La deuxième mouture du plan de protection de la Grande Cariçaie a suscité une nouvelle avalanche d’oppositions. Les cantons concernés, Vaud et Fribourg ont reçu, respectivement 20 000 et 6000 recours. La quasi-totalité des opposants a déposé un texte standard basé sur quatre arguments principaux, relayés par Aqua Nostra, le lobby des usagers de la nature : une inégalité de traitement entre les cantons de Vaud et de Fribourg, l’absence d’étude économique sur les effets de la protection des marais, une trop grande restriction de baignade et la suppression des chalets au bord des berges, prévue pour 2008. En réponse à ces oppositions et pour marquer leur soutien au projet officiel de protection de la rive du lac de Neuchâtel, Pro Natura, le WWF et l’Association suisse pour la protection des oiseaux ont réuni par pétition 70 000 signatures. Le Service fribourgeois, comme l’oblige la loi lors du traitement des oppositions, a reçu Aqua Nostra afin d’aplanir les divergences. La négociation n’a donné aucun résultat. En théorie, le canton de Fribourg devrait entendre individuellement chaque opposant, mais en pratique on s’achemine uniquement vers des rencontres avec les acteurs disposant d’une qualité d’agir. La procédure vaudoise n’oblige pas à de tels entretiens avec les opposants, mais le canton doit en revanche leur répondre individuellement.