Compte tenu des dispositions de la nouvelle loi sur l'énergie nucléaire et dans un souci consensuel, l'OFEN a associé le canton d'accueil (Zurich) et ses voisins (Argovie, Schaffhouse, Thurgovie, ainsi que l’Allemagne) aux travaux préparatoires d'autorisation générale pour la construction d'un dépôt en profondeur au Benken. Trois organes de consultation ont été mis en place: une commission composée de représentants des gouvernements des cantons concernés et du Land de Bade-Württemberg, un forum placé sous la direction de la DSN, dans lequel les experts des cantons et du Land de Bade-Württemberg traitent et discutent des diverses questions et enfin, un groupe de travail s'occupant de l'information et de la coordination.

L’Allemagne n’a pas tardé à réagir en mettant en place des mesures unilatérales. La première étape – le 17 avril, l’interdiction de survol du territoire allemand a été prolongée d’une heure le matin (de 6 à 7 heures) et avancé d’une heure le soir (de 21 à 22 heures). Les altitudes minimales des vols au-dessus du territoire allemand ont été rehaussées de 600 mètres (3'600 mètres). L’ordonnance allemande a aussi plafonné les mouvements au-dessus de son territoire: la première année, la limite sera de 110'000, puis l’année suivante (2004), elle sera abaissée à 80'000. Ces chiffres pourraient toutefois être revus selon l’activité de l’aéroport. La deuxième étape – le 10 juillet – prévoyait que les dérogations admises aux interdictions de vol seraient fortement restreintes. Seules les dérogations motivées par des conditions météorologiques seraient désormais autorisées (visibilité inférieure à 1'800 mètres), celles fondées sur des raisons d’ordre technique ne le seraient plus. Par ailleurs, elles devraient être approuvées par le service allemand du contrôle aérien. Comme ces mesures prétéritaient une trentaine d’atterrissages par jour, l’aéroport de Zurich a déposé une demande de modification du règlement d’exploitation (autorisation d’approches par le sud et l’est) auprès de l’Office fédéral de l’aviation civil (OFAC). Unique a également demandé l’autorisation d’installer des instruments d’aide à l’atterrissage (ILS) pour la piste sud (piste 34). Pour éviter la fermeture de l’aéroport pendant ces deux heures, l’OFAC a rapidement pris la mesure provisionnelle d’autoriser les avions à atterrir par l’est (piste 28) de 6 à 7 heures et 21 à 22 heures. La mesure était provisionnelle car les personnes concernées pouvaient faire recours auprès de la commission de recours du DETEC. Auparavant, l’OFAC a consulté le canton de Zurich et les quatre cantons voisins (AG, SG, SH et TG). Ces derniers ont exprimé leurs critiques vis-à-vis de la requête de l’aéroport.