Als Zweitrat befasste sich der Nationalrat mit der Übernahme der EU-Verordnung über biometrische Pässe und andere Reisedokumente. Grundsätzlich geht es dabei um die Aufnahme von biometrischen Daten (vorläufig nur Gesichtsmerkmale, ab 2009 auch zwei Fingerabdrücke) auf einem Chip in diesen Ausweisdokumenten und um die Speicherung dieser biometrischen Merkmale in der existierenden zentralen Datenbank über die ausgestellten Ausweise. Für die Reisepässe würde dieser Chip sofort eingeführt, für die Identitätskarten erhielte der Bundesrat die Kompetenz, ihn später als obligatorisch zu erklären. Nationalrat Zisyadis (pda, VD) stellte einen von respektablen Minderheiten der SVP und der GP unterstützten, aber letztlich erfolglosen Nichteintretensantrag. Die vorberatende Staatspolitische Kommission hatte aber auch einige Einwände, welche sie als Abänderungsanträge formulierte. Aus der Überlegung heraus, dass eine Mehrheit der Bevölkerung nie in die USA reist, wollte sie, dass neben den von diesem Land verlangten teuren neuen Ausweisdokumenten weiterhin eine herkömmliche Identitätskarte ohne Chip mit biometrischen Daten erhältlich sein soll. Im Sinn der Publikumsfreundlichkeit sollen zudem weiterhin die Gemeinden, und nicht nur die von den Kantonen bezeichneten regionalen Verwaltungsstellen diese nicht biometrischen Identitätskarten abgeben dürfen. Als Ergänzung der neuen biometrischen Ausweispapiere forderte die SPK zudem, dass dieser Chip auch Elemente für die Schaffung einer elektronischen Identität enthalten kann, wie sie für Transaktionen im Internet nützlich ist (so genannte elektronische Signatur). Alle drei Vorschläge akzeptierte der Rat oppositionslos. Der lauten Kritik in der Öffentlichkeit an den vorgesehenen hohen Ausgabepreisen für die Dokumente trug der Rat insofern Rechnung, als er festhielt, dass diese Gebühren „familienfreundlich“ ausgestaltet sein müssen. Die Grünen und die SP gingen mit ihrer Kritik weiter als die SPK. Sie lehnten auch die zentrale Datenbank ab, in der unter anderem die Fingerabdrücke aller Inhaber dieser neuen Ausweispapiere gespeichert werden. Diese zentrale Datenbank werde vom Schengen-Abkommen nicht verlangt und eröffne die Möglichkeit, dass diese später von der Polizei nicht nur wie gesetzlich erlaubt für die Identifikation von Opfern von Gewalttaten oder Katastrophen, sondern auch für andere Ermittlungsarbeiten beigezogen werden könnte. Ihr Antrag, dass die Fingerabdrücke nicht in die Datenbank aufgenommen resp. auf Wunsch gelöscht werden, konnte sich nicht durchsetzen. In der Gesamtabstimmung sprachen sich nicht nur die geschlossenen Grünen und eine starke Mehrheit der SP gegen die Vorlage aus, sondern auch ein Teil der SVP; in der Schlussabstimmung votierte neben der Linken fast die Hälfte der SVP dagegen. Der SVP-Protest richtete sich aber weniger gegen die Vorlage an sich, als gegen die Tatsache, dass die Schweiz wegen ihrer Teilnahme am Schengen-Abkommen zur Übernahme dieser neuen Passvorschriften verpflichtet ist.

In der Differenzbereinigung strich der Ständerat die von der grossen Kammer geschaffene Möglichkeit, weiterhin eine herkömmliche Identitätskarte ohne Chip zu beziehen und diese von den Gemeinden ausstellen zu lassen. Begründet wurde diese Streichung mit dem Protest der Kantone gegen diese für sie kompliziertere Lösung, die zudem in ihre verfassungsmässig garantierte Autonomie bei der Organisation ihrer Verwaltung eingreift. Gegen den Widerstand der Linken schloss sich der Nationalrat diesem Entscheid an [6].

Ein Komitee mit einzelnen Politikern der PdA, der SP, der GP, der SVP, der EDU und der SD lancierte das Referendum, das fristgerecht mit über 60 000 gültigen Unterschriften zustande kam. Mitgewirkt in dieser bunten Koalition hatten auch Organisationen der äusseren Rechten, Vertreter von Fussballfanclubs, religiöse Gruppierungen sowie Vereine, welche sich für Immigranten einsetzen. Die Unterschriften stammten fast alle aus der Deutschschweiz. Informiert und geworben für das Referendum wurde praktisch ausschliesslich im Internet auf einer eigens dafür geschaffenen Seite „www.freiheitskampagne.ch“, auf welcher auch die Unterschriftenbogen herunter geladen werden konnten. Experten sprachen denn auch vom ersten Internet-Referendum der Schweiz [7].