En réponse à une revendication du syndicat du personnel des transports (SEV), la direction des CFF a annoncé des mesures visant à renforcer la sécurité du personnel des trains face à une recrudescence des agressions. Il s’agit notamment de créer 125 nouveaux postes de personnel d’accompagnement, de sorte à garantir d’ici à 2014 la présence de deux agents de train sur chaque convoi grandes lignes. La direction a également opté pour un recours accru à la police ferroviaire et aux services de Securitas sur les lignes où les incivilités et autres actes délictueux sont les plus fréquents. Le SEV a accueilli très favorablement ce train de mesures [56].

Les CFF ont entamé un bras de fer judiciaire avec l’OFT après que celui-ci a décidé d’annuler une amende de 80 francs infligée à un passager muni d’un billet de 2e classe mais circulant en 1ère classe. L’office a estimé que les CFF ne peuvent pas infliger une sanction identique à un passager circulant sans billet et à un autre circulant avec un billet pour une prestation de valeur inférieure et doivent instituer un système de sanction différencié. L’ancienne régie fédérale a annoncé le dépôt d’un recours auprès du TAF, soulignant que le supplément d’autocontrôle de 80 francs est ancré dans la loi sur les transports et qu’il s’est avéré efficace, permettant une réduction du taux de resquille de 4% à 1,4%. En fin d’année, le TAF a donné raison aux CFF, estimant impraticable le dispositif proposé par l’OFT. Il a toutefois précisé que, outre la surtaxe de 80 francs, un passager de 1ère classe muni d’un billet de 2e classe valable ne doit payer que la différence entre les prix des deux billets, et non la totalité du prix du billet 1ère classe [57].

Les CFF ont mis en œuvre l’offre de billets à prix réduits en fonction du taux d’occupation des trains, à l’étude depuis un certain temps déjà. Valable durant une période d’essai de trois mois et accessible uniquement via Internet, cette offre vise à améliorer la gestion des flux de voyageurs en déchargeant les heures de pointe vers les heures creuses. Il s’est toutefois révélé que ce dispositif profitait principalement aux personnes jouissant d’une grande liberté dans leur gestion du temps, au détriment donc des pendulaires, soumis à un horaire strict de travail. Au terme de deux périodes d’essai, les CFF ont parlé de succès, alors que la presse a jugé le bilan décevant, les rames demeurant surchargées aux heures de pointe. En effet, seuls 500 billets à tarif préférentiel ont été écoulés en moyenne quotidiennement, soit 0,7 pour mille de la totalité des usagers quotidiens des prestations des CFF. Les CFF ont par ailleurs renoncé à augmenter les tarifs au cours de l’année sous revue en raison de la crise économique. Présentée comme nécessaire au financement des projets d’extension du réseau ferroviaire (ZEB et Rail 2030), cette hausse est reportée d’une année, soit à l’entrée en vigueur de l’horaire 2011 en décembre 2010 [58].

À partir du mois d’août de l’année sous revue, le supplément perçu pour l’achat de billets dans les trains a doublé, passant de 5 à 10 francs. Les CFF ont justifié cette mesure par l’augmentation constante du nombre de voyageurs qui recourent à ce service, générant un important surcroît de travail aux agents de train au détriment de la qualité des autres prestations fournies à la clientèle. Outre l’incitation à se procurer un billet avant la montée dans le train, il s’agit également de dissuader plus fortement les resquilleurs qui misent sur la possibilité de ne pas être contrôlés [59].

Lancée l’année précédente, la recherche de partenaires pour CFF Cargo sur le marché international n’a pas abouti au résultat escompté. En effet, l’ancienne régie souhaitait conclure un partenariat fort et durable sous la forme de la vente de 49% des actions de CFF Cargo à une compagnie partenaire. Parmi les quatorze propositions reçues, celles de la SNCF française et de la DB allemande ont obtenu les faveurs tant des CFF que des observateurs. En fin d’année, cependant, les négociations avec ces deux partenaires potentiels ont échoué en raison des difficultés conjoncturelles rencontrées par le secteur du trafic marchandises. La direction des CFF a fait état de sa volonté de mettre en œuvre son scénario alternatif, à savoir le développement autonome de CFF Cargo associé à la conclusion de partenariats ciblés [60].

Une année après le déplacement du centre d’appel CFF Cargo de Fribourg à Bâle, l’ancienne régie a annoncé la création de 70 places de travail avec l’installation dans les locaux ainsi libérés du centre des ressources humaines des CFF. Cette annonce concrétise l’accord passé par les CFF et le gouvernement fribourgeois l’année précédente, dans lequel les premiers s’engageaient à recréer 50 à 100 emplois qualifiés à Fribourg [61].

