Suite à une demande formulée par la CEATE-CE, le Conseil fédéral a déposé auprès du Comité permanent de la Convention de Berne une demande de rétrogradation du statut du loup de «strictement protégé» à «protégé». Ceci permettrait aux Etats parties de la Convention de Berne de ne pas avoir à recourir en permanence à la clause d'exception lors de l'abattage de ce prédateur. La Suisse avait déjà fait une telle demande en 2006; une demande refusée par le Comité permanent, dans un contexte où le loup n'avait pas la présence qu'il a aujourd'hui. La situation pourrait, cette fois-ci, être différente, la Suisse profitant du soutien d'autres pays, dont l'Allemagne, comme révélé par les médias.

La stratégie Sélection végétale 2050 délivrée par l'OFAG sous mandat du Conseil fédéral, s'appuie sur la vision 2050 pour la sélection végétale et présente les ambitions de cette dernière. Cette stratégie procure les bases légales aux décideurs en vue de l'attribution de fonds publics et sert de référence aux acteurs du domaine pour le développement de leur propre stratégie. Elle permet également une meilleure coordination entre les différents acteurs actifs dans la sélection végétale, permettant ainsi une utilisation plus efficiente des fonds publics. Des coopérations existent d'ores et déjà entre les acteurs privés et l'Agroscope – la seule institution publique active dans ce domaine. La sélection d'une nouvelle variété coûte en moyenne CHF 345'000 et un poste et demi est en général consacré par espèce. En comparaison internationale, les programmes suisses de sélection sont modestes. La Suisse investit 10 millions de francs par an dans ce domaine (40% proviennent de fonds publics, le reste de fonds privés), soit 20 fois moins que l'Allemagne. Pourtant, la Confédération estime qu'il est important d'investir dans cette branche, la raréfaction des ressources et la démographie étant deux défis d'ampleur pour la sélection végétale et la garantie d'un approvisionnement alimentaire de qualité et en suffisance.
Les objectifs de la stratégie Sélection végétale 2050 se répartissent en trois catégories. Premièrement, il s'agit de mettre à disposition des variétés adaptées aux conditions climatiques de la Suisse, répondant aux besoins du marché et qui soient de qualité. Deuxièmement, il s'agit de contribuer à une agriculture et à un secteur agroalimentaire durables. Pour cela, il s'agit de développer des systèmes de production peu gourmands en ressources ainsi que renforcer la compétitivité. Finalement, le troisième objectif se concentre sur l'approvisionnement en suffisance de la population et cela en respectant les bases naturelles indispensables à la vie, en Suisse ainsi qu'à l'étranger.
Pour réaliser ces objectifs, sept axes stratégiques ont été réfléchis: étoffer le portefeuille de programmes de sélection, lancer de manière efficace des nouvelles variétés sur le marché, renforcer la coopération entre acteurs impliqués, intensifier la recherche, la formation et le perfectionnement dans ce domaine, créer des conditions-cadres intéressantes pour la sélection végétale en Suisse et à un niveau international en ce qui concerne les normes, les réglementations et les standards, informer et sensibiliser l'opinion publique sur ces questions de la sélection végétale et finalement, garantir des ressources financières afin de voir ce domaine se développer avec succès. L'OFAG est chargé d'élaborer, avec différents partenaires, un plan de mesures afin de mettre les axes stratégiques susmentionnés en œuvre. Une évaluation de la présente stratégie sera effectuée en 2025 afin, le cas échéant, de l'adapter pour la suite de la mise en application qui s'étendra jusqu'à 2050.

