Am 17. Mai fand die Volksabstimmung über die mit einem Referendum bekämpfte Einführung der biometrischen Pässe statt. Hauptkritikpunkt der Gegner war die Aufnahme der Daten in eine bereits existierende zentrale Datenbank über die ausgestellten Ausweise. Diese zentralisierte Datenbank ist für die Schengen-Mitgliedstaaten nicht vorgeschrieben und beispielsweise Deutschland verzichtet darauf. Insbesondere die Linke kritisierte diese Erfassung der Passinformationen und der biometrischen Kennzeichen wie Fingerabdrücke in einer zentralen Datenbank als „Zwangsfichierung“. Befürchtungen in Bezug auf ungenügenden Datenschutz bei dieser beim Bundesamt für Polizei angesiedelten Datenbank bewogen auch viele Printmedien (unter anderem Bund, NZZ und SGT), eine Ablehnung des Gesetzes zu empfehlen. Daneben wurde von den Gegnern auch bemängelt, dass der Bundesrat ermächtigt wird, später auch für die Identitätskarte die Aufnahme biometrischer Merkmale vorzuschreiben. Ein dritter Kritikpunkt betraf die Zentralisierung der kantonalen Passausgabestellen. Von Befürworterseite wurde die Sicherheit der neuen Pässe ins Feld geführt und auf die Erschwernisse im Reise- und Geschäftsverkehr hingewiesen, wenn bei der Nichteinführung der neuen Pässe Schweizer wieder ein Visum bräuchten, um in die USA einzureisen. Die SP und die GP hatten die Einführung der biometrischen Pässe im Parlament bekämpft und empfahlen ein Nein. Bei den Gegnern waren, wie schon bei der Unterschriftensammlung für das Referendum, die Jungparteien besonders aktiv. Mit Ausnahme der Jungen CVP beteiligten sich alle Jungparteien an einem gemeinsamen Auftritt gegen den Bundesbeschluss. Der Jungen SVP gelang es sogar, ihre Mutterpartei, die noch im Nationalrat die Vorlage knapp unterstützt hatte, von der Nein-Parole zu überzeugen. Nur gerade zwei SVP-Kantonalparteien wichen davon ab. Die Jungfreisinnigen gaben, im Gegensatz zur Mutterpartei, die Nein-Parole aus [7].

Am 17. Mai nahm das Volk den Bundesbeschluss mit 953 173 Ja zu 947 493 Nein äusserst knapp an. Am deutlichsten fiel die Zustimmung im Kanton Luzern mit 58% aus, am deutlichsten war die Ablehnung im Jura mit 56% Nein. Die in der Geschichte der nationalen Volksabstimmungen zweitkleinste Differenz zwischen der Anzahl Ja- und Nein-Stimmen (5780) löste Hunderte von Beschwerden mit der Forderung einer Neuauszählung aus. Da aber nirgendwo konkrete Unregelmässigkeiten moniert wurden, blieben sie erfolglos. Gemäss der Vox-Analyse waren die Zweifel an der Datensicherheit bei einer zentralen Speicherung der Passinformationen das wichtigste Motiv für die Nein-Stimmenden gewesen. Unterschiede im Stimmverhalten liessen sich kaum feststellen. So opponierten Junge, trotz des Einsatzes der Jungparteien nicht mehr gegen die neuen Pässe als ältere Personen, und auch die Bildung und die Sprachregion spielten keinen Einfluss [8].

Der Nationalrat gab in der Wintersession einer parlamentarischen Initiative seiner Staatspolitischen Kommission Folge. Diese verlangt, dass im Fall der Einführung einer Identitätskarte mit biometrischen Daten weiterhin auch eine solche ohne diese Informationen erhältlich sein muss, und dass geprüft wird, ob bei den Pässen auf eine zentrale Datenbank verzichtet werden kann. Anlass für diesen Vorstoss der SPK waren insgesamt fünf parlamentarische Initiativen mit ähnlichen Forderungen gewesen, welche SVP, SP, CVP und GP nach der Volksabstimmung eingereicht hatten [9].