Le passage au Conseil des États de la motion de Franz Grüter (udc, LU) a suscité de vives discussions. Tout a commencé dans la CPS-CE, où aucune majorité n'a été obtenue (5 voix contre 5). Le président a tranché pour l'adoption de la motion, mais les oppositions étaient importantes. Par la suite, les débats ont continué en chambre, où les député.e.s se sont demandés s'ils devaient, ou non, soutenir la formation d'un institut national de test pour la cybersécurité. En particulier, Olivier Français (plr, VD) a fait remarquer que des entreprises du secteur privé se sont lancées des défis similaires à celui du centre de cybersécurité zougois. Si elles ne semblent pas aussi avancées dans leur développement que le projet du canton de Zoug, elles auraient néanmoins du potentiel selon le sénateur. De ce fait, il ne serait pas nécessaire de subventionner et de reconnaître juridiquement cette «start-up» en développement, plutôt que d'autres entreprises. Il a aussi souhaité rappeler, en citant le Conseil fédéral, qu'«un soutien financier de la Confédération au NTC irait à l'encontre du principe de l'égalité de traitement et de la neutralité concurrentielle de l'État».
Dans son intervention, le conseiller fédéral Ueli Maurer a quant à lui invité à ne pas accepter la motion non seulement pour les raisons nommées dans le débat, mais aussi car l'État soutient déjà la cybersécurité par différents biais (commandement cyber de l'armée ou encore projets de recherches dans les EPF). D'après lui, ce que demande la motion ne serait donc pas nécessaire.
Bien que les acteurs principaux s'accordent sur l'importance de la cybersécurité, les arguments des opposants de la motion ont su convaincre la majorité de la Chambre des États. Ainsi, la motion a été rejetée par 22 voix contre 17.