Die Diskussion zur 2005 eingereichten Volksinitiative „Ja zur Komplementärmedizin“, welche 2006 vom Bundesrat zur Ablehnung empfohlen worden war, wurde in diesem Jahr im Parlament zu Ende geführt. Der Ständerat hatte im vorhergehenden Jahr einen direkten Gegenvorschlag zur Initiative ausgearbeitet, der vorschlug, das Wort „umfassend“ im Initiativtext zu streichen und die Formulierung „Bund und Kantone sorgen im Rahmen ihrer Zuständigkeiten für die Berücksichtigung der Komplementärmedizin“ dem Volk zu unterbreiten. Der Gegenvorschlag war als Antrag Büttiker (fdp, SO) im Ständerat angenommen worden und auch Sommaruga (sp, BE), welche Mitglied des Initiativkomitees war, unterstützte den Antrag und versprach, sich nach einer Annahme des Gegenvorschlages im Parlament für den Rückzug der Initiative einzusetzen.

Die Kommission des Nationalrates sprach sich mit 11 zu 9 Stimmen knapp dafür aus, dem Ständerat zu folgen und den direkten Gegenvorschlag zur Initiative anzunehmen. Eine starke Minderheit der Kommission stellte sich gegen dieses Vorhaben. Bundesrat Couchepin hielt an seinem Antrag fest und empfahl, sowohl die Initiative als auch den direkten Gegenvorschlag abzulehnen. Der Nationalrat aber folgte der Mehrheit seiner Kommission und stimmte dem direkten Gegenvorschlag mit 95 zu 60 Stimmen zu. In der Schlussabstimmung nahm der Ständerat den Gegenvorschlag einstimmig und der Nationalrat mit 152 zu 16 Stimmen an. Daraufhin zog das Initiativkomitee, wie bereits von Sommaruga (sp, BE) angekündigt, die Eidgenössische Volksinitiative „Ja zur Komplementärmedizin“ zurück [19].