Der Bundesrat hatte im Januar 2008 nach Kenntnisnahme der Ergebnisse der Vernehmlassung in einem Grundsatzentscheid beschlossen, dem Parlament eine Botschaft zur Reform der Mehrwertsteuer mit zwei voneinander unabhängigen Teilen zu unterbreiten. Die Ende Juni 2008 verabschiedete Sammelbotschaft ist so aufgebaut, dass beide Teile nacheinander behandelt werden können. Es ist aber auch möglich, direkt Teil B zu behandeln, welcher die Reformmassnahmen von Teil A ebenfalls umfasst. Der Gesetzesentwurf wurde nach dem Grundsatzentscheid noch einmal deutlich überarbeitet, um die Anliegen der betroffenen Kreise noch besser zu berücksichtigen.

Das Fundament der Reform bildet der erste Teil der Botschaft mit einem vollständig überarbeiteten MWSt-Gesetz. Die technischen Anpassungen betreffen hauptsächlich die steuerpflichtigen Unternehmen und die Verwaltung. Die mit der Abrechnung der MWSt verbundenen administrativen Kosten der Unternehmen werden um durchschnittlich über 10% abnehmen. Das überarbeitete Gesetz zeichnet sich durch eine einfachere Systematik und inhaltliche Revisionen in über 50 Punkten aus. Es wird damit wesentlich zum Abbau des oft gerügten Formalismus der Steuerbehörden beitragen. Die heute gültigen Steuersätze und Ausnahmen bleiben in diesem Teil der Botschaft bestehen. Im zweiten Teil der Botschaft schlägt der Bundesrat zusätzlich zu den Massnahmen des Teils A vor, einen Einheitssatz von 6,1% einzuführen und möglichst viele Ausnahmen abzuschaffen. Beide Teile der Botschaft führen in der MWSt zu wesentlichen Vereinfachungen, mehr Rechtssicherheit und Transparenz. Nach Ansicht des Bundesrats wird die Anwendung der MWSt mit dem Einheitssatz und der Aufhebung von Ausnahmen am einfachsten. Der Bundesrat strebt deshalb die Umsetzung sowohl der in Teil A als auch der in Teil B enthaltenen Reformen an [21].

Im Vorjahr hatte der Nationalrat eine Motion Steiner (fdp, SO) angenommen, welche analog der jährlichen Erhebung "Steuerbelastung in der Schweiz" verlangte, parallel dazu sei auch eine Aufstellung "Gebührenbelastung in der Schweiz" vorzunehmen und zu publizieren. Der Bundesrat hatte Ablehnung der Motion beantragt, weil eine einheitliche Basis zur Schätzung der Höhe der Belastung durch Gebühren und Abgaben nicht möglich sei, da diese je nach Individuum, Kanton und Gemeinde anders seien. Die Entwicklung der Belastung durch Gebühren könne zudem bereits heute aus vorhandenen Statistiken des EFD abgelesen werden. Trotz dieser Gegenargumente nahm der Ständerat die Motion diskussionslos ebenfalls an [22].