Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Confrontée à une grande sous-capacité d'incinération, la Confédération a autorisé une mise en décharge des déchets tessinois et fribourgeois. Les premiers auraient dus envoyer leurs 150 000 tonnes annuelles d'ordures à Zurich, mais devant leur intransigeance et la continuation de mise en décharge au nez et à la barbe de la Confédération, l'OFEFP a régularisé le fait accompli. Concernant les déchets fribourgeois, la Confédération et le canton ont trouvé un accord, moyennant une dérogation à l'Ordonnance sur le traitement des déchets (OTD). La mise en balles des déchets de 153 communes fribourgeoises et leur stockage provisoire à l'usine Sorval de Châtel-Saint-Denis ont été suspendus en août, en contre partie la décharge à ciel ouvert de Sorval a été réouverte. Néanmoins, le canton de Fribourg continuera d'exporter la majorité de ses déchets ménagers à Zurich en attendant la mise en fonctionnement prévue pour août 2001 de l'usine d'incinération de Châtillon.

Le préposé à la surveillance des prix, Werner Marti, a commandé une expertise externe concernant les capacités des usines d’incinération des déchets actuelles et les besoins futurs (de nouvelles usines d’incinération sont prévues au Tessin, à Thoune (BE) et Fribourg). L’entrée en vigueur en 2000 de l’interdiction des décharges à ciel ouvert laisse supposer un besoin plus grand en usines d’incinération. Néanmoins, selon les conclusions de l’expertise, la construction de l’usine de Posieux (FR) suffirait à faire face aux besoins, si toutefois on prolongeait les heures d’exploitation des usines déjà existantes. La construction des usines de Thoune et du Tessin entraînerait des surcapacités causant une hausse des coûts pour les consommateurs. Fin janvier, malgré l’avis du surveillant des prix, les cantons et la Confédération se sont mis d’accord pour maintenir la planification des deux usines d’incinération projetées (Tessin et Thoune). L’OFEFP a estimé que la fermeture définitive des décharges nécessitait de nouvelles constructions, notamment pour prévoir des réserves de capacité si une installation tombait en panne ou si la quantité de déchets à éliminer augmentait.

Chargée de se prononcer sur l'opportunité de construire les usines d'incinération d'ordures ménagères (UIOM) de Posieux (FR) et de Lausanne eu égard aux surcapacités des fours des Cheneviers (GE), une commission de coordination tripartite - composée de représentants des cantons de Fribourg, Vaud et Genève et présidée par la Confédération - est parvenue à la conclusion que les deux projets devront bel et bien être réalisés à moyen terme, mais de façon échelonnée dans le temps: Ainsi, simultanément à l'utilisation des surcapacités de l'usine des Cheneviers via le transfert provisoire sur ce site d'une partie des déchets ménagers vaudois et fribourgeois, la première usine sera construite de manière à être opérationnelle à partir de 2001. Quant à la seconde, elle devra pouvoir entrer en fonction aux alentours de 2005. La question du choix de l'installation à réaliser en premier a pour l'heure été laissée ouverte.