An den Schweizer Hochschulen haben erstmals eine Mehrheit, nämlich 50,3% der Assistierenden keinen Schweizer Pass. Gemäss der vom BFS durchgeführten Erhebung lag der Anteil der ausländischen Jungforscher 1999 noch bei 35,3%, hat seither aber kontinuierlich zugenommen. Besonders hoch ist der Ausländeranteil an den beiden ETH-Standorten in Zürich (55,1%) und in Lausanne (67,3%) sowie an den Universitäten Lugano (64,3%), Genf (59,3%) und Sankt Gallen (54,1%). Bei den Professoren lag der Ausländeranteil bei 45,7% (1999: 36,5%). Diese Entwicklung führen Vertreter der Vereinigungen von Assistenten und wissenschaftlichen Mitarbeitenden unter anderem darauf zurück, dass es zunehmend schwierig ist, junge Schweizer Wissenschafter dazu zu bewegen, eine Dissertation zu schreiben und eine universitäre Karriere ins Auge zu fassen. Insbesondere Absolventen eines technischen oder wirtschaftswissenschaftlichen Studiums können in der Privatwirtschaft deutlich mehr verdienen als an der Hochschule. Als weiterer Faktor werden die unklaren Karriereaussichten von Jungforschern angeführt  Bund und TA, 10.8.09..

Als Zweitrat hiess in der Frühjahrssession auch der Nationalrat den Schlussbericht des ETH-Rats über die Leistungsperiode 2004-2007 gut. Im Mai unterbreitete der Bundesrat dem Parlament einen Verpflichtungskredit von 288,28 Mio Fr. für das Bauprogramm des ETH-Bereichs. Die grössten Projekte sind der Neubau eines Forschungs-, Lehr-, Lern- und Dienstleistungsgebäudes der ETH Zürich am Oberen Leonhard sowie an der ETH Lausanne der Umbau und die Erweiterung des Gebäudes der Ingenieurwissenschaften und die Sanierung der Bibliothek. Ebenfalls im Kredit enthalten sind die Kosten für die Umsetzung des vom ETH-Rat ausgearbeiteten strategischen Plans für Hochleistungsrechnen und Vernetzung. Dabei soll einerseits die Leistung der bestehenden Rechner in Lugano Manno (TI) gesteigert und anderseits ein neuer Hochleistungsrechner beschafft werden, für den ab 2012 in Lugano Cornaredo (TI) ein neues Gebäude erstellt wird  AB NR, 2009, S. 47 ff. Vgl. SPJ 2008, S. 246 (Schlussbericht); NZZ, 30.5.09; Medienmitteilung des EDI, 29.5.09 (Verpflichtungskredit)..

Im Sommer wurde die Eröffnung des ETH-Departements für Biosysteme in Basel gefeiert. Im Zentrum der Forschung steht in Basel die synthetische Biologie, welche das Ziel verfolgt, Systeme mit bestimmten erwünschten Eigenschaften bis hin zur Zelle herzustellen. Ab Herbst 2010 sollen Studierende auch einen Teil des Biotechnologiestudiums im neuen Departement absolvieren  NZZ, 8.6.09..

Eine von der ETH eingesetzte Untersuchungskommission gab im September bekannt, dass Publikationen aus dem Departement Chemie der ETH Zürich auf manipulierten Forschungsdaten basieren. Die Fälschungen passierten vor zehn Jahren in einer vom Vizepräsident für Forschung, Peter Chen geleiteten Arbeitsgruppe. Obwohl die Untersuchungskommission Chen entlastete und einen damaligen Doktoranden als mutmasslichen Täter ermittelte, trat dieser von seinem Posten zurück. Er begründete seine Demission damit, dass er als Leiter der Forschungsgruppe eine formelle Mitverantwortung habe und die Glaubwürdigkeit der ETH nicht gefährden wolle  AZ und Bund, 22.9.09; NZZ, 22.9., 23.9. und 6.10.09..

Die Finanzkontrolle des Bundes veröffentlichte im Juni einen Bericht zur Nebentätigkeit von Universitätsprofessoren. Dabei bemängelte sie, dass Instrumente für eine griffige Kontrolle dieser Aktivitäten meistens fehlten, weil die Durchsetzung der Regeln zu einem wesentlichen Teil auf Selbstverantwortung und sozialer Kontrolle aufbauten. Sie empfahl eine Einschränkung der Freiheit der einzelnen Professoren zugunsten der Institutionen und hält es für möglich, den grössten Teil der Einkünfte als Drittmittel der Universität zu behandeln. Die Einnahmen kämen diesfalls ganz den Universitäten zu  NZZ, 16.6.09..

Im Herbst fanden an den Universitäten Basel, Bern, Genf, Lausanne und Zürich Studentenproteste statt. Die Aktivisten an den drei Deutschschweizer Unis besetzten die Aulas und forderten bessere Lernbedingungen. Der Missmut der Studierenden richtete sich insbesondere gegen die Bologna-Reform. Sie kritisierten, dass das Studium immer mehr verschult und auf die Wirtschaft ausgerichtet werde und so Eliteuniversitäten entstünden. Allerdings wurde das Themenspektrum bald so stark ausgeweitet, dass die Proteste in einer Universalkritik gipfelten, die mit der Bologna-Reform nur noch wenig zu tun hatte. Ausserdem fehlte es den Besetzern an Rückhalt, da die Protestaktionen nur von einem kleinen Teil der Studierenden mitgetragen wurden und sich auch die studentischen Körperschaften davon distanzierten  NZZ, 13.11., 14.11. und 19.11.09; NLZ, 20.11.09; SGT, 4.12.09..