Der Nationalrat lehnte sowohl eine Motion als auch eine parlamentarische Initiative des Nationalrates Robbiani (cvp, TI) bezüglich der Quellenbesteuerung von Vorsorgeleistungen ab. Die Initiative hatte zum Ziel, dass im Ausland wohnhafte und in der Schweiz erwerbstätige Personen im Kanton, in dem sie arbeiten, zum Zeitpunkt besteuert werden, wenn sie ihr Guthaben der beruflichen Vorsorge ausbezahlt bekommen. Heute liegt die Befugnis für die Quellensteuererhebung und das Rückerstattungsverfahren bei jenem Kanton, in dem die Vorsorgeeinrichtung ihren Sitz hat. Diese Regelung führt dazu, dass die Quellensteuererträge aus Vorsorgeleistungen (2. Säule und Säule 3a) vor allem in den Kantonen mit grossen Sammelstiftungen anfallen. Ein ähnliches Ziel verfolgte auch die Motion, welche ein vereinfachtes Verfahren bei der Rückerstattung der Quellensteuer an die Kantone, in denen die versicherte Person erwerbstätig war, ausarbeiten wollte. Der Bundesrat empfahl in seiner Stellungnahme das Nichteintreten, weil er der Meinung war, dass die vorgeschlagenen Änderungen keine Vereinfachung bringe, sondern komplizierter sei als die heutige Regelung und die geltende Rechtsordnung auch aus steuersystematischen Gründen vorzuziehen sei [28]. 

Betreffend die Benachteiligung des international tätigen Schweizer Flugpersonals behandelten die beiden Räte eine Motion Lombardi (cvp, TI) und ein Postulat Kaufmann (svp, ZH). Das Postulat wollte, dass Wege aufgezeigt werden, wie die Benachteiligungen des in der Schweiz wohnhaften und in Deutschland arbeitenden Flugpersonals infolge des deutschen Steueränderungsgesetzes ab 1. Januar 2007 gemildert oder kompensiert werden können. Die Motion verlangte vom Bundesrat, eine Änderung des Doppelbesteuerungsabkommens mit Deutschland zu verhandeln und abzuschliessen, welche eine gerechte Besteuerung für Schweizer Flugpersonal bei deutschen Flugunternehmen sicherstellt. Das Postulat wurde im Nationalrat und die Motion von beiden Räten angenommen [29]. Ausserdem nahm der Nationalrat ein Postulat der sozialdemokratischen Fraktion an, welches den Bundesrat aufforderte, zu prüfen, wie der internationale Flugverkehr angemessen besteuert werden kann [30].

Zwei parlamentarische Initiativen setzten sich mit der Thematik der Transparenz in Sachen Steuerbefreiung auseinander. Einerseits die parlamentarische Initiative Savary (sp, VD), welche die Steuergesetzgebung so abändern wollte, dass die internationalen Sportorganisationen ihre Bilanz, die Löhne ihrer Direktionsmitglieder und die Lohnskala offenlegen müssen. Andererseits die parlamentarische Initiative Müller (gp, AG), welche den Bundesrat beauftragte, dem Parlament ein Gesetz vorzulegen, das die volle finanzielle und organisatorische Transparenz aller steuerbefreiten Organisationen sicherstellt. Beide Initiativen wurden vom Nationalrat abgelehnt [31].

Eine parlamentarische Initiative Imfeld (cvp, OW) wollte das Bundesgesetz über die Krankenversicherung (KVG) um einen neuen Artikel mit einer gesetzlichen Bescheinigungspflicht ergänzen, welcher die Versicherer verpflichten würde, den versicherten Personen jeweils nach Ablauf eines Jahres zuhanden der Steuerbehörden die bezahlten Krankenkassenprämien, die bezahlten Franchisen und die bezahlten Selbstbehalte zu bescheinigen. Der Nationalrat lehnte die Initiative entsprechend der Empfehlung der Kommission ab, welche den Aufwand für eine Regelung auf Gesetzesstufe als unverhältnismässig hoch einschätzte [32].

Eine Motion Dupraz (fdp, GE) wollte der effektiven Prämienbelastung, welche den Versicherten durch die obligatorische Krankenversicherung erwächst, Rechnung tragen und die Obergrenze des von den Einkünften abziehbaren Gesamtbetrages in Zukunft jährlich anpassen, wobei sich die Anpassung nach dem durchschnittlichen Anstieg der Prämien richten sollte. Der Bundesrat lehnte die Motion ab, weil das Herausbrechen eines einzelnen Abzuges aus dem grundsätzlichen Rhythmus des Teuerungsausgleiches zu einer Verkomplizierung des Steuerrechts führen würde. Dem folgte auch der Nationalrat und lehnte die Motion ab [33].

Nationalrätin Kiener Nellen (sp, BE) verlangte mit einer Motion, dass die Leistungen aus Kapitalversicherungen der Einkommenssteuer unterstellt werden. Dies betrifft den Ertragsteil aus dem Vermögensanfall aus rückkauffähigen Kapitalversicherungen und zwar weil diese gegenüber Leistungen aus der Risikoversicherung privilegiert sind. Der Bundesrat wies darauf hin, dass eine rechtsgleiche Besteuerung tatsächlich gleichwertiger Vorsorgeanstrengungen nur im Rahmen einer Gesamtbetrachtung und unter Miteinbeziehen der Stempelabgabe auf Lebensversicherungen möglich sei, nicht aber alleine mit der in der Motion vorgeschlagenen punktuellen Massnahme. Entsprechend wurde die Motion im Nationalrat abgelehnt [34].

Ein Postulat der SVP wie auch eines der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrates beauftragten den Bundesrat je einen Bericht zu erstellen. Während das erste Postulat einen Überblick über zusätzliche Belastungen durch Steuern, Abgaben und Gebühren verlangte, forderte das andere einen Bericht über die Über- und Unterbesteuerung der privaten Altersvorsorge. Der Nationalrat nahm beide Postulate an [35].