Die traditionelle Bundesratsreise führte das Regierungskollegium komplettiert durch den Bundeskanzler im Sommer 2018 in den Heimatkanton des amtierenden Bundespräsidenten Alain Berset, den Kanton Freiburg. Auf dem vom SP-Bundesrat zusammengestellten Programm stand am ersten Tag ein Besuch eines gemeinnützigen Gastrobetriebs im Greyerzbezirk, bevor die Landesregierung in einem Kulturzentrum mit jungen Kulturschaffenden diskutierte und sich schliesslich in Val-de-Charmey bei einem Apéro mit der Bevölkerung austauschte. Zusammen mit der Freiburger Kantonsregierung nahm der Bundesrat das Mittagessen ein, bevor sich das Kollegium in den Broyebezirk begab. Die Nacht verbrachten die Magistratinnen und Magistraten bei Grande Cariçaie, einer Uferlandschaft des Neuenburgersees.
Am nächsten Morgen folgte die Regierung einer Führung durch die sich in der Nähe des Nachtlagers befindenden Vogelschutzgebiete von La Sauge und liess sich im Anschluss in die Geheimnisse der Helvetier einführen. Auf dem Mont Vully finden sich deren Überreste und Rekonstruktionen aus dem Jahre 120 v. Chr. Schlusspunkt der Reise bildete erneut ein Austausch mit der Bevölkerung, diesmal in der Halle des Elektrizitätswerks Ölberg in der Stadt Freiburg.

Eine von der Stiftung Landschaftsschutz Schweiz und Pro Natura verfasste Studie, welche die Baulandreserven der Kantone Jura, Neuenburg, Schaffhausen und Wallis unter die Lupe genommen hatte, kam im März 2015 zu alarmierenden Befunden. In den vier Kantonen, die im gesamtschweizerischen Vergleich am meisten Bauland horteten, befänden sich insgesamt rund 340 ha Bauland in streng geschützten Biotopen, was ungefähr 500 Fussballfeldern entspreche. Allein im Kanton Wallis seien 290 ha Bauland in dieser sogenannten „roten Zone” zu finden. Ferner überschneide sich in den vier untersuchten Kantonen im Vergleich zu den „roten Zonen” beinahe das Zehnfache an Bauland mit Landschaften und Naturdenkmälern von nationaler Bedeutung, den sogenannten BLN-Gebieten. Die Verbände forderten die Kantone auf, die ökologisch schädlichsten Bauzonen rasch zu beseitigen.
Mit den Zahlen der Studie konfrontiert relativierten die kantonalen Verantwortlichen diese zwar aufgrund der nicht ganz aktuellen Datenlage, zeigten aber dennoch Verständnis für das Anliegen der Naturschutzverbände. Die sich in der roten Zone befindenden Baulandreserven seien zu überprüfen und gegebenenfalls zurückzuzonen, so etwa die Walliser Dienststelle für Raumplanung. Das Wallis sei jedoch „reich an Landschaften von aussergewöhnlicher Schönheit und Vielfalt” – ein Viertel des Kantonsgebietes gehöre zum Bundesinventar für Landschaften und Naturdenkmäler (BLN). Da seien Konflikte nicht zu vermeiden.

Zu Beginn des Jahres gab das BAFU bekannt, dass Gesuche für acht neue „Pärke von nationaler Bedeutung“ eingereicht worden waren. Mit dem Chasseral (zusammen mit NE), dem Gantrisch (zusammen mit FR) sowie den Dossiers zu Thunersee-Hohgant und dem Diemtigtal war der Kanton Bern als Urheber von vier der acht Gesuche besonders stark vertreten. Im September beschloss das BAFU, alle Kandidaturen anzuerkennen. Im Falle des Projektes Thunersee-Hohgant signalisierte der Bund seine Bereitschaft zur Anerkennung, sofern sich die Bevölkerung der betroffenen Gemeinden für den Naturpark aussprechen würde. Nach verlorenen Gemeindeabstimmungen Ende des Berichtsjahres zeigte sich hingegen bereits das Scheitern dieses Naturparkes ab.

