Suite à l’affaire de l’arrestation d’Hannibal Kadhafi à Genève, la menace de cessation des livraisons de pétrole à la Suisse n’a pas été suivie d’effet. En représailles, deux ressortissants suisses ont par contre été retenus par les autorités libyennes et, selon la BNS, près de 5,6 milliards de francs ont été retirés des banques suisses sans répercussion sur l’économie helvétique. Au début de l’année, les autorités libyennes ont exigé des excuses de la part de la Confédération et ont déposé une plainte civile contre l’Etat de Genève évoquant la disproportion des moyens utilisés lors de cette arrestation. Parallèlement, Micheline Calmy-Rey s’est engagée directement dans les négociations et a rencontré Saif al-Islam Kadhafi, le frère d’Hannibal, en marge du Forum économique mondial de Davos. Elle a ensuite fait le déplacement à Tripoli (Libye) pour s’entretenir avec le premier ministre libyen, Al Baghdadi Ali al-Mahmoudi. L’apaisement espéré n’a pas eu lieu.

En août, le président de la Confédération s’est rendu à Tripoli pour rencontrer le premier ministre libyen. Les deux parties ont signé un accord de sortie de crise qui exige des excuses de la Confédération et la mise en place d’un tribunal arbitral international concernant l’arrestation d’Hannibal Kadhafi. L’accord ne mentionne pas les deux citoyens suisses retenus en Libye et ne correspond pas à l’accord négocié par le DFAE. Lors de cette visite, le président de la Confédération a exprimé ses excuses au peuple libyen tandis que le premier ministre libyen a promis le retour des ressortissants helvétiques au 1er septembre. Cette démarche solitaire a soulevé de nombreuses critiques en Suisse, notamment de la part du DFAE, des cantons et de la classe politique. Néanmoins, elles sont restées modérées afin de ne pas compromettre un hypothétique retour des deux citoyens suisses. En conséquence, le Conseil fédéral a reconnu l’accord signé par le président de la Confédération et a entamé des démarches pour la création d’un tribunal arbitral international. Dans le même temps, le dirigeant libyen, Mouammar Kadhafi, a demandé au secrétariat général de l’ONU à ce que figure à l’ordre du jour de l’Assemblée générale de l’ONU le démantèlement de la Suisse, sans succès. Au début du mois de septembre, les deux Suisses étaient toujours retenus en Libye et le vice-ministre des affaires étrangères libyen, Khaled Kaim, a essayé d’apaiser la situation en affirmant que la Libye ne s’était à aucun moment engagé à les laisser quitter le pays d’ici la fin août.

A la fin du mois de septembre, suite à une visite médicale exigée par les autorités libyennes, les deux ressortissants suisses ont été placés en détention sans qu’en soient informées les autorités helvétiques. Parallèlement, en marge de l’Assemblée générale de l’ONU, Hans-Rudolf Merz a pu rencontrer Mouammar Kadhafi. Il a exigé la libération des deux Suisses comme condition à la normalisation des relations entre les deux pays sans pour autant obtenir d’assurances à ce propos. Durant l’automne, le gouvernement helvétique a durci le ton des négociations. Il a mis en place une politique restrictive d’établissement de visa Schengen pour les ressortissants libyens, a gelé l’accord signé par le président de la Confédération en août et a accusé Tripoli de non collaboration. Dans le même temps, l’Espagne, qui allait assurer la présidence tournante de l’UE au premier semestre 2010, a proposé son aide dans les négociations. En novembre, les deux citoyens suisses ont fait leur retour à l’ambassade helvétique de Tripoli après 50 jours de détention mais sans pour autant pouvoir quitter le pays. A la fin de l’année, ils ont été condamnés par contumace à 16 mois de prison ferme et à une peine pécuniaire équivalente à 1600 francs chacun pour séjour illégal, ils ont fait appel. Au 31 décembre, les deux Suisses étaient toujours en Libye et attendaient un jugement pour exercice d’activités illégales et fraude fiscale [78].