Le Conseil fédéral a présenté son message concernant le programme d’armement 2008 (arrêté fédéral sur l’acquisition de matériel d’armement) au mois de février. En accord avec la concrétisation de l'étape de développement 2008/2011, ce programme comportait des crédits d'engagement pour quatre projets pour un montant total de 917 millions de francs, soit en nette augmentation par rapport au précédent (+336 millions de francs). Il prévoyait l'achat d'une première tranche de véhicules protégés de transport de personnes (396 millions de francs), l'acquisition de véhicules d'exploration ABC (70 millions de francs) et de véhicules de détection pour la défense ABC (47 millions de francs). Le dernier volet du programme était consacré au programme de sauvegarde des capacités des avions de combat F/A-18, c’est-à-dire du maintien de la disponibilité opérationnelle de ces appareils pour la deuxième moitié de leur durée de vie (404 millions de francs).

Au Conseil des Etats, l’entrée en matière n’a pas suscité d’opposition. Le volet du programme d’armement relatif aux F/A-18 a constitué le seul point de divergences lors de la discussion par articles. Socialistes et Verts ont déposé une proposition de renvoi demandant que l’on divise le programme d’armement en deux pour permettre à la commission de traiter de la question de l’amélioration des F/A-18 en même temps que la problématique de l’ensemble des Forces aériennes et de l’acquisition de nouveaux avions (remplacement partiel de la flotte d’avions de combat F-5 Tiger). Celle-ci a cependant été rejetée par 29 voix contre 9. Quant au frein aux dépenses, il a été adopté par 30 voix contre 0 et 5 abstentions. Au vote sur l’ensemble, les députés ont adopté le projet par 25 voix contre 0 et 8 abstentions.

Le projet a suscité des débats nettement plus animés au Conseil national, notamment sous l’effet de l’ « alliance » renouvelée entre socialistes et démocrates du centre (voir débats sur les programmes d’armement précédents), opposés, pour des raisons très éloignées cependant, au programme d’armement présenté. En conflit plus ou moins ouvert depuis un moment avec son ancien conseiller fédéral Samuel Schmid (qui avait quitté l’UDC pour le PBD), le groupe UDC a déposé une motion d’ordre (demande de suspension des débats) et une proposition de renvoi demandant que le Conseil fédéral présente un rapport sur les disfonctionnements de l’armée et les mesures qu’il entendait prendre pour y remédier. Ces deux propositions ont été rejetées de manière claire, par 131 voix contre 49 et par 125 contre 48, respectivement. Une proposition de non-entrée en matière du groupe des Verts a quant à elle été rejetée par 160 voix contre 31. Même si quelques voix socialistes se sont jointes à celles des Verts, le PS était majoritairement favorable à une entrée en matière sur le projet. Cette dernière étant acquise, le groupe socialiste menaçait de ne soutenir le projet du Conseil fédéral à la seule condition que le projet de sauvegarde des capacités du F/A-18 soit retranché du programme d’armement. Pour les socialistes, ce dernier volet du programme devait en effet être discuté en même temps que le programme d’armement 2010, dans lequel figurera le remplacement des avions de combat F-5 Tiger. Ils ont également soutenu deux propositions de minorité visant à réduire les acquisitions de véhicules de transport. Toutes les propositions de minorité ont cependant été rejetées. Au vote sur l’ensemble, et malgré les appels des radicaux-libéraux, du groupe PDC et du conseiller fédéral Samuel Schmid, le programme d’armement a été rejeté par 104 voix (PS, Verts et UDC) contre 83. Auparavant, le frein aux dépenses avait également été rejeté par 86 voix contre 78 (Verts, socialistes et quelques UDC).

Lors de l’élimination des divergences au Conseil des Etats, le seul point de discussion a concerné la proposition socialiste demandant le renvoi du projet de sauvegarde des capacités du F/A-18. Le plénum l’a rejetée par 32 voix contre 7. Au vote sur l’ensemble, le Conseil des Etats a adopté le programme d’armement par 33 voix contre 3 et 5 abstentions. Au Conseil national, les quatre partis gouvernementaux ont rejeté la proposition de minorité Geri Müller (pe, AG), qui proposait de ne pas entrer en matière sur le projet (134 voix contre 30). Cette entrée en matière acquise, les débats se sont focalisés sur les deux propositions de minorité socialiste et écologiste. Satisfaite des réponses apportées entre-temps par le DDPS – et sans doute apaisée par l’annonce de la démission du conseiller fédéral Schmid un mois avant ce débat –, l’UDC a apporté son soutien au programme d’armement, annihilant de fait les chances que ces propositions de minorité soient acceptées. Ces dernières ont d’ailleurs été nettement rejetées, respectivement par 116 voix contre 58 et 142 voix contre 25. Après que la majorité qualifiée a été acquise pour débloquer le crédit en question (117 voix contre 58), le Conseil national a adopté, par 114 voix contre 57 et 5 abstentions le projet tel que voté au Conseil des Etats, Verts et socialistes s’y opposant en vain [32].