L’année sous revue a été marquée par de vives tensions sur le marché laitier national. Au vu de l’augmentation récente et importante des coûts de production de lait (les fourrages ayant renchéri de 15%, le carburant de 18% et les engrais de 30%), la Fédération des producteurs suisses de lait (FPSL) a demandé une augmentation substantielle du prix du lait en début d’année, le producteur étant payé 75 centimes par litre. Au mois de mai, les négociations entre producteurs et transformateurs n’ont pas abouti, ces derniers refusant toute augmentation du prix payé aux premiers. Fin juin, dans la lignée des revendications identiques des producteurs de lait de plusieurs pays européens (Allemagne, Autriche, Pays-Bas et Belgique) et des grèves qui y ont été lancées, deux organisations agricoles (Uniterre en Suisse romande et la Bäuerliche Interessengruppe für Marktkampf (Big-M) en Suisse alémanique) ont lancé une « grève du lait », afin de tenter de faire entendre leurs revendications. Cinq jours après le démarrage de ces mouvements, la FPSL, réunie en assemblée extraordinaire, a lancé un ultimatum aux quatre plus grands transformateurs de lait du pays (Emmi, Cremo, Elsa et Hochdorf-Swissmilk), les menaçant de rejoindre la grève si une hausse substantielle des prix n’était pas acceptée. Sous la menace, les principales centrales laitières ont finalement accepté de verser six centimes de plus par kilo de lait aux producteurs (l’accord étant valable six mois à partir du 1er juillet), mettant ainsi fin à une grève de sept jours. Le commerce de détail a rapidement annoncé une répercussion de cette hausse sur le prix des produits laitiers. Cette hausse des prix payés aux producteurs a cependant êté remise en question au mois de novembre, ceux-ci enregistrant alors des baisses de l’ordre de 3,5 à 4,5 centimes par litre de lait payé. Les centrales laitières ont justifié ces « retenues » (et non « baisse de prix », selon leurs termes) par la surproduction et la baisse des prix à l’étranger. Anticipant la libéralisation totale du marché laitier en 2009, certaines centrales laitières ont encore fait chuter les prix payés au producteur, afin, selon elles, que les produits suisses restent compétitifs et soient capables de garder des parts de marché face aux produits importés.

Suite à l’aggravation de la situation de la grippe aviaire en début d’année (des oiseaux sauvages atteints de la maladie ayant été découverts en Italie, en Allemagne et en Grèce), le Conseil fédéral a décidé, à partir du 20 février, d’interdire à nouveau la détention de la volaille en plein air (ainsi que les marchés et expositions de volaille). Afin d’éviter que des oiseaux sauvages n’introduisent le virus de la grippe aviaire dans la population de volaille suisse, le gouvernement a imposé que les gallinacés soient détenus dans des enclos munis d’un toit en auvent et de grilles sur les côtés. La mesure, qui a duré jusqu’au 1er mai de l’année sous revue, a porté ses fruits, puisque, malgré la découverte de 32 oiseaux sauvages trouvés morts et porteurs du virus H5N1 sur le territoire suisse entre le 26 février et le 31 mars, aucun cas d’élevage de volaille contaminé par le virus n’a été signalé. En outre, dans la lutte au niveau de la prévention contre la maladie, la Suisse a lancé en fin d’année avec l’Allemagne et l’Autriche le programme de recherche « Constanze ». Ce dernier prévoit, pendant trois ans, la mise sur pied de divers projets de recherche autour du lac de Constance, qui permettront d’obtenir de nouvelles connaissances scientifiques sur la grippe aviaire.

Malgré un faible risque de propagation de la grippe aviaire par les oiseaux migrateurs, plusieurs spécialistes ont recommandé aux éleveurs et aux vétérinaires la plus grande vigilance au mois d’août. À la même période, l’OVF a étendu à la Russie et au Kazakhstan l’interdiction d’importation de viande qui avait été émise une année et demie plus tôt pour cause de grippe aviaire en Asie. Une interdiction identique a été appliquée à l’encontre de la Roumanie et de la Turquie en octobre. Le Conseil fédéral a décidé, de son côté, d’allouer 4,8 millions de francs à la lutte contre la maladie menée par l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) en Asie. Après l’Allemagne et l’Autriche, le gouvernement a imposé à son tour, à la fin octobre, le confinement préventif des volailles, pour éviter les risques de transmission de la grippe aviaire par les oiseaux migrateurs. À la mi-décembre, le Conseil fédéral a levé définitivement la mesure de confinement des volailles. Il a également approuvé les propositions du DFI visant à prévenir une pandémie de grippe aviaire en Suisse, alors même qu’aucun cas humain n’y a encore été recensé et que la contamination d’homme à homme n’a toujours pas été scientifiquement prouvée. Il a ainsi donné son aval à l’achat de 100 000 doses de vaccin contre le virus H5N1 et confirmé une première décision au sujet des réserves du médicament antiviral Tamiflu. La Confédération disposera ainsi d’un stock suffisant pour traiter un quart de la population.

