Die EDU hatte in der 48. Legislatur (2007–2011) mit zahlreichen Änderungen zu kämpfen. Den 2003 eroberten Sitz aus Zürich hatte man 2007 verloren und sich in der Folge der SVP-Fraktion angeschlossen. Christian Waber (BE) war allerdings 2008 aus Protest gegen den „Gang in die Opposition“ der SVP wieder aus der Fraktion ausgetreten. Der 2009 für ihn nachrückende Andreas Brönnimann (BE) wurde heftig von der BDP umworben, trat dann aber in die SVP-Fraktion ein. Das Ziel einer Steigerung des Wähleranteils und der Eroberung von insgesamt drei Sitzen bei den nationalen Wahlen verfehlte die EDU deutlich. Sie konnte ihren gesamtschweizerischen Wähleranteil zwar halten (1.3%) – die Union war neben Zürich und Bern auch in den Kantonen Freiburg, Solothurn, Basel-Stadt, Schaffhausen, St. Gallen, Graubünden, Aargau, Thurgau und Waadt angetreten – verlor aber mit der Abwahl des auch als Ständerat kandidierenden Berners Andreas Brönnimann ihren einzigen Sitz im Parlament. Die EDU war damit nach 20-jähriger Zugehörigkeit nicht mehr in der grossen Kammer vertreten. Zwischen 1991 und 2007 hatte sie immer einen Vertreter aus dem Kanton Bern und von 2003 bis 2007 zusätzlich einen Nationalrat aus dem Kanton Zürich gestellt. Neben Brönnimann kandidierten auch Daniel Wittwer (TG) und Maximilien Bernhard (VD) erfolglos für den Ständerat [140].

Bei den kantonalen Erneuerungswahlen in Zürich konnte die EDU ihre fünf bisherigen Sitze knapp halten (-0,2 Prozentpunkte, neu: 2,6%). In den Kantonen Basel-Landschaft und Freiburg trat die Partei nicht mehr an. Im Tessin half sie auf einer Mischliste mit der SVP, deren fünf Sitze zu verteidigen [141].

An ihrer Delegiertenversammlung Anfang April in Solothurn sprach sich die EDU für den Ausstieg aus der Atomenergie und für die Förderung alternativer Energien aus [142].