Der Entscheid des Ensi, dem AKW Beznau 1 die Wiederbetriebsaufnahme zu erlauben, stiess in diversen Kreisen auf Widerstand und löste grosses Interesse in den Medien aus. Die Grünen drohten mit der Lancierung einer Volksinitiative mit dem Ziel, Beznau 1 innert einem Jahr nach Annahme stillzulegen. Um bei einer Zwangsabschaltung mögliche Schadenersatzforderungen seitens der Betreiberin Axpo auszuschliessen, würde der Initiativtext so formuliert werden, dass nur geringe bis keine Geldforderungen geltend gemacht werden könnten. Mangels Absprache unter den beteiligten AKW-Gegnern sah die Grüne Partei später vorerst von diesem Vorhaben ab. Anstelle der Volksinitiative reichte die Grüne-Fraktion eine Motion (18.3101) ein mit dem Ziel, beiden Blöcken von Beznau die Betriebsbewilligung zu entziehen. Zuvor hatte sie auch schon mit einer bereits eingereichten Motion (18.3010) «Keine Lex Beznau» versucht, einen vorläufigen Verzicht auf die geplanten Verordnungsänderungen im Kernenergiebereich und auf eine Abschwächung der zulässigen Strahlenschutzbestimmungen zu erreichen.
Kritik zu diesen geplanten Verordnungsänderungen kam auch seitens der SP. Diese reichte, nebst dem Startschuss zur Unterschriftensammlung für eine Petition «gegen die Aufweichung der AKW-Sicherheit», beim UVEK eine Aufsichtsbeschwerde mit dem Vermerk «Skandal» ein. Konkret richtete sich diese Beschwerde, wie auch schon die Motion Kälin «Keine Lex Beznau», gegen das Vorhaben des Bundesrates, die Anforderungen an die maximale Strahlenbelastung im Falle eines Erdbebens von einem Millisievert auf 100 Millisievert abzuschwächen. Dies sei skandalös, da betreffend diesen Wert derzeit beim Bundesverwaltungsgericht ein Beschwerdeverfahren gegen das Ensi vorliege und dem AKW Beznau die Betriebsbewilligung im Falle eines Grenzwertes von 1 Millisievert entzogen werden müsste. In der Beschwerde forderte die SP deshalb, dass der Axpo die Betriebsbewilligung für Beznau 1 und 2 entzogen wird sowie dass die geplanten Änderungen in den Verordnungen bis zum Ende des Rechtsstreits aufgeschoben werden.
Für Stirnrunzeln sorgte das Vorhaben des Bundesrates auch im bürgerlichen Lager. So forderte Ständerat Damian Müller (fdp, LU) in einem eingereichten Postulat (18.3175) einen Prüfbericht im Bereich Strahlenschutz. Er sei zwar grundsätzlich nicht gegen den Betrieb der bestehenden AKW, solange sie sicher seien, gerade Letzteres bezweifle er angesichts der aussergewöhnlichen Änderung der Spielregeln während eines Rechtsverfahrens jedoch.
Des Weiteren meldeten sich auch aus dem Nachbarland Deutschland kritische Stimmen aus verschiedenen Parteien, unter anderem von den Grünen, der SPD und der CDU, zur erneuten Inbetriebnahme. Auch das Ministerium für Umwelt, Klima und Energiewirtschaft des Bundeslandes Baden-Württemberg kritisierte die geplanten Anpassungen der Strahlenschutzbestimmungen in einem Brief an die Schweizer Regierung.
Zuletzt äusserten auch die Kantone Zürich, Basel-Stadt, Waadt, Freiburg, Tessin, Appenzell-Innerrhoden, Schwyz sowie Bern ihre Bedenken. Die Schwyzer Regierung schrieb beispielsweise, man dürfe die Sicherheitsanforderungen nicht abschwächen, und der Berner Regierungsrat bezeichnete die Senkung des Sicherheitsniveaus als «nicht hinnehmbar».

Compte tenu des dispositions de la nouvelle loi sur l'énergie nucléaire et dans un souci consensuel, l'OFEN a associé le canton d'accueil (Zurich) et ses voisins (Argovie, Schaffhouse, Thurgovie, ainsi que l’Allemagne) aux travaux préparatoires d'autorisation générale pour la construction d'un dépôt en profondeur au Benken. Trois organes de consultation ont été mis en place: une commission composée de représentants des gouvernements des cantons concernés et du Land de Bade-Württemberg, un forum placé sous la direction de la DSN, dans lequel les experts des cantons et du Land de Bade-Württemberg traitent et discutent des diverses questions et enfin, un groupe de travail s'occupant de l'information et de la coordination.

L'Allemagne a donné raison à ses concitoyens en contestant le Benken comme site d'entreposage définitif des déchets radioactifs. Elle critiquait la procédure suisse et invitait Berne à reprendre à zéro son évaluation des solutions de stockage, moyennant des alternatives. Après les avoir gelé, les autorités allemandes ont rejeté les conclusions du groupe d'experts allemands (AkEnd) qu'elles avaient mandaté pour se pencher sur la procédure de sélection suisse. L'AkEnd avait conclu dans son rapport que cette dernière remplissait les exigences en place sur le plan international. La préférence accordée pour des raisons de sécurité au Benken en vue de la réalisation du dépôt suisse de HAA/LMA en profondeur lui paraissait justifié. Le reproche d'avoir intentionnellement choisi un site proche de la frontière était sans fondement. L'avis de AkEnd ne reflétait pas l'opinion du Ministère fédéral allemand.

Le Conseil fédéral a publié son message concernant l'autorisation générale pour le dépôt intermédiaire central de déchets radioactifs, situé à proximité de l'institut Paul Scherrer à Würenlingen (AG). Cette autorisation était sollicitée par la société ZWILAG qui réunit les propriétaires des principales centrales nucléaires suisses. Ce dépôt pourra recevoir des déchets radioactifs de toutes catégories. Dans son message, le Conseil fédéral a également répondu aux multiples oppositions qui lui étaient parvenues lors de la mise à l'enquête. La ZWILAG s'est engagée à reprendre également les déchets radioactifs relevant de la responsabilité de la Confédération, à savoir ceux provenant de l'industrie, de la médecine et de la recherche; ces derniers ne représentent toutefois qu'une faible proportion des déchets radioactifs produits en Suisse, la majorité d'entre eux provenant essentiellement de l'exploitation des cinq centrales nucléaires. Les coûts totaux du dépôt ont été évalués à quelques CHF 500 millions. La participation financière de la Confédération à la construction du dépôt a été fixée à CHF 30 millions, ce qui correspond approximativement au pourcentage de déchets radioactifs à traiter qui relèvent de la responsabilité de la Confédération. En août, la société ZWILAG a transmis au Conseil fédéral une demande d'autorisation pour la construction et l'exploitation du dépôt intermédiaire de Würenlingen. Près de 500 oppositions contre cette demande, dont une majorité émanant d'Allemagne, ont été transmises au Conseil fédéral. La commune de Würenlingen a également exigé des rapports supplémentaires sur la sécurité de l'installation.

Quelque 10'800 oppositions – la plupart issues d'Allemagne et d'Autriche sous la forme de textes photocopiés – contre le projet de dépôt intermédiaire pour déchets radioactifs à Würenlingen (AG) ont été déposées lors de la seconde phase de la mise à l'enquête. Les principaux reproches portaient sur l'augmentation des transports de déchets radioactifs et sur la solidité insuffisante des halles de stockage qui ne résisteraient pas à la chute d'un avion. Les organisations écologistes préféreraient que l'entreposage des déchets ait lieu sur le site même des centrales nucléaires.