En mars, les discussions sur le projet de modification de la LAAM présenté au début de l’année précédente ont repris dans le cadre d’une procédure d’élimination des divergences. Après la décision du Conseil des Etats de maintenir sa position de l’année précédente, les deux chambres s’opposaient encore sur trois volets du projet. Le Conseil des Etats souhaitait maintenir les cours de répétitions à l’étranger pour certaines formations de troupe tandis que le Conseil national s’y opposait. La chambre des cantons a en outre estimé que l’engagement de militaires à l’étranger pour une durée de plus de trois mois dans le cadre de la promotion de la paix et pour le service d’assistance exigeait une approbation du parlement au plus tard lors de la deuxième séance suivant l’engagement, alors que celle du peuple a considéré que l’aval devait être donné au plus tard lors de la séance suivant l’engagement. Enfin, la chambre haute a jugé que l’engagement de troupes pour protéger les représentations suisses à l’étranger nécessitait la consultation des seuls présidents des CPS et des commissions de politique extérieure (CPE), quand la chambre basse a estimé que la consultation devait s’adresser à tous les membres de ces mêmes commissions. Les chambres ayant maintenu leur position respective sur ces trois points de désaccord, la convocation d’une conférence de conciliation a été nécessaire. Le Conseil national a rejeté les propositions de la conférence de conciliation par 108 voix contre 63 suivant ainsi une minorité de la CPS-CN soutenue par la majorité des membres des groupes socialistes, verts et UDC. En conséquence, le projet a été liquidé  BO CN, 2009, p. 967 ss. et 1152 ss.; BO CE, 2009, p. 17 ss. et 473 s.; LT, 21.1 et 11.6.09; NZZ, 23.1 et 11.6.09. Voir APS 2008, p. 85 ss..

En juin, une motion Eichenberger-Walther (plr, AG) a été déposée et ensuite adoptée par le Conseil national. Elle demande au Conseil fédéral de créer des bases légales pour des mesures plus pointues en matière de non-recrutement ou d'exclusion de l'armée. Ces mesures devaient ainsi déployer leurs effets avant et pendant toute la durée des obligations militaires. Le Conseil fédéral a répondu au mois d'août qu'il partageait cet avis et qu'il étudiait un nouveau projet de révision de la LAAM à proposer au parlement  BO CN, 2009, p. 1802 s..

En août, le Conseil fédéral a présenté son message sur un nouveau projet de modification de la LAAM. Ce projet allégé a fait suite au classement du projet de modification de la LAAM de 2008 (voir supra). Il ne contient donc plus les éléments contestés et reprend les autres dispositions présentées en mars 2008, à savoir les renseignements sur les candidats à une fonction de cadre, la remise de l'arme personnelle, la vente d'immeubles militaires et les prestations commerciales du DDPS. Au Conseil des Etats, une proposition de renvoi David (pdc, SG) souhaitant donner un signal clair au Conseil fédéral de la volonté de mettre en place un débat de fond sur les orientations de l’armée a été refusée par 21 voix contre 19. Le Conseil des Etats a toutefois modifié le projet. Au vote sur l’ensemble, le projet du Conseil fédéral a été adopté à l’unanimité  FF, 2009, p. 5331 s.; BO CE, 2009, p. 1248 ss. Voir APS 2008, p. 85 ss..