Ein vom Nationalrat angenommenes Postulat Markwalder Bär (fdp, BE) beauftragte den Bundesrat, die Vor- und Nachteile der Monopolstruktur im Akkreditierungs- und Qualitätswesen der schweizerischen Universitäten darzulegen sowie Alternativen aufzuzeigen. Das Organ für Akkreditierung und Qualitätssicherung (OAQ) ist die einzige Stelle in der Schweiz, welche universitäre Institutionen oder Lehrgänge akkreditieren kann. Über das Verfahren, das die OAQ durchführt, entscheidet anschliessend die Schweizerische Universitätskonferenz (SUK). Da die Kantone Auftraggeber der SUK sind und gleichzeitig Träger der Universitäten, überprüft formell gesehen der Beauftragte (SUK) seinen Auftraggeber (Kanton), was, nach Ansicht der Postulantin, der Qualitätssicherung nicht dienlich ist [43].

Der Unternehmer Adolphe Merkle stiftete der Universität Freiburg 100 Mio Fr. Damit soll hauptsächlich ein Forschungsinstitut für Nanotechnologie betrieben werden. Der Pionier der Freiburger Hightech-Industrie will mit seiner Schenkung dem Pioniergeist in der universitären Forschung und der technologischen Entwicklung im Kanton Freiburg starken Schub geben. So viel Geld auf einmal hatte bisher noch keine Schweizer Universität von einer Privatperson erhalten [44].

Die Wahl des neuen ETH-Präsidenten sorgte für Unmut und Turbulenzen. Der Hirnforscher Martin Schwab, welcher als Kronfavorit für das Präsidium der ETH Zürich galt, zog seine Kandidatur im Frühjahr zurück [45]. Ein Verteilungskampf zwischen Zürich und Lausanne überschattete die Wahl des neuen ETH-Präsidenten. Der Vorwurf der Willkür bei der Geldvergabe und beschönigte Budgetzahlen standen im Raum. Der Physiker Ralph Eichler, Direktor des Paul-Scherrer-Instituts, soll nun als neuer Präsident wieder Ruhe an der ETH Zürich herstellen [46].Zur Freude zahlreicher Kritiker verliess auch der ETH-Ratspräsident Alexander Zehnder den ETH-Rat per Ende 2007 aus "persönlichen Gründen" [47]. Zu seinem Nachfolger wählte der Bundesrat den ehemaligen Glarner FDP-Ständerat Fritz Schiesser. Die Zukunft des Gremiums „ETH-Rat“ an sich bleibt weiterhin offen. Der neue ETH-Ratspräsident Schiesser steht vor vielfältigen Herausforderungen und muss primär den Ausgleich zwischen der ETH Zürich und derjenigen in Lausanne finden [48]. Mit Heidi Wunderli-Allenspach wurde in der 152-jährigen Geschichte der ETH Zürich erstmals eine Frau zur Rektorin gewählt [49].

Ein vom Nationalrat überwiesenes Postulat Müller-Hemmi (sp, ZH) forderte den Bundesrat auf, die Führungsstruktur des ETH-Bereichs zu überprüfen. Dazu wurde der Bundesrat ersucht, einen Bericht über die Organisation des ETH-Bereiches für die Sicherung der Qualität, der Führung und Steuerung des ETH-Bereichs vorzulegen und einen allfälligen Verbesserungsbedarf aufzuzeigen. Ausserdem sollte der Bericht darlegen, was für die Beibehaltung des ETH-Rates spricht, wie die Autonomie der Schulen gestärkt werden könnte und welche alternativen Steuerungsinstrumente es gäbe [50].

In eine ähnliche Richtung zielte auch eine Motion Pfister (svp, SG), welche die Krise der ETH als eine Chance nutzen wollte. Der Bundesrat sollte die Defizite bezüglich der Trennung von strategischer und operativer Führung im ETH-Bereich, welche in dieser Zeit aufgetaucht waren, beseitigen. Die Motion forderte eine klar geregelte Kompetenz- und Aufgabenverteilung zwischen dem ETH-Rat, den Schulen und den Forschungsanstalten. Eine Mehrheit im Ständerat war der Meinung, dass den geltenden gesetzlichen Regelungen, welche erst seit 2003 in Kraft sind, Zeit zur Bewährung gelassen werden müsse, bevor neuerliche Änderungen vorgenommen werden. Im Gegensatz zum Nationalrat, welcher die Motion angenommen hatte, lehnte der Ständerat die Motion ab [51].

Eine Motion der WBK des Nationalrates wollte, dass der Bundesrat dem Parlament in Zukunft den Leistungsauftrag für die ETH in einer separaten Botschaft und vor der Behandlung der BFI-Rahmenkreditanträge vorlegt. Der Bundesrat lehnte die Motion ab, weil ohnehin eine Revision des ETH-Gesetzes vorbereitet werde und das Anliegen im Rahmen der Revision geprüft würde. Trotz dieser Empfehlung des Bundesrates nahm der Nationalrat die Motion an. Der Ständerat lehnte die Motion ab, weil er der Auffassung war, dass eine zeitliche Trennung der Beratung des Leistungsauftrages und des Zahlungsrahmens für den ETH-Bereich nicht sinnvoll sei [52].