La motion a été classée, le Conseil fédéral ayant respecté la volonté du Parlement. Les plans de restructuration d'Agroscope, présentés en mai 2020, prévoient un centre de recherche centralisé à Posieux dans le canton de Fribourg, deux centres régionaux (à Changins dans le canton de Vaud et à Reckenholz dans le canton de Zurich) ainsi que des stations d'essai décentralisées dans toute la Suisse.

Le Conseil fédéral souhaite restructurer Agroscope, comme il l'a fait savoir lors d'une conférence de presse organisée sous la pression des médias ayant eu vent de ses plans. Quelques 600 places de travail seraient ainsi touchées – soit la moitié des emplois –, une réduction des coûts de l'ordre de 20% étant planifiée principalement dans le domaine des charges opérationnelles. A cela s'ajoute la volonté de centraliser le gros des activités à Posieux dans le canton de Fribourg, alors qu'Agroscope s'étend actuellement sur douze sites répartis dans toute la Suisse. Le front d'opposition contre les plans du Conseil fédéral est large. Premiers touchés, les sites concernés par un éventuel transfert vers Posieux, tels que Tänikon dans le canton de Thurgovie, se dressent avec véhémence contre cette centralisation. Les élu.e.s de Thurgovie font remarquer que la Confédération vient d'investir dans ce pôle de recherche dans le cadre du projet «Swiss Future Farm» et font part de leur incompréhension, d'autant plus que des accords entre le canton et la Confédération ont été conclus en 2016 afin de maintenir les 100 places de travail à Tänikon; accords que la Confédération devrait donc rompre, comme l'explique le conseiller d'Etat thurgovien Walter Schönholzer (TG, plr). De plus, les élu.e.s de ce canton font remarquer que les conditions climatiques sont autres entre Fribourg et la Thurgovie, insistant de ce fait sur l'importance d'une recherche au niveau local. La conseillère aux Etats Brigitte Häberli-Koller (pdc, TG) s'est emparée de cette question en posant une série de questions au Conseil fédéral sur cette centralisation via une interpellation (18.3375). De plus, un interpellation d'urgence a été déposée par des député.e.s du parlement cantonal, texte demandant aux autorités cantonales de faire pression sur le Conseil fédéral afin de sauvegarder le centre de recherche. Porté par son parlement, Walter Schönholzer en appelle aux cantons voisins afin de s'opposer à cette restructuration, notamment à Zurich. La réaction y est, par ailleurs, semblable là-bas, 70 député.e.s de tous bords ayant signé un postulat d'urgence afin que le gouvernement zurichois fasse pression sur les autorités fédérales pour que les centres de recherche de Zürich-Reckenholz et Wädenswil soient maintenus. Cette fronde s'étend également en Romandie, qui accueille plusieurs pôles d'Agroscope, entre autres à Chagin, en Valais, mais également à Avenches avec le Haras national – le centre de recherche équin. Concernant ce dernier, le Conseil et observatoire suisse de la filière du cheval (COFICHEV) redoute un morcellement des activités du Haras en cas de baisse du budget; l'institution ayant, par ailleurs déjà subit des restructurations ces dernières années.
Lors de la deuxième rencontre du comité de projet externe – regroupant toute une série d'acteurs concernés – quant au futur d'Agroscope, Johann Schneider-Ammann a eu l'occasion de rappeler les objectifs visés par cette restructuration: à savoir, renforcer la recherche agricole suisse en réduisant les coûts liés aux infrastructures et en focalisant les domaines de recherche. Les cantons ayant participé à la rencontre ont ainsi pu exprimer leurs craintes concernant la centralisation de la recherche.

A la fin du mois de juillet, la Confédération s’est déclarée disposée à accorder des prêts sans intérêt afin d’atténuer les conséquences de la sécheresse. Ces demandes devaient toutefois être adressées aux cantons qui avaient, le cas échéant, la possibilité d’obtenir une participation fédérale. Une suspension du remboursement de l’aide déjà consentie était également possible. Il ne s’agissait donc pas d’aide directe ou forfaitaire. Cette aide aux exploitations en difficulté est possible en vertu de la loi sur l’agriculture. Peu de demandes de ce type avaient été adressée à l’OFAG à la fin du mois de juillet. L’autorité fédérale a également souhaité que les cantons, en tant que responsables de l’acheminement de l’argent vers les agriculteurs, versent les paiements directs de manière anticipée. Les cantons de Berne, Fribourg et Soleure ont annoncé de tels versements anticipés. L’OFAG a précisé ses intentions le dernier jour du mois de juillet en annonçant des mesures concrètes. Outre la baisse des prélèvements douaniers frappant le foin, des dérogations en matière de paiements directs et d’exigences pour l’agriculture biologique ont été accordées. Une mesure supplémentaire pour faire face aux difficultés d’approvisionnement en fourrage grossier a été prise en août par l’OFAG. Il a mis en place les conditions juridiques nécessaires à une taxation réduite des importations de balles d’ensilage d’herbes et de maïs d’ensilage, dès la mi-août. Ce prélèvement a même été supprimé, quelques jours plus tard, dans le cadre de nouvelles mesures d’aide aux agriculteurs. Elles comprenaient également des dérogations complémentaires concernant les paiements directs, les prestations écologiques requises et le contingentement laitier. Estimant les dommages subis par l’agriculture, suite à la sécheresse, à environ 350 millions de francs, le Conseil fédéral a adopté des mesures supplémentaires à la fin du mois de septembre. D’une part, il a admis que la réduction des paiements directs, conditionnée par la diminution des effectifs de bétail, serait en partie compensée en 2004. D’autre part, il a décidé d’accorder, selon une procédure simplifiée, des prêts remboursables aux nombreuses exploitations affrontant des difficultés de trésorerie. Ces deux mesures n’étaient toutefois réalisables que dans les limites des crédits agricoles actuels. Le gouvernement a adopté l’ordonnance sur la sécheresse au début du mois de novembre et rappelé qu’elle n’occasionnerait pas de dépenses supplémentaires. Il s’agissait de la base légale pour la compensation de la réduction des paiements directs et celle des prêts « sécheresse » au titre de l’aide aux exploitations.