L’OFEV a approuvé neuf des onze demandes de parcs d’importance nationale présentées par les cantons depuis décembre 2007. Outre le parc de l’Entlebuch (LU) l’année précédente, l’office a délivré le label « Parc » au parc naturel de Thal (SO) et au parc naturel périurbain de Zurich-Sihlwald (ZH) pour une durée de dix ans. La Suisse compte ainsi désormais quatre parcs d’importance nationale. Sept projets de parcs naturels régionaux ont également été approuvés et recevront des aides financières de la Confédération d’un montant total de 5,6 millions de francs pour la période 2009-2011. À cette fin, l’OFEV a publié, à l’automne, une première série de projets de convention-programme entre l’office et les cantons concernés pour la création et la gestion des parcs du Doubs (JU), de la Gruyère (FR) et du Pays-d’Enhaut (VD), du Jura vaudois et de la biosphère du Val d’Hérens (VS). En échange d’une contribution variable de la Confédération, les autorités cantonales contractantes se sont engagées à préserver et mettre en valeur la qualité de la nature et du paysage, à renforcer les activités économiques selon les standards du développement durable et à dispenser une sensiblisation et une éducation à l’environnement. Les négociations pour les projets de parc du Binntal (VS), de Ela (GR), du Chasseral (BE et NE), du Diemtigtal (BE), du Gantrisch (BE et FR) et du Thunersee-Hohgant (BE) étaient toujours en cours au terme de l’année sous revue. L’OFEV a par ailleurs rejeté les demandes tessinoise et grisonne pour les projets de parcs nationaux « Parco nazionale del Locarnese » et « Biosfera Val Müstair », en raison respectivement des conséquences du désistement de la commune de Cevio (Val Maggia) et d’un dossier lacunaire. Sur invitation de l’office, les autorités cantonales concernées soumettront des dossiers révisés courant 2010.

À l’issue de la procédure ouverte en décembre 2007, lors de l’entrée en vigueur de l’ordonnance sur les parcs, l’OFEV a reçu dix demandes de parcs d’importance nationale de la part des cantons. Parmi celles-ci, neuf portent sur la création d’un parc naturel régional et concernent les régions du Binntal (VS), du Thal (SO), de Ela (GR), du Chasseral (BE et NE), du Diemtigtal (BE), du Gantrisch (BE et FR), du Thunersee-Hohgant (BE), de l’Entlebuch (LU) et du Val Müstair (GR). La dixième demande vise à la création d’un parc naturel périurbain au Sihlwald (ZH). Au terme de son évaluation, l’OFEV a accepté tous les projets puis, dans un deuxième temps, conclu avec les autorités cantonales concernées les conventions-programmes définissant les prestations fournies par les cantons et le financement alloué par la Confédération pour la période 2008-2011. L’OFEV a par ailleurs attribué le label de parc naturel d’importance nationale au parc de l’Entlebuch.

Afin de préserver le patrimoine de la région du Gothard face aux divers projets de développement à l’étude ou en cours d’examen par les autorités, la Fondation suisse pour le paysage a émis l’idée de présenter à l’UNESCO une demande de reconnaissance de biosphère pour le Gothard. Les gouvernements des quatre cantons concernés (GR, TI, UR et VS) se sont dits ouverts à cette proposition, tout en faisant part de leur scepticisme. En effet, ils ont estimé que les restrictions d’exploitation qui résulteraient d’une telle reconnaissance seraient préjudiciables au développement de la région et au bien-être des populations concernées.

Das Weinbaugebiet Lavaux am Genfersee (VD) wurde in das Weltkulturerbe der Unesco aufgenommen. Die 898 ha grosse Fläche besteht aus teilweise sehr steilen Weinbergen. Zistensermönche begannen bereits im 12. Jahrhundert die Hänge für den Weinbau zu terrassieren, seither wurde das Gebiet nach und nach zu einer wunderschönen Kulturlandschaft geformt. Die Unesco hiess gleichzeitig auch die Ausweitung des 2001 aufgenommenen Gebiets Aletsch-Jungfrau-Bietschhorn (BE, VS) um mehr als 50%, auf 539 Quadratkilometer gut.

