Les chambres ont adopté une motion du sénateur Claude Janiak (ps, BL) chargeant le Conseil fédéral d’allonger de cinq ans les délais pour la réalisation du raccordement de l’aéroport de Bâle-Mulhouse au réseau ferroviaire. Ce projet est censé bénéficier du soutien de la Confédération pour un montant de CHF 25 millions au titre de la première phase du raccordement aux lignes à grande vitesse à condition toutefois que les travaux débutent d’ici à fin 2010 et s’achèvent au plus tard en 2015. Or, en raison du statut trinational de l’aéroport, l’élaboration du projet s’est avérée très complexe, exigeant notamment de longues négociations entre les partenaires des trois pays, de telle sorte que les travaux ne peuvent débuter en 2010. Si l’arrêté fédéral voté en 2005 laissait au gouvernement la possibilité de proroger ces délais, la motion transmise par les chambres l’y oblige.

La Délégation de surveillance de la NLFA (DSN) s’est inquiétée du raccordement de l’axe suisse nord-sud au réseau ferroviaire allemand. En raison des nombreuses oppositions au projet d’élimination du goulet d’étranglement sur le tronçon Bâle-Karlsruhe (D), la mise en service des deux voies supplémentaires dédiées au trafic marchandises ne surviendra pas d’ici à l’ouverture du tunnel de base du Gothard, en 2017. La DSN a invité les CTT des chambres à se saisir du problème.

En juin, lors des délibérations du Conseil national sur le rapport de la DSN pour l’année 2006, le groupe UDC a déposé une demande de renvoi et une motion d’ordre visant à repousser le traitement de l’objet pour confier à la commission de gestion le mandat d’examiner le caractère contraignant et les garanties pour la Suisse des accords bilatéraux conclus avec l’Italie et l’Allemagne concernant la NLFA. Le conseiller national Baader (udc, BL) a rapporté que le directeur des chemins de fer italiens avait déclaré dans les medias que l’axe du Lötschberg était plus favorable au transport de marchandises que le tunnel du Ceneri. Selon son groupe, cette déclaration remet en cause le choix des Chambres d’investir CHF 3 milliards pour le percement de ce tunnel. Les autres partis ont réagi très négativement. Rappelant qu’il s’agissait uniquement de débattre du rapport d’activité 2006, ils ont dénoncé une nouvelle tentative de l’UDC visant à dénigrer le projet de la NLFA. Au vote, le Conseil national a rejeté par 125 voix contre 42 la demande de renvoi et par 115 voix contre 45 la motion d’ordre. Les deux Chambres ont par ailleurs pris acte du rapport de la DSN.

Le corollaire à ce traité, et qui figure dans le même message, est l'accord trilatéral entre la République fédérale d'Allemagne, la Suisse et l'Italie sur le trafic combiné rail-route. Ce texte vise à développer les infrastructures de ces pays dans le cadre de la solution transitoire (développement de la capacité des lignes du Lötschberg et du Gothard) dans l'attente des nouvelles transversales alpines. Pour qu'un flot ininterrompu de trafic ferroviaire soit assuré aux frontières suisses, l'accord prévoit la construction de diverses installations au nord et au sud de ces lignes, tels de nouveaux terminaux ainsi que des extensions de réseaux. Les chemins de fer italiens (FS) ont mis en fonction la première partie de la gare de triage de Domodossola 2. Cette installation est un élément capital dans le cadre du doublement de la voie du Lötschberg, de la revitalisation de la ligne du Simplon et de la réalisation des NLFA.
Ces textes ont été adoptés à l'unanimité par le parlement, malgré l'abstention des écologistes.

Le Conseil national a transmis le postulat Bircher (pdc, AG). Préoccupé par l'amélioration du trafic ferroviaire dans la vallée du Rhin, de Stein (AG) à Winterthour notamment, le député a proposé d'y réaliser pleinement les objectifs de Rail 2000. Sont en particulier concernés la mise sur pied d'un plan d'ensemble du trafic régional, une amélioration des horaires et des dessertes, une meilleure coordination des transports entre l'Allemagne et la Suisse et l'arrêt du démantèlement de certaines lignes.