Das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement bewilligte den Fachhochschulen 64 Gesuche für Master-Studiengänge – über die Hälfte davon in den Bereichen Musik, Theater und Kunst. Für die übrigen 22 Gesuche müssen weitere Abklärungen erfolgen, die bis Ende Januar 2008 abgeschlossen sein werden. Im Gegensatz zu den Universitäten, die ihre Studiengänge selber festlegen dürfen, ist bei den Fachhochschulen der Bund federführend. Folgenden Fachhochschulen wurden die Masterstudiengänge bereits bewilligt: Die Berner Fachhochschule erhielt 14 Studiengänge, diejenige der Nordwestschweiz zehn, fünf Masterstudiengänge wurden an der FH Ostschweiz bewilligt, sieben an der FH Zentralschweiz, acht an der Haute Ecole spécialisée de Suisse occidentale, sieben an der Scuola Universitaria della Svizzera Italiana und 13 an der Zürcher Fachhochschule [54].

Nach einem Streit zwischen den Kantonen Bern, Jura und Neuenburg um die Standorte der Fachhochschule Jurabogen (HE-Arc) konnte ein Kompromiss erzielt werden. Der Streit um die Standorte war ausgebrochen, als die Neuenburger Kantonsregierung zwecks Abbau von Spannungen zwischen dem oberen und unteren Kantonsteil angekündigt hatte, dass La Chaux-de-Fonds Standort der Ingenieurausbildung werden soll. Bern und Jura fühlten sich übergangen, da sie im Rahmen der vom Fachhochschulverband der Westschweiz geforderten Standortkonzentration bereit waren, ihre Schulen in Saint-Imier und Delémont auf Aussenstellen herabzustufen. La Chaux-de-Fonds und Le Locle stimmten dem vorläufigen Wegzug ihrer Ingenieurausbildung nach Neuenburg schliesslich aber doch zu [55].