Suite à un souhait de l’UNESCO et d’intensives négociations avec les communes impliquées, l’organisation intercantonale du site Jungfrau-Aletsch-Bietschhorn (JAB) a pu agrandir le périmètre protégé de 540 à 822 km2. Il recouvre désormais 26 communes de l’Oberland bernois et du Haut Valais. Les promoteurs du JAB ont également répondu en mars 2005 à une autre exigence de l’UNESCO en élaborant un nouveau plan de management du site. Ce dernier entend réaliser 21 projets qui s’inscrivent dans le développement durable, tout en exploitant le potentiel économique et touristique. Malgré les réclamations d’une dizaine d’organisations écologiques, le document ne contient aucune mesure de protection de l’environnement supplémentaire.

Trois zones humides d’importance internationale ont été ajoutées le 2 février à la liste de la convention Ramsar. Il s’agit de la zone alluviale au pied du glacier du Rhône à Oberwald (VS), de l’intégralité de la marge proglaciaire des glaciers du Tschierva et du Rosegg (GR) et du marécage du Laubersmad-Salwidli (LU).

En mars, l’Association parc naturel des Muverans, regroupant 15 communes vaudoises et valaisannes, ainsi que les cantons de Vaud et du Valais, a vu le jour. Elle a comme tâche de définir les différentes zones du parc avec les communes afin de conduire le projet à sa réalisation d’ici 2005. Trois mois après sa création, le comité a unanimement pris la décision de quitter le concours de Pro Natura. L’association préférait faire cavalier seul et présenter son propre projet de parc à la Confédération à l’aune des modalités que la loi offrirait. Comme pour la région de Bagnes, le développement durable et l’intégration des activités de la population étaient des conditions sans lesquelles la région ne voulait pas entrer en matière.

Le canton de Fribourg a approuvé le plan d’affectation (PAC) de la réserve naturelle de la Grande Cariçaie et son règlement. Cette décision a mis fin à une procédure débutée en novembre 2000. Après des séances de conciliation, la Direction des travaux publics a pu lever 120 oppositions, dont celle de l’Association des riverains de la rive sud du lac de Neuchâtel. Quant aux autres, elles ont été déclarées irrecevables. Les motifs de rejet étaient que les opposants n’avaient pas la qualité pour agir ou que leurs requêtes étaient infondées. Des recours étaient possibles, mais ils n’avaient plus d’effet suspensif.

A la date d’échéance du concours pour la création d’un second Parc national, six régions se sont présentées comme candidates. Le Cervin (VS), les Muverans (VS/VD) et le Maderanertal (UR) sont venus s’ajouter aux trois dossiers initiaux. Toutefois pour connaître les contours clairs du nouveau parc, il faudra attendre la révision de la loi fédérale sur la protection de la nature, qui jusqu’alors ne pipait mot des parcs nationaux. C’est elle qui fixera les critères requis. En attendant, les divers promoteurs ont chacun lancé leur étude de faisabilité. Conformément au projet de loi, le DETEC prépare également les catégories de parc régional et de domaine sauvage. Ces derniers existent déjà sous différentes formes dans quelques cantons.

Le périmètre définitif du domaine protégé d’Aletsch a été fixé et accepté par les quinze communes bernoises et valaisannes. Il s’étend jusqu’au bout du Lötschental, sur la partie du Bietschhorn qui rejoint la plaine valaisanne à Niedergesteln. A l’est, il va jusqu’à Fieschertal, en passant par les stations du plateau d’Aletsch et Naters. Au nord, il englobe le secteur de la Jungfrau jusqu’à Grindelwald et Lauterbrunnen du côté bernois. L’immense région protégée couvre 540 km2. Le nom complet du nouveau territoire est "Jungfrau-Aletsch-Bietschhorn". Les treize communes valaisannes et les deux bernoises ont signé en septembre la Charte du développement durable pour le secteur d’Aletsch, de la Jungfrau et du Bietschhorn. Elles s’engagent à le promouvoir dans la région. Cette ratification était obligatoire pour pouvoir être inscrit à l’Héritage mondial de l’UNESCO. En décembre, l’UNESCO a décidé à Helsinki d’ajouter la région Jungfrau-Aletsch-Bietschhorn à la liste du Patrimoine mondial. C’est le premier site naturel suisse et de tout l’arc alpin à y être inscrit. L’ensemble de la région figure dans l’inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d’importance nationale (IFP). Avec cette acceptation, la deuxième phase du projet sera pour les communes de créer un réseau qui prend en compte et coordonne les potentialités de chacune d’entre elles. Les aspects du développement durable et la mise au point de structures qui leur sont relatives, mais aussi les questions financières doivent en outre être développées.

