche Entlastung von Risikokapital zu erreichen, die primär den Investoren, welche sich unternehmerisch beteiligen, zugute kommen soll. Andererseits zielte die Reform auch auf die steuerliche Entlastung der kleinen und mittleren Unternehmen (KMU) ab. Diese wird erreicht durch eine tiefere Besteuerung der ausgeschütteten Unternehmensgewinne. Bei der direkten Bundessteuer sollte eine Teilbesteuerung der Dividenden eingeführt werden [12].

Bei der Differenzbereinigung im Ständerat beschloss dieser, die Bestimmungen zum Quasi-Wertschriftenhandel aufgrund der zahlreichen offenen Fragen herauszulösen und in einer separaten Vorlage zu behandeln. Die Verfassungsmässigkeit der Vorlage war mittels zweier Rechtsgutachten geprüft worden, welche jedoch zu unterschiedlichen Ergebnissen kamen. Bei der Frage der Teilbesteuerung beschloss der Ständerat die Quote beim Privatvermögen gegenüber seinem ersten Beschluss von 60 auf 70% zu erhöhen [13].

Der Nationalrat billigte den Entscheid der kleinen Kammer, die Fragen zum Quasi-Wertschriftenhandel von der jetzigen Vorlage abzukoppeln und separat zu beraten. Bei der Teilbesteuerung arbeitete er einen Kompromissvorschlag aus, der den Steuersatz von Dividenden im Privatvermögen von 50 auf 60% erhöhen wollte. Der Rat folgte der Kommissionsmehrheit und wollte es den Kantonen überlassen, mit welchen Verfahren sie die Entlastung bei der wirtschaftlichen Doppelbelastung vornehmen. Im Gegensatz dazu scheiterten verschiedene Minderheitsanträge aus dem links-grünen Lager, die den Spielraum der Kantone im Steuerharmonisierungsgesetz einschränken wollten [14].

Der Ständerat willigte schliesslich in die vom Nationalrat beschlossene Teilbesteuerung von Dividenden im Privatvermögen auf 60% ein und stimmte auch in Bezug darauf, den Kantonen beim anzuwendenden Verfahren keine Vorschriften zu machen, mit dem Nationalrat überein. In der Schlussabstimmung hiess der Nationalrat die Reform mit 120:72 Stimmen und der Ständerat mit 35:8 gut. Die Gegenstimmen kamen von der SP und der GP, welche die Vorlage geschlossen ablehnten. Das verabschiedete Bundesgesetz enthält nun folgende Kernpunkte: Inhaber von Beteiligungen werden von einer Steuererleichterung profitieren, wenn sie eine Mindestbeteiligung von 10% am Unternehmenskapital halten. Der Teilsteuersatz beträgt für das Geschäftsvermögen 50% und für das Privatvermögen 60%. Nur die Mindestbeteiligung von 10% wird im Gesetz verankert, die Sätze können die Kantone selbst bestimmen und daher variieren. Die Möglichkeit des Schuldenzinsenabzuges bis zum Betrag des um 50 000 Fr. erhöhten steuerbaren Vermögens wird beibehalten. Ausserdem besteht die Möglichkeit für die Kantone, die Gewinnsteuer an die Kapitalsteuer anzurechnen. Die Mindereinnahmen für den Bund werden sich mit den geplanten Massnahmen auf 56 Mio Fr. belaufen [15].

Gegen das oben beschriebene Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen ergriff eine Linksallianz wie bereits im Jahr 2006 angekündigt das Referendum und reichte dieses mit mehr als 57 000 gültigen Unterschriften ein. Die bürgerlichen Parteien starteten eine Gegenkampagne. Der Linksallianz gehören unter anderen die SP, der Gewerkschaftsbund (SGB) und die Grünen an. Das Volk wird anfangs 2008 über die Vorlage abstimmen können [16].

Eine Motion der FDP wollte mit einer zusätzlichen Unternehmenssteuerreform die Wettbewerbsfähigkeit und die Standortattraktivität der Schweiz stärken. Dazu sollte der Gewinnsteuersatz für Unternehmen gesenkt werden und eine Flexibilisierung der Besteuerung unterschiedlicher Ertragsarten erreicht werden. Begründet wurde dieses Anliegen damit, dass die Schweiz im Bereich der steuerlichen Attraktivität als Folge der OECD-weiten Steuersenkungen der letzten Jahre zunehmend unter Druck gerate. Auch der Bundesrat erachtete steuerliche Massnahmen auf der Stufe des Unternehmens als zielführend und empfahl daher die Annahme der Motion. Dem leistete der Nationalrat Folge [17].

Die SVP wollte mit einer Motion den Gewinnsteuersatz für Unternehmen bei der direkten Bundessteuer von 8.5% auf 5% senken, da dies einem internationalen Trend entspreche. In der Senkung des Gewinnsteuersatzes für Unternehmen sah die SVP eine einfache und wirksame Massnahme, um die steuerliche Attraktivität des Unternehmensstandortes der Schweiz zu erhalten und im Rahmen des internationalen Wettbewerbes zu verbessern. Entgegen der Empfehlung des Bundesrates, welcher darauf hinwies, dass die Senkung der Gewinnsteuer Mindereinnahmen von 3,7 Mia Fr. bringen würde, nahm der Nationalrat die Motion an [18].

Ebenfalls angenommen wurde im Ständerat ein Postulat seiner Kommission für Wirtschaft und Abgaben, welches den Bundesrat ersucht, dem Parlament einen Bericht über neue Unternehmenssteuermodelle im Ausland vorzulegen, insbesondere bezüglich wichtiger Handelspartner und der dortigen Unternehmensbeihilfen [19].

Eine weitere 2006 vom Nationalrat überwiesene Motion der FDP wollte die steuerliche Behandlung der Firmennachfolge freundlicher ausgestalten. Die WAK des Ständerates beantragte die Ablehnung der Motion, da ein Teil davon (indirekte Teilliquidation) bereits vorgezogen worden war. Entsprechend lehnte der Ständerat die Motion ab [20].