Afin qu’ils ne puissent pas profiter d’une double rétribution, l’OFAG a indiqué que la centaine d’agriculteurs suisses qui exploitent des terres en Allemagne et qui souhaitent une aide financière de l’UE, verront le cas échéant leurs paiements directs diminuer. La Suisse et le Bade-Wurtemberg ont d’ailleurs mis un terme au différend qui les opposait sur l’exploitation de terres allemandes par des paysans suisses. Le conseiller fédéral Joseph Deiss a accepté les restrictions posées par le Land allemand à l’achat de terres agricoles. Les autorités de Stuttgart devaient modifier d’ici à la fin de l’année sous revue leur législation, afin d’éviter que les paysans suisses n’acquièrent des terres à des prix que leurs collègues allemands ne peuvent pas offrir. Le Land sera ainsi à l’avenir autorisé à intervenir dès que les prix offerts par certains acquéreurs atteignent 120% des valeurs locales habituelles, contre 150% jusqu’alors.

L’enregistrement de l’emmental a fait vivement réagir plusieurs acteurs européens, qui se sont montrés critiques face à l’octroi d’une AOC pour ce fromage. L’industrie laitière allemande (d’ailleurs soutenue par les producteurs français, danois et autrichiens) a notamment demandé à la Commission européenne d’intervenir. Cette dernière, invoquant les accords internationaux de 1951, qui permettent à tout producteur de fromage d’utiliser ce nom, a émis ses « doutes » sur l’enregistrement de l’Emmentaler comme AOC. Elle considère plutôt ce nom comme une expression générique. Dix recours contre cette appellation ont finalement été déposés, dont ceux des producteurs de lait français et allemands.

Les exportations de boeuf suisse vers l’UE ont pu reprendre pour la première fois depuis près de six ans. Une première livraison a eu lieu en Allemagne en début d’année. L’Irlande, le Portugal et la France ont également levé leurs restrictions. Ces limitations d’importation, conséquence de la crise de la vache folle, n’avaient pas été édictées par l’UE mais par ses pays membres. Ces bovins seront désormais accompagnés d’un passeport assurant une identification sûre des animaux exportés.

En début d’année, la Tête de moine fut le second fromage suisse à obtenir l’appellation d’origine contrôlée (AOC), après l’Etivaz. La Tête de moine sera produite dans le canton de Berne dans les districts de Moutier et de Courtelary, et dans le Jura dans les Franches-Montagnes et dans le district de Porrentruy. Aucune opposition n’a été déposée au cours de la mise à l’enquête. Un heureux parcours auquel n’a pas eu droit le gruyère, qui a dû batailler ferme pour finalement obtenir son AOC en été. Après la levée de bouclier d’une cinquantaine de producteurs lors de la mise à l’enquête, les opposants se sont en définitive accordés sur un cahier des charges satisfaisant toutes les parties, pressées de trouver un accord afin de protéger le gruyère de l’ouverture totale du marché fromager européen en 2006. Armée de ce label prestigieux, l’Interprofession des producteurs de gruyère (IPG) escompte une production annuelle de 30 000 tonnes, soit 2500 de plus qu’actuellement. Les cantons de Vaud, de Fribourg, du Jura, de Neuchâtel et quelques districts et communes bernois sont concernés par cette AOC. Le Valais se consolera avec son eau-de-vie de poire, après le rejet par l’OFAG de la seule opposition à la demande d’AOC déposée par les producteurs de ce spiritueux, dont 750 000 bouteilles sont vendues par année en Suisse, en France et en Allemagne. Après l’Etivaz, le gruyère, la Tête de moine, la semoule Rheintaler Ribel et la Damassine, l’eau-de-vie de poire est ainsi devenu le sixième produit helvétique à bénéficier de l’AOC, et le premier produit du Valais. Le canton a déposé trois autres requêtes pour le pain de seigle, l’eau-de-vie d’abricot et «la raclette». Pour ce dernier met, sa demande d’enregistrement d’AOC a motivé de très nombreuses critiques, notamment de la part des producteurs suisses de lait qui ne veulent pas que le terme générique «raclette» soit réservé au seul canton du Valais.