Au mois de juin, un député vaudois et deux fribourgeois ont réclamé conjointement via des postulats le maintien des 284 résidences secondaires de la rive sud du lac de Neuchâtel. Ils proposaient en outre un "contrat nature" entre les cantons et les propriétaires. Son principe : sur base d’un mandat de prestation, ces derniers s’engageraient à raccorder leurs chalets à une station d’épuration, à poursuivre des travaux ponctuels pour lutter contre l’érosion des rives et à assurer la libre circulation des promeneurs sur les parcelles. Le Département de la sécurité et de l’environnement vaudois a levé la quasi-totalité des 20 000 oppositions contre la seconde version du plan de protection de la rive sud du lac de Neuchâtel. La conséquence directe de ce classement a été que six périmètres marécageux sur quelque 37 kilomètres de rives ont été interdits d’accès aux riverains et plaisanciers. Trois oppositions formulées par des communes ont retenu l’attention du canton. A Cudrefin, les zones de baignade seront renégociées avec l’Etat. La commune d’Yvonand a été entendue dans sa volonté de garantir l’usage d’une route et d’un chemin. L’opposition de Chevroux sur la zone interdite à la navigation a été levée, mais ce point sera soumis à Philippe Roch, directeur de l’Office fédéral de l’environnement. Le canton de Vaud s’est aussi déclaré d’accord d’entrer en matière, dans le cadre d’un groupe de travail paritaire, sur la proposition des "contrats nature" que les propriétaires offraient d’échanger contre le droit de rester. Au terme du délai de dix jours qu’avaient les mécontents pour réagir, l’administration cantonale vaudoise n’a reçu qu’une poignée de recours pour dénoncer le classement des rives de la Grande Cariçaie.

La deuxième mouture du plan de protection de la Grande Cariçaie a suscité une nouvelle avalanche d’oppositions. Les cantons concernés, Vaud et Fribourg ont reçu, respectivement 20 000 et 6000 recours. La quasi-totalité des opposants a déposé un texte standard basé sur quatre arguments principaux, relayés par Aqua Nostra, le lobby des usagers de la nature : une inégalité de traitement entre les cantons de Vaud et de Fribourg, l’absence d’étude économique sur les effets de la protection des marais, une trop grande restriction de baignade et la suppression des chalets au bord des berges, prévue pour 2008. En réponse à ces oppositions et pour marquer leur soutien au projet officiel de protection de la rive du lac de Neuchâtel, Pro Natura, le WWF et l’Association suisse pour la protection des oiseaux ont réuni par pétition 70 000 signatures. Le Service fribourgeois, comme l’oblige la loi lors du traitement des oppositions, a reçu Aqua Nostra afin d’aplanir les divergences. La négociation n’a donné aucun résultat. En théorie, le canton de Fribourg devrait entendre individuellement chaque opposant, mais en pratique on s’achemine uniquement vers des rencontres avec les acteurs disposant d’une qualité d’agir. La procédure vaudoise n’oblige pas à de tels entretiens avec les opposants, mais le canton doit en revanche leur répondre individuellement.

Au 1er août, l’inventaire fédéral des zones alluviales d’importance nationale a été complété par 66 marges proglaciaires et plaines alluviales situées au-dessus de la limite de la forêt dans les cantons de Berne, Uri, Glaris, Grisons, Tessin et Valais. A cette même date, les périmètres de certaines zones alluviales de basse altitude et de certains bas-marais et sites marécageux ont été adaptés aux délimitations de détail, dans les cantons de Fribourg et de Vaud. Les zones alluviales alpines ou de basse altitude sont des milieux naturels dynamiques, dans lesquels les inondations, l’érosion et le dépôt d’alluvions jouent un rôle important. Leur conservation permet de protéger de nombreuses espèces animales et végétales menacées qui ont besoin de ces conditions pour vivre.

