Im ersten Quartal 2013 sorgten die SBB mit einer beispiellosen Unfallserie für Verunsicherung bei der Kundschaft, in Medien und Politik. Bis Anfang März gab es bereits zehn Zwischenfälle, darunter aussergewöhnlich viele Entgleisungen, aber auch Zusammenstösse mit vielen Verletzten, so etwa in Neuhausen (SH), wo der Zusammenstoss von zwei Regionalzügen im Januar 26 Verletzte gefordert hatte. Die Sicherheit des Zugfahrens war im März ein wiederkehrendes Thema in den Medien. SBB-Verwaltungsratspräsident Ulrich Gygi verteidigte die SBB gegen den Vorwurf, die Sicherheit habe ihre Priorität zugunsten der Pünktlichkeit verloren und hielt fest, dass die Zwischenfälle kein Muster aufwiesen und also kein systematisches Problem vorliege. Ein Postulat Regazzi (cvp, TI) forderte im März ein externes Audit zur Erhöhung der Sicherheit des Eisenbahnnetzes, dies wurde im Nationalrat jedoch abgelehnt. Nach einem weiteren schweren Unfall mit einem Todesfall und mehreren Verletzten bei Granges-près-Marnand (VD) im Juli flammte die Diskussion erneut auf, bis Ende Jahr glich sich die Zahl der Zwischenfälle aber wieder dem mehrjährigen Durchschnitt an [23].

Im März 2014 wiesen die SBB ihre Betriebszahlen für 2013 aus. Die Bundesbahnen beförderten im Berichtjahr erstmals durchschnittlich eine Million Passagiere pro Tag (Zunahme gegenüber dem Vorjahr um 3,7%). Die Anzahl Personenkilometer stieg auf 17,77 Mrd. und lag damit nach dem Einbruch im Vorjahr leicht über dem Ergebnis von 2011 (17,75 Mrd.). Die SBB begründen die gestiegene Anzahl Personenkilometer mit Angebotsverbesserungen in der Romandie. Trotz der Zunahme von Passagieren und Personenkilometern wies die SBB einen um 44% geschrumpften Konzerngewinn aus. Grund für den Gewinnrückgang seien die gestiegenen Trassenpreise, welche mit der Preiserhöhung vom Dezember 2012 nicht vollständig kompensiert werden konnten. Auch zusätzliche Unterhaltsarbeiten an der Infrastruktur belasteten die Rechnung. SBB Cargo schrieb erstmals seit über vierzig Jahren schwarze Zahlen: Die Kosteneinsparungen durch die Reduktion von Bedienpunkten führten in Kombination mit dem Zuwachs an Kunden zu einem Gewinn von CHF 14,7 Mio. Im April wurde bekannt, dass DB Schenker, eine Gütertransport-Tochterfirma der Deutschen Bahn, ihre Aufträge per 2014 nicht mehr mit der BLS Cargo abwickeln wird, sondern mit der SBB Cargo. Die BLS Cargo verliert damit ihren wichtigsten Kunden: Rund 5000 Züge über die Gotthardstrecke fallen weg (von total 6000 Zügen). Die BLS Cargo muss deshalb rund 80 Stellen streichen. Die SBB Cargo teilte mit, dass sie mit dem neuen Auftraggeber bestehende Kapazitäten besser nutzen könne und dass auch die Einstellung von zusätzlichem Personal (auch von der BLS Cargo) möglich sei [24].