En fin d’année, l’Office vétérinaire fédéral a pris les devants en proposant au Conseil fédéral de bannir les farines animales de l’alimentation de tous les animaux d’élevage. Jusqu’alors, les mesures d’interdiction touchaient uniquement les farines destinées aux ruminants. La Suisse produisait ainsi 200 000 tonnes de déchets carnés issus des abattoirs, dont la moitié était transformée en farine. Par ce biais, l’administration fédérale espérait rendre totalement imperméable la propagation de l’encéphalopathie spongiforme bovine. Allant encore plus loin dans ces mesures, et exploitant à bon compte la psychose ambiante, l’UDC a demandé au Conseil fédéral que la Suisse interdise le gros bétail étranger sur son territoire. Dans la foulée, et afin de rassurer la population, l’OVF a annoncé renoncer à la diminution du nombre des tests, décidée quelques semaines plus tôt. L’Office avait en effet programmé de ne tester plus que 4000 vaches par année, au lieu des 7000 habituels. Le climat tendu a eu raison de cette proposition. A la même période, les ministres de l’Agriculture de l’UE réunis à Bruxelles ont aussi décidé d’une augmentation drastique du nombre d’analyses, de 170 000 à 400 000 par année. Dans le même temps, les Pays-Bas, la Grèce et l’Allemagne ont fermé leurs frontières aux pays européens producteurs de farines animales, parmi lesquels la Suisse apparaissait en bonne place.

Le phénomène de la «maladie de la vache folle» a pris une tournure jamais atteinte, plaçant la polémique dans une spirale de psychose grandissante du côté des consommateurs suite à de nouvelles découvertes de vaches malades en Suisse. Premier jalon d’une panique qui a eu de sensibles conséquences au niveau de la consommation de viande bovine, l’Office vétérinaire fédéral (OVF) a annoncé au début de l’année sous revue avoir dénombré 50 cas d’encéphalite spongiforme bovine (ESB) en 1999, alors que «seulement» 14 cas avait été détecté au cours de l’année précédente. En contrepartie, les producteurs et les autorités helvétiques ont pu se féliciter de la levée par l’Allemagne de l’embargo sur le bœuf suisse, décrété en 1996. Plus précisément, cette mesure saluée par le Secrétariat d’Etat à l’économie et l’OVF faisait suite à la classification de la Suisse par le comité scientifique de l’UE en catégorie 3 – risque probable mais non confirmé, ou confirmé mais faible – au «palmarès» des pays européens producteurs de bœuf. Rejoignant l’Allemagne, la France et l’Italie, ce rang a offert à la Confédération un argument de poids dans ses négociations avec les quarante pays qui boycottaient encore la viande bovine helvétique, faisant chuter les exportations suisses d’animaux vivants de 15 000 en 1995 à 11 en 1999 ! Autre bon point pour la Suisse : la France a choisi un test zurichois pour soutenir son vaste programme de dépistage de l’ESB à l’échelon national. L’entreprise Prionics a été préférée à deux autres tests français et irlandais. Ce choix marquait une reconnaissance des méthodes de dépistage helvétiques, dont les principales caractéristiques ont été utilisées par la France dans l’examen de 48 000 vaches sur l’ensemble de son territoire. Enfin, l’OVF a insisté plusieurs fois au cours de l’année sous revue sur la date probable de l’éradication totale des cas d’ESB dans le cheptel suisse : selon l’Office fédéral, la population bovine nationale (1,7 millions de têtes) devrait encore receler environ 150 cas de vaches atteintes par les germes de la maladie, mais dont l’infection n’a pas encore pu être détectée. 110 d’entre elles devraient être reconnues dans les années à venir, et la maladie devrait être éradiquée à l’horizon 2010.