Après discussions, la Confédération et les cantons, à l’exception du Valais, se sont mis d’accord au sujet de la ratification des protocoles d’application de la Convention alpine. Ils étaient au nombre de neuf : aménagement du territoire et développement durable, agriculture de montagne, forêts de montagne, protection de nature et entretien des paysages, tourisme, énergie, transports, protection des sols et règlement des différends. Le Valais redoutait un antagonisme entre le développement touristique et les impératifs de la protection de la nature. Néanmoins, il s’est finalement rétracté et a accepté les protocoles additionnels, mais à la seule condition de rédiger un protocole socio-économique supplémentaire. Celui-ci devait, d’après lui, garantir un équilibre entre volonté de protection et développement économique des régions alpines. Le PRD a réagi en appelant le parlement à rejeter la ratification des protocoles. Economiesuisse en a fait de même. Le protocole des transport posait problème au parti radical, car il empêchait la construction de nouvelles routes transalpines et entrait, selon lui, en contradiction avec l’accord bilatéral sur les transports signé avec l’UE. Celui-ci laissait le libre choix du moyen de transport, élément que le protocole n’évoquait pas. Les radicaux y décelaient une manœuvre du Conseil fédéral pour empêcher le doublement du tunnel du Gothard. Outre ce point, le PRD craignait aussi le protocole sur le principe de subsidiarité, qui risquait selon eux de faire perdre aux cantons certaines compétences. L’UDC a maintenu sa position aux côtés des radicaux. Le PDC s’est dit prêt à approuver les protocoles, à condition que ceux-ci soient complétés par un volet "Economie et Société". Le PS a été le seul parti gouvernemental à approuver sans réserve les décisions prises par le Conseil fédéral.

Au mois d'août, Pro Natura a fait savoir son intention de mettre un deuxième Parc national sur pied pour 2010. L'association a démarré la campagne de promotion en écrivant à toutes les communes pour les inviter à examiner dans quelle mesure l'idée pourrait être concrétisée sur leur territoire. Une somme d'un million de francs a été promise à la région qui contribuera à la réalisation du parc. Les exigences étaient que le projet s'appuie sur un paysage intact et caractéristique, qu'il soit d'au moins 100 km2 de superficie protégée dont deux tiers de façon rigoureuses et qu'un quart (25km2) soit situé en dessous de 1800 d'altitude. Le projet devait aussi avoir le soutien de la population. La campagne de Pro Natura a obtenu un vif succès, plus de 90 communes sur les 3000 qui ont été consultées ont fait part de leur intérêt soit à accueillir un parc soit à soutenir sa création. L'association a retenu trois projets: le Haut Val de Bagnes (VS), Rheinwaldhorn (GR/TI) et Vallemaggia (TI). Cependant comme l'échéance est le 1er août 2001, d'autres communes pourront présenter ou concrétiser un projet susceptible d'entrer dans la catégorie des parcs nationaux ou des grandes réserves naturelles.

Pour préparer la troisième version du projet de réserve naturelle de la Grande Cariçaie (rive sud du lac de Neuchâtel), l'OFEFP a rencontré les opposants; à savoir les privés, les communes riveraines et Aqua Nostra, ainsi que les associations environnementales telles que Pro Natura et WWF. Version de compromis entre les parties, les plans et le règlement de la Grande Cariçaie, le plus grand marais suisse, ont été mis en consultation durant l'été et ensuite mis à l'enquête en novembre. La modification principale était l'établissement d'un unique règlement pour les cinq réserves, alors qu'en 1998 il y avait sept zones à classer avec autant de règlements à clé. Les autres modifications par rapport au projet antécédent portaient sur une autorisation de navigation et de baignade entre le 1er juin et le 3ème week-end de septembre, en plus des autres secteurs accessibles de la rive, dans le secteur de la baie d'Yvonand et de Crevel, dans la partie nord-ouest de réserve de Chevroux et à Portalban; une autorisation de navigation et d'ancrage dès 50 mètres au large des communes de Champmartin, Cudrefin et Chabrey; sur la création d'un chemin pédestre entre Cheseau et Noréaz et sur l'ouverture au public des forêts de la pente de Chevroux. Les éléments qui n'avaient pas changé par rapport au projet contesté de 1998 étaient le statut des résidences secondaires ainsi que les dispositions concordataires sur la chasse et la pêche. Pour des motifs différents, Aqua Nostra et le WWF ont décidé de faire opposition, entraînant par conséquent une réévaluation du projet.

