Von den sieben Regierungsratssitzen im Kanton Basel-Stadt war nach dem Rücktritt von Hanspeter Gass (fdp) einer vakant. Die vierköpfige links grüne Mehrheit mit Christoph Brutschin (sp), Eva Herzog (sp), Hans-Peter Wessels (sp) und der amtierende Regierungspräsident Guy Morin (gp) traten genauso wieder an wie Christoph Eymann (lp) und Carlo Conti (cvp). Die FDP hatte bereits früh angekündigt, neben der Verteidigung des Sitzes von Gass mit einem zweiten Kandidierenden die links-grüne Mehrheit angreifen zu wollen. Nachdem der Kronfavorit, Nationalrat Peter Malama Anfang Jahr allerdings erklärte, dass er nicht zur Verfügung stehe und sich auf sein Nationalratsmandat konzentrieren wolle, bekundeten die Freisinnigen einige Mühe, valable Kandidaten zu finden. Fündig wurden sie im 35jährigen Grossrat Baschi Dürr, der bereits seit 10 Jahren für die FDP in der Baselstädtischen Legislative sitzt. Neben Dürr kündigten schliesslich auch Andreas Faller, Vizedirektor des Bundesamts für Gesundheit (BAG), sowie Grossrat Helmut Hersberger und Christoph Haller, Grossrat und TCS-Präsident, ihr Interesse am Regierungsrat an. In der FDP-internen Ausmarchung Ende März wurde neben dem unbestrittenen Dürr etwas überraschend Haller nominiert. Die Presse mutmasste, dass dem eigentlich favorisierten Faller sein Wohnsitz im Kanton Basel-Landschaft zum Verhängnis geworden sei. Zusammen mit den beiden FDP Kandidaten stellten sich die Bisherigen Christoph Eymann (lp) und Carlo Conti (cvp) auf einer gemeinsamen Viererliste der Wahl. Die Bürgerlichen traten damit jedoch nicht geeint auf: sowohl die SVP als auch die Grünliberalen versuchten mit eigenen Kandidaten, die Parteizusammensetzung im Regierungsrat zu erneuern. Während die noch junge GLP auf Emmanuel Ullmann setzte, portierte die SVP gleich zwei Kandidaten: mit den Grossräten Lorenz Nägelin und Patrick Hafner wolle die zweitstärkste Partei des Kantons eine adäquate Regierungsvertretung gewinnen, so das Credo. Keine Chancen wurde den drei weiteren Kandidierenden gewährt: der parteilose Elia Rediger, Christian Mueller (Freistaat Unteres Kleinbasel) und Eric Weber von der rechtsextremen Volksaktion fanden in der Presse kaum Beachtung. Die bereits bei den letzten Gesamterneuerungswahlen bestehende Zersplitterung der bürgerlichen Parteien wurde als gute Voraussetzung für die Linke betrachtet, die ihrerseits mit einem Viererticket aus den Bisherigen antrat. Darüber hinaus sorgten interne Streitigkeiten bei den Bürgerlichen für Unmut: der langjährige LP-Grossrat Andreas Burckhardt sprach sich gegen eine Unterstützung von Baschi Dürr aus, da dieser die Unteroffiziersschule verweigert habe. Dürr verschaffte sich später Anerkennung mit seiner Ankündigung, zugunsten seines Ziels eines Regierungsratsmandates auf ein Nachrücken in den Nationalrat für den zwischenzeitlich verstorbenen Peter Malama zu verzichten. Die Handelskammer beider Basel gab zudem eine Wahlempfehlung für alle Bisherigen (mit Ausnahme von Morin) und die beiden FDP-Kandidaten nicht aber für die SVP-Kandidierenden ab. Tatsächlich war die Akzeptanz der bisherigen Regierung aber breit, was sich auch in einem relativ lauen Wahlkampf ausdrückte. Die Ankündigung der Bürgerlichen, die Mehrheit in der Exekutive zurückerobern zu wollen, war laut Presse eher ein frommer Wunsch als eine eigentliche Kampfansage. Kritik an der Regierung gab es kaum, ein eigentliches Wahlkampfthema fehlte gänzlich. Zusammen mit der Änderung der Wahlregeln für das Parlament (siehe oben) gab es auch eine Änderung bei den Regierungswahlen. Um zu verhindern, dass es wie vier Jahre zuvor zu einer stillen Wahl kommt, sollte der Regierungspräsident – seit 2008 in einer Direktwahl bestimmt – neu zusammen mit den anderen Regierungsmitgliedern gewählt werden. Für das Präsidialamt kandidierten neben Morin auch Dürr und Nägelin sowie Rediger und Weber.

