Fin 2007, la commission de l’environnement du Conseil des Etats (CEATE-CE) avait déposé une initiative parlementaire intitulée « Protection et utilisation des eaux » au titre de contre-projet indirect à l’initiative populaire « Eaux vivantes (Initiative pour la renaturation) ». À l’instar du Conseil fédéral, les commissaires estimaient qu’il convenait de recommander le rejet de l’initiative populaire en raison des droits de requête et de recours excessifs qu’elle entendait accorder aux organisations de pêcheurs et de protection de l’environnement et des conditions très restrictives auxquelles elle voulait soumettre la production hydroélectrique. Mais contrairement au gouvernement, ils jugeaient nécessaire que la Confédération entreprît rapidement des mesures en matière de renaturation des cours d’eau. Après avoir obtenu l’aval de son homologue du Conseil national, la CEATE-CE a ainsi élaboré, puis mis en consultation, au printemps de l’année sous revue, un projet inscrivant dans la loi l’encouragement de la revitalisation des eaux publiques, l’atténuation des effets nuisibles des éclusées en aval des centrales hydroélectriques et la garantie de la qualité de l’eau, tout en conservant les droits acquis pour la production d’énergie hydraulique. Il se distingue de l’initiative populaire par ses ambitions plus modestes, par le financement qu’il propose pour les mesures précitées, ainsi que par le refus de toute extension des droits des organisations. Le coût des mesures de revitalisation et d’assainissement, estimé à 50 millions de francs par an sur vingt ans (soit au total 1 milliard de francs), sera financé au moyen d’une taxe de 0,1 centime par kilowattheure prélevée par la société exploitant le réseau national d’acheminement de l’électricité (Swissgrid).

Lors de la consultation, le projet a reçu un accueil globalement favorable sur le principe, seule l’UDC préconisant le rejet pur et simple de l’initiative populaire. Les avis ont été plus partagés sur le fond, les milieux électriques exigeant plus de dérogations en matière de débit résiduel, afin de faciliter l’utilisation de la force hydraulique, alors que les associations écologistes souhaitaient au contraire restreindre cette possibilité. En dépit de son refus initial d’opposer un contre-projet à l’initiative populaire, le Conseil fédéral a réagi favorablement au projet de la CEATE-CE, saluant son caractère raisonnable et ne demandant que des modifications mineures. En fonction des résultats de la consultation, la commission a modifié son initiative parlementaire de sorte à entériner l’obligation pour les cantons d’élaborer des programmes de revitalisation, à faciliter l’acquisition de terrains pour la mise en œuvre de ces derniers et à octroyer une indemnisation complète aux propriétaires de centrales hydroélectriques pour les coûts des mesures d’assainissement.

Lors de la session d’automne, le Conseil des Etats s’est ainsi penché non seulement sur le message du Conseil fédéral concernant l’initiative populaire « Eaux vivantes », mais également sur le contre-projet indirect élaboré par sa commission de l’environnement. Par 23 voix contre 6, il a suivi le gouvernement et approuvé le projet d’arrêté recommandant au peuple de rejeter l’initiative populaire, jugée dangereuse pour le secteur hydroélectrique et excessive du point de vue des droits des organisations. Partageant l’avis de leur commission concernant l’importance d’entreprendre rapidement la renaturation des cours d’eau, les sénateurs ont approuvé à l’unanimité son initiative parlementaire. Ils ont en outre décidé de proroger le délai de traitement de l’initiative populaire jusqu’au 3 janvier 2010, de sorte à laisser le temps au Conseil national de traiter les deux objets. La chambre basse ayant approuvé cette prorogation, elle débattra de ces questions en 2009 [19].

Contrairement au Conseil national en 2004, le Conseil des Etats a rejeté une motion de l’ancien conseiller national Christian Speck (udc, AG) exigeant la révision de la loi fédérale sur la protection des eaux afin d’abaisser les débits résiduels minimaux et, partant, d’optimiser l’utilisation des forces hydrauliques pour la production d’électricité. Les sénateurs ont suivi la recommandation de leur CEATE, qui soulignait que cette mesure irait à l’encontre des efforts actuels pour l’atténuation des éclusées en aval des centrales hydroélectriques (cf. supra) [20].

Suite à des mesures attestant une contamination par les PCB des eaux et des poissons dans les cantons de Fribourg et du Jura, l’OFEV et l’Office fédéral de la santé publique ont conjointement institué un groupe de travail afin d’évaluer l’ampleur du problème, d’en identifier les causes et de recommander des solutions réalisables. Cet organe doit principalement remplir une fonction de coordination au niveau supracantonal. Les représentants de tous les cantons ont été invités à y participer et les services cantonaux compétents se sont vu adresser une demande d’informations afin de collecter rapidement toutes les données disponibles sur le sujet [21].

Concernant l’augmentation de la redevance hydraulique, voir supra, partie I, 6a (Energie hydro-électrique).