Face au refus de Ried-Mörel, le Conseil d'Etat valaisan a trouvé une solution; sa proposition était d'ôter les 90 hectares incriminés du périmètre Unesco et d'ajouter, en complément, 113km2 en provenance de la région du Bietschhorn et des vallées de Gredetsch, de Baltschieder et de Bietsch. Avec les 70km2 du côté bernois, le nouveau périmètre mesurerait 471 km2 au total. Par cette extension, le nombre de communes sur les versants valaisans et bernois passerait à 13. Interrogées, celles-ci ont toutes donné leur assentiment. Le gouvernement valaisan a également fait savoir que le lac artificiel de Gebidum constituait déjà un paysage hypothéqué, dont l'exclusion du périmètre de l'Unesco ne poserait pas de problème en soi. Et à ce propos, le Conseil d'Etat ne présentera pas de modification du périmètre de l'Inventaire fédéral des paysages et monuments naturels d'importance nationale (IFP). Celui-ci sous-tendait la première demande pour l'établissement du périmètre Unesco. Il a encore précisé qu'une liaison de transport par câble entre Riederalp et Belalp n'était pas pensable, en raison du classement du site dans IFP. En revanche, la faisabilité par une liaison souterraine était envisageable. Le Conseil fédéral a pris connaissance du remaniement du projet par le Conseil d'Etat valaisan et l'a considéré vu l'accord des communes bernoises et valaisannes comme le dossier définitif de présentation. Il a ensuite mandaté le DETEC pour annoncer pour juin, date d'échéance, la candidature de la région Jungfrau-Aletsch-Bietschhorn au Patrimoine mondial de l'Unesco. L'étude du dossier par l'Unesco prendra une année. Il sera en concurrence avec la région du Gran Paradiso dans la vallée d'Aoste (I) et le territoire du Mont Blanc en France. Si la candidature suisse aboutit, la région du glacier d'Aletsch sera le premier bien naturel suisse inscrit au Patrimoine mondial de l'Unesco.

Après la décision favorable des sept communes bernoises en 1998, c'était au tour des communes valaisannes de Naters et de Ried-Mörel de prendre position sur le projet d'inscription du glacier d'Aletsch (région Jungfrau-Aletsch-Bietschhorn) dans le patrimoine mondial de l'Unesco. La commune de Naters s'est prononcée par 1300 voix contre 990 favorablement au projet. La situation était plus compliquée pour la commune de Ried-Mörel qui a dû voter sur deux objets. Le premier consistait à prendre en compte la proposition de l'OFEFP. Le deuxième était la proposition de la commune, à savoir la même que le projet de l'Office fédéral, moins 90 hectares à rogner des 300km2 du périmètre Unesco. Ceux-ci se trouvent au fond de la gorge de la Massa, à la hauteur du barrage de Gebidem qui retient les eaux du glacier. La solution proposée par la commune consistait à reculer la limite Unesco du mur du barrage au fond du lac, quelques centaines de mètres plus loin. Les citoyens de Ried-Mörel ont refusé à 123 contre 46 la proposition officielle de l'OFEFP qui mettait la limite de la frontière pour le domaine de l'Unesco dans la région Riederhorn/Gebidemstausee/Belalp et ont accepté par 114 voix contre 59 la proposition communale. Les habitants de Ried-Mörel ont ainsi accepté le projet de mettre la région du glacier d'Aletsch dans le patrimoine mondial de l'Unesco, mais ils se sont laissés la porte ouverte au développement touristique futur. Celui-ci consistait à une éventuelle liaison téléphérique entre Riederalp et Belalp, la station de Naters située de l'autre côté du glacier d'Aletsch.

