Nach jahrelangen und zahlreichen, zähen Diskussionen und Verhandlungen über die nach wie vor nicht gelöste Jurafrage, legte die 1994 gegründete Assemblé Interjurassienne (AIJ) – die Tripartite Konferenz bestehend aus den beiden Kantonen Jura und Bern und einer Vertretung des Bundes – eine Absichtserklärung vor. Das in Anwesenheit von Bundesrätin Sommaruga und dem Präsidenten der AIJ, Dick Marty, verabschiedete Dokument sieht rund 40 Jahre nach der ersten Jura-Abstimmung ein neues Referendumsprozedere vor. Zwei Volksabstimmungen sollen gleichzeitig im Kanton Jura und im Berner Jura durchgeführt werden. Die Abstimmungsfrage lautet dabei, ob ein Verfahren für die Gründung eines neuen Kantons eingeleitet werden solle, der den jetzigen Kanton Jura und den französischsprachigen Teil des Kantons Bern umfassen soll. Im Kanton Jura soll diese Frage im Rahmen einer Verfassungsänderung beantwortet werden, während es sich im Berner Jura um eine Konsultativabstimmung handeln wird. Die Vereinbarung wurde möglich, nachdem die Berner Regierung in der von der Presse so betitelten „Moutierfrage“ eingelenkt hatte: Nach der ersten Abstimmungsrunde können die bernjurassischen Gemeinden innert zwei Jahren einzeln eine kommunale Abstimmung durchführen mit der sie – je nach Ausgang der ersten Abstimmung – einen Verbleib beim Kanton Bern oder aber einen Wechsel zum Kanton Jura beantragen können. Erwartet wird, dass der Berner Jura sich für den Verbleib im Kanton Bern aussprechen wird, die ziemlich separatistische Berner Gemeinde Moutier dann aber eine zweite kommunale Abstimmung einfordern könnte [12].

Die Umsetzung der Absichtserklärung für eine zweite Jurafrage stiess vor allem im Kanton Bern auf beträchtliche Widerstände. Die Vorbereitung einer in der Absichtserklärung der AIJ vorgesehenen Volksabstimmung, die voraussichtlich Ende 2013 stattfinden wird, bedingt die Schaffung von entsprechenden Rechtsgrundlagen und einer Abänderung des Sonderstatuts des Berner Jura. Der Conseil du Jura Bern (CJB), ein mit dem Sonderstatut gebildetes, gewähltes Regionalparlament mit Kompetenzen in Kultur- und Bildungsfragen, forderte vom Kanton Jura die Garantie, dass dieser nach der geplanten Abstimmung die Jurafrage als gelöst bezeichnen wird. Mit einer Empfehlung wolle der CJB abwarten, bis diese wichtige Frage geklärt sei. Die Jurassische Regierung bekräftigte daraufhin ihren Willen zu einer guten Lösung in der Jurafrage und versprach, die Frage nach einem neuen Kanton Jura nach den Abstimmungen fallen zu lassen. Ende Juni stimmte der CJB dann mit 16 zu 7 Stimmen für den Abstimmungsprozess mit dem Hinweis, die Entwicklungen weiterhin kritisch zu verfolgen. Auf Berner Seite ging insbesondere die SVP früh in Fundamentalopposition. Es sei unverständlich, dass ohne Not und ohne eigentliche Nachfrage durch die Bevölkerung der Frieden im Berner Jura aufs Spiel gesetzt werde, liess die Volkspartei Ende Juni verlauten. Zudem bestehe mit der Erlaubnis einer nachträglichen Gemeindeabstimmung die Gefahr einer Zerstückelung der Region. Nach dem kritischen Ja des CJB legte die Berner Regierung ihren Vorschlag zur Änderung des Sonderstatuts vor. Regierungsrat Philippe Perrenoud (sp), dem das Dossier unterstand, sprach von einem aufwändigen Prozess, der aber ohne Alternative sei. Zeitgleich gab auch die Regierung des Kantons Jura die Verfassungsrevision in die Vernehmlassung. Anfang September lagen die Vernehmlassungsantworten im Kanton Bern vor. Die meisten Teilnehmer äusserten sich positiv, einzig die SVP, die chambre d’agriculture du Jura bernois und der Verband Bernischer Burgergemeinden stellten sich gegen das Abstimmungsprozedere. Vorbehalte meldete die EDU an und auch die BDP wies den zweiten Schritt mit der gemeindeweisen Abstimmung zurück. Die Beratungen in den kantonalen Parlamenten waren auf Januar 2013 geplant. Für Wirbel sorgte die SVP Bern aber bereits Anfang November mit einer Motion, die ein Verbot der nachgelagerten gemeindeweisen Abstimmungen verlangte. Zudem forderte die Partei, dass die Änderung des Sonderstatuts in einem Referendum der gesamten Berner Bevölkerung vorgelegt werden müsse. Ende November nahm der Grosse Rat die Motion mit 67 zu 64 Stimmen bei zwei Enthaltungen an. Allerdings legte die so genannte Jura-Delegation des Kantonsparlamentes ihr Veto ein. Die Abgeordneten aus dem Berner Jura haben ein Vetorecht bei Fragen die den Berner Jura betreffen. Der Entscheid wurde entsprechend auf Januar 2013 vertagt. Die Berner Regierung machte deutlich, dass die gemeindeweise Abstimmungen ein Bestandteil des Abkommens sei. Bleibe es bei der Entscheidung gegen den zweiten Schritt, so müssten die Kantone neu verhandeln. In der Person von Rudolf Joder (svp, BE) wurde der Konflikt auch ins nationale Parlament getragen. Joder verlangt in einem noch nicht behandelten Postulat, dass der Bundesrat das geplante Verfahren zur Jurafrage auf Recht- und Verfassungsmässigkeit überprüfe [13].