À l’issue de la consultation lancée l’année précédente, le Conseil fédéral a confié au Département fédéral des finances l’élaboration d’un message relatif à une contribution fédérale de 1,148 milliard de francs destinée à l’assainissement de la caisse de pension des CFF (CP CFF). Malgré l’opposition du PRD, de l’UDC et des groupes d’intérêts économiques, le gouvernement a estimé nécessaire une participation de la Confédération dans une proportion toutefois sensiblement inférieure à ce que souhaitaient le PS, le PDC et les syndicats. Il a cependant relevé que, selon toute vraisemblance, cette contribution fédérale ne permettrait pas d'assainir durablement la caisse de pension. Aussi, attend-il de la part des CFF et de leurs collaborateurs qu'ils fournissent un effort supplémentaire substantiel. Le conseil de fondation de la CP CFF a annoncé un train de mesures visant à redresser le taux de couverture de 79,2% à 100% en dix ans. Outre une contribution d’assainissement de 2,5% prélevée sur les salaires, les gérants ont décidé de supprimer l’adaptation des rentes au renchérissement et de relever l’âge de la retraite de 63,5 à 65 ans. L’intérêt servi sur les avoirs vieillesse est en outre abaissé au minimum légal. Au total, le personnel est mis à contribution pour un montant de 1,22 milliard de francs. L’employeur, quant à lui, consacrera 1,32 milliard de francs à l’assainissement sur vingt-cinq ans. Deux ans tout juste après le passage du système de primauté des prestations à celui de primauté des cotisations, les syndicats ont jugé ces mesures excessivement douloureuses pour le personnel et réaffirmé leur volonté d’une participation accrue de la Confédération (de l’ordre de 3,4 milliards de francs) [62].

Les CFF et Trenitalia ont décidé la dissolution de la société Cisalpino SA à compter de l’entrée en vigueur du nouvel horaire CFF, en décembre de l’année sous revue. Cette décision a été motivée par la nécessité de résoudre le problème lancinant du partage des responsabilités entre les sociétés. Désormais, les trains rouleront sous la responsabilité des CFF sur le territoire suisse et sous celle de Trenitalia sur le réseau italien. La dissolution intervient alors que les deux compagnies nationales enregistrent de fréquentes pannes avec les trains Cisalpino depuis plusieurs années et que la firme chargée de remplacer le matériel roulant, Alstom, a accumulé un retard considérable dans les livraisons. L’OFT, qui avait expressément soumis le maintien de la concession à la condition que des mesures significatives soient prises, s’est déclarée satisfaite [63].

La direction de l’ancienne régie a annoncé un programme d’économie pour sa division Infrastructure. Celui-ci prévoit la suppression à terme de 300 à 350 places de travail dans le secteur administratif pour une économie estimée à 60 millions de francs par an. L’annonce a suscité une forte inquiétude chez le personnel [64].

Le désaccord entre la direction des CFF et les syndicats a été complet lors des négociations salariales pour 2010. Alors que les syndicats ont exigé une hausse de la masse salariale de 1,9%, la direction a proposé 0,8%. La justice tranchera par conséquent le litige [65].

Pour la quatrième année consécutive, les CFF ont réalisé un exercice bénéficiaire en 2009 avec un excédent de recettes de 369,8 millions de francs (2008: 345 millions). Ce bénéfice est essentiellement imputable aux produits exceptionnels tirés de la vente d’immeubles. Le nombre de voyageurs a crû de 1,5% pour s’établir à 327,5 millions (2008: 322,6 millions) et le nombre de voyageurs-kilomètres parcourus a augmenté de 3,5%, à 16,677 milliards (2008: 16,115 milliards). Le résultat net du segment voyageurs a progressé pour s’établir 280,6 millions de francs contre 276,8 millions en 2008. En dépit de la conjoncture et des baisses corrélatives de chiffres d’affaires des commerces des gares, le segment immobilier a profité de la grande stabilité des prix des objets situés en centre ville pour réaliser des produits exceptionnels liés à des ventes immobilières (239,3 millions de francs) et ainsi améliorer sensiblement son résultat d’exploitation qui s’est établi à 287,4 millions de francs (2008: 204,4 millions). Après versement des indemnités compensatoires au segment infrastructure (85 millions de francs) et paiement des intérêts et mensualités de remboursement du prêt accordé par le groupe CFF pour l’assainissement de la caisse de pension (196,3 millions de francs), le résultat du segment immobilier a progressé de 87,9% pour atteindre 6,2 millions de francs (2008: 3,3 millions). Malgré les mesures d’assainissement et de restructuration mises en œuvre, le trafic des marchandises a creusé son déficit avec un résultat de -62,5 millions de francs (2008: -29,9 millions). CFF Cargo a accusé une baisse de ses prestations de 7% pour atteindre 11,67 milliards de tonnes-kilomètres nettes (2008: 12,53 milliards), principalement imputable à la récession. La dette du groupe s’est par ailleurs péjorée de 2,6% en raison des investissements consentis pour l’élimination des goulets d’étranglement, le développement du réseau et le renouvellement du matériel roulant (+388,3 millions par rapport à 2008). Enfin, après avoir réalisé un bénéfice de 30,4 millions de francs l’année précédente, le segment infrastructure a fortement régressé (-121,4%), enregistrant une perte de 6,5 millions de francs due essentiellement aux mauvais résultats du secteur réseau qui a pâti de la conjoncture (-23,7 millions de francs) [66].