Les cantons de Vaud et de Fribourg avaient mis à l’enquête publique à la fin 1998 un plan de protection de la réserve naturelle au sud du lac de Neuchâtel, la Grande Cariçaie, qui forme le plus grand marais lacustre de suisse. Toutefois, quelque 100 000 oppositions sont parvenues auprès des services cantonaux compétents. L’association Aqua Nostra, constituée par les détracteurs du plan de protection, a représenté près de 90% de la masse des oppositions. Dans le courant de l’été, les cantons de Fribourg et de Vaud, les communes riveraines du sud du lac de Neuchâtel et le directeur de l’OFEFP ont toutefois trouvé un compromis pour concrétiser la constitution de réserves naturelles. L’OFEFP a accepté d’octroyer d’importantes concessions aux usagers du lac afin de faire avancer le dossier: certaines zones de réserves des oiseaux d’eau ne seront plus interdites à la navigation comme le prévoyaient les premières dispositions de protection, l’utilisation des rives par la population locale pourra se poursuivre. Le port de Gletterens sera maintenu, mais son accès sera limité afin de diminuer les nuisances. Le compromis en question a toutefois été rejeté par l’association Aqua Nostra qui a réclamé une étude sur les conséquences économiques, sociales et écologiques des projets de réserves naturelles, ainsi que l’élaboration d’une politique globale des réserves sur tout le pourtour du lac. En outre, l’association a demandé d’être associée à ces projets au même titre que Pro Natura et le WWF.

Le DFI a ensuite mis en consultation l'ensemble des cinq protocoles de la Convention des Alpes (agriculture de montagne, protection de la nature et entretien des paysages, aménagement du territoire et développement durable, tourisme et transports) discutés à Paris. La majorité des cantons alpins (10 sur 15, soit UR, SZ, OW, GL, GR, TI, VS, NW, AR, AI et ZG comme canton non alpin) ainsi que le SAB, le PDC, le PRD, l'UDC, le PdL (ex-PA) et les organisations économiques les ont sévèrement critiqués et les ont rejetés. Malgré les amendements apportés, ils seraient, selon eux, beaucoup trop unilatéralement axés sur la protection et ne feraient pas de place pour le développement économique des régions alpines. En revanche, le PS, l'AdI, le PL, les DS, les Verts et les organisations de protection de l'environnement se sont prononcés favorablement sur ces protocoles et ont soutenu leur ratification.

L'Allemagne, la France, l'Italie, la Yougoslavie, le Liechtenstein, l'Autriche et la Suisse ainsi que la CE ont décidé de mener une politique globale de conservation des Alpes par le biais d'une Convention sur la protection des Alpes qui tire son origine d'une résolution établie à la conférence de Berchtesgaden (RFA) en 1989. Une série de protocoles doit préciser les mesures à prendre et les lignes de conduite à tenir pour atteindre ce but. Cela concerne notamment cinq domaines: la protection de la nature et du paysage, les transports, l'économie de montagne, le tourisme et l'aménagement du territoire. Les transports forment le volet le plus important; il s'agit de diminuer les risques qu'ils font peser sur les hommes, les animaux et les plantes, en particulier par le transfert de la route au rail du transit de marchandises. Le projet de Convention mis en consultation par le Conseil fédéral a reçu un bon accueil de la part de la majorité des cantons, partis et organisations concernés. Certains opposants, notamment les cantons montagnards comme UR, GR, VS, TI, 0W et GL, ont cependant estimé qu'il portait atteinte à la souveraineté cantonale et qu'il pourrait nuire au développement économique des régions de montagne. La Suisse a ainsi signé la convention en novembre, à Salzbourg, tout en émettant certaines réserves et en signalant que le bon déroulement des négociations sur les protocoles additionnels serait une condition de la ratification.