Der Ständerat befasste sich als Erstrat in der Wintersession mit dem Geschäft. Da die vorberatende Kommission mit dem Antrag, dass der Bundesrat die neuen Richter wählen soll, überhaupt nicht einverstanden war, hatte sie einen Alternativvorschlag in Form eines eigenständigen Gesetzes ausgearbeitet. Wahlbehörde für die neuen Gerichte sollte gleich wie beim Bundesgericht die Vereinigte Bundesversammlung sein. Um ihr die Arbeit zu erleichtern, sollte jedoch eine von der Bundesversammlung gewählte Justizkommission, welche sich aus hoch qualifizierten Fachleuten zusammensetzt, geschaffen werden. Diese hätte zuhanden der parlamentarischen Richterwahlkommission die Ausschreibungen für vakante Stellen durchzuführen, die Bewerbungsdossiers zu studieren und Wahlvorschläge zu machen. Zudem würde sie das Parlament bei der Oberaufsicht über die Bundesgerichte unterstützen. Der Bundesrat war mit diesem Vorschlag einverstanden, da eine Wahlvorbereitung durch eine ausserparlamentarische Expertenkommission Gewähr für eine sorgfältige Kandidatenauswahl biete. Bekämpft wurde der Antrag jedoch von Carlo Schmid (cvp, AI), der in seinem Rückweisungsantrag vorschlug, auf diese Justizkommission zu verzichten. Unbestritten sei zwar, dass die Bundesversammlung Wahl- und Aufsichtsorgan auch für die neuen Gerichte sein soll. Um eine sorgfältige Auswahl der Richter durch die Bundesversammlung zu gewährleisten, sollte aber gemäss Schmid nicht eine Fachkommission gebildet, sondern die parlamentarische Richterwahlkommission mit einem ständigen Sekretariat versehen werden. Seine Kritik an der Schaffung einer Justizkommission begründete Schmid vor allem damit, dass dieses Gremium, wegen seiner fachlich prominenten Zusammensetzung und seiner hohen Legitimation infolge seiner Wahl durch die Bundesversammlung, in der Praxis nicht Hilfsorgan, sondern eine mächtige eigenständige Institution sein würde. Schmids Kritik konnte sich mit 22:18 Stimmen durchsetzen, und die vorberatende Kommission wurde beauftragt, eine Vorlage zur Stärkung der Richterwahlkommission auszuarbeiten. Bei der Beratung der Schaffung des Bundesstrafgerichts hielt sich der Ständerat weitgehend an die Regierungsanträge (mit Ausnahme der oben dargestellten Frage des Wahl- und Oberaufsichtsorgans). Die Beratungen zum Bundesverwaltungsgericht wurden noch nicht aufgenommen.

Im Herbst lieferte der Bundesrat in einer Zusatzbotschaft auch noch seinen Standortentscheid für die neuen Gerichte mit ihren rund 70 resp. 260 Arbeitsplätzen nach. Er beantragte, das Bundesstrafgericht in Aarau und das Bundesverwaltungsgericht in Freiburg anzusiedeln. Für Aarau sprach wegen der erforderlichen häufigen Kontakte zur Bundsanwaltschaft in Bern die zentrale Verkehrslage; für Freiburg die Tatsache, dass ein Teil des Personals der bisher in Bern und Lausanne angesiedelten Rekurskommissionen übernommen wird und zudem die Rekrutierung der gut 50 französischsprachigen Juristen und Juristinnen hier einfacher sein wird als an einem Standort in der Deutschschweiz. Ursprünglich waren 21 mögliche Standorte in acht Kantonen (AG, BE, BL, FR, LU, SG, SO und TG) evaluiert worden. In die engere Auswahl gelangten dann die Städte Aarau, Freiburg, Olten, St. Gallen und Solothurn (Zur Nichtberücksichtigung des Kantons Solothurn siehe auch die Antwort auf eine Frage Rudolf Steiner (fdp, SO) (01.5139)). Die von Tessiner Parlamentariern verlangte Ansiedelung eines der beiden Gerichte im Tessin erachtete der Bundesrat als nicht sachgemäss, da zu viele Kriterien nicht erfüllt seien. Negativ seien vor allem die zu periphere Lage sowohl für die meisten Prozessbeteiligten als auch für die Personalrekrutierung sowie die grosse Distanz zu juristischen Universitätsfakultäten. Insbesondere das Argument der dezentralen Lage wurde auch gegen den von vielen Ostschweizer Politikern mit Nachdruck geforderten Standort St. Gallen vorgebracht. Der Ständerat hat sich in seinen Beratungen in der Wintersession noch nicht zur Standortfrage geäussert.