Wie allgemein erwartet schafften die sechs Bisherigen im ersten Wahlgang Ende Oktober auf Anhieb die Wiederwahl. Das Trio der SP erzielte die meisten Stimmen, allen voran Eva Herzog (30 182 Stimmen) gefolgt von Christoph Brutschin (26 618 Stimmen) und Hans-Peter Wessels (24 887 Stimmen). Auch Carlo Conti (23 222), Guy Morin (22 902 Stimmen) und Christoph Eymann (22 312) übersprangen das absolute Mehr (21 983 Stimmen). Dies gelang hingegen weder Baschi Dürr (17 038 Stimmen) noch dem überraschend weit abgeschlagenen Christoph Haller (13 491), der für den zweiten Wahlgang nicht mehr nominiert wurde. Der FDP gelang es wohl auch deshalb nicht, ihren Sitz im ersten Wahlgang zu verteidigen, weil die Konkurrenz durch die SVP – Patrick Hafner erhielt 8 084 Stimmen und Lorenz Nägelin 7 852 Stimmen – und durch die GLP, bei der Emmanuel Ullmann allerdings lediglich 5 668 Stimmen erhielt, wohl zu gross war. Wermutstropfen im links-grünen Erfolg war der Umstand, dass Guy Morin die Wahl zum Regierungspräsidenten um 859 Stimmen verpasste. Mit 20 266 Stimmen lag er in der Ausmarchung um das Präsidialamt aber weit vor Dürr (11 851 Stimmen) und Nägelin (4 600 Stimmen). Die Wahlbeteiligung beim ersten Wahlgang lag bei 41,5%. Fast wäre es im zweiten Wahlgang zu einer stillen Wahl gekommen. Sowohl die SVP als auch die GLP beschlossen nämlich, nicht mehr anzutreten. Allerdings wollten Christian Mueller, der lediglich 1% aller Stimmen (2 129) erzielt hatte, und Damian Heizmann, ein neuer parteiloser Kandidat, der einige Sympathien im Grünen Lager hatte, im zweiten Umgang noch einmal gegen Baschi Dürr antreten. Mehr Spannung verhiess die Wahl für den Regierungspräsidenten, die nun zwischen Dürr und Morin ausgetragen wurde. Die SP unterstützte Morin, während sich die LP für Dürr aussprach. Weder die GLP noch die SVP gaben eine Empfehlung ab. Für Wirbel sorgte Mueller, der rund zwei Wochen vor dem zweiten Umgang seinen Rückzug zugunsten von Heizmann ankündigte, was aber rechtlich nicht möglich war. Auch die Ankündigung Dürrs, auch im Falle einer Wahl einen Morgen Hausarbeit verrichten zu wollen, sorgte für landesweite Schlagzeilen. Die geringe Spannung wirkte sich auf die Höhe der Beteiligung im zweiten Wahlgang aus, die bei lediglich 32,1% lag. Wie erwartet setzte sich Dürr deutlich mit 17 300 Stimmen vor Heizmann (3 049 Stimmen) und Mueller (1418 Stimmen) durch. Die Wahl für das Präsidialamt gewann Morin (19 390 Stimmen) mit rund 6 000 Stimmen Vorsprung auf Dürr (13 638). Die Verteilung der Departemente änderte sich nicht; Dürr übernahm das Justiz- und Sicherheitsdepartement von seinem Vorgänger Gass. Die Baselstädtische Bevölkerung hatte sich damit also letztlich weiterhin für die Kohabitation entschieden: ein links-grün dominierter Regierungsrat steht einer etwas bürgerlicher gewordenen Legislative gegenüber (siehe oben). Deutlich wurde zudem, dass sich die links-grüne Mehrheit in der Regierung wohl nur mit einem grossen bürgerlichen Bündnis zwischen FDP, CVP, LP und SVP, das allerdings laut Pressekommentaren in weiter Ferne liege, knacken liesse [11].