Die bereits vor Ostern durchgeführte Kampagne gegen Taschendiebstähle im Zug wurde auch vor Weihnachten 2012 wieder aufgenommen. Auf den Strecken Basel-Interlaken, Basel-Chur, Basel-Luzern sowie Basel-Mannheim informierten gemischte Patrouillen der Transportpolizei der SBB und der deutschen Bundespolizei die Fahrgäste über die Tricks von Taschendieben und über einfache Vorsichtsmassnahmen. Die Zunahme von Diebstählen und Gewalt in Zügen wurde im Berichtsjahr von den Medien thematisiert. Im ersten Halbjahr 2012 habe die Gewalt gegen SBB-Personal um 20%, jene gegen andere Bahnkunden um 93% zugenommen. Diebstähle seien um 60% häufiger vorgekommen als im Vorjahr. Die SBB mahnte jedoch zur vorsichtigen Verwendung dieser Zahlen, da die Einstufung von Vorfällen zuweilen schwierig sei.

Um ihren Anteil im grenzüberschreitenden Verkehr zu erhöhen, gründeten die SBB und die Deutsche Bahn eine gemeinsame Marketing-Firma namens „Rheinalp“. Ähnliche Kooperationen pflegen die SBB bereits mit den Bahnen Italiens (unter der Marke Cisalpino) und Frankreichs (Lyria). Schwerpunkt der Zusammenarbeit mit Deutschland bilden Frankfurt, Stuttgart und München.

Alors que les trois partenaires de la TEE Rail Alliance avaient pris commande ensemble de 116 trains en début d’année, la Deutsche Bahn a renoncé à y participer, en raison de problèmes techniques. Les CFF et les ÖBB ont maintenu leur achat commun de 34 et 32 pendulaires à caisses inclinables. Au plan national, les CFF ont commandé une quatrième série de 70 wagons Intercity à deux étages pour un montant de CHF 217 millions. Dans la foulée, les CFF retireront du service plus d’une centaine d’anciens véhicules.

Les CFF, les chemins de fer allemands (DB) et autrichiens (ÖBB) ont signé un accord d'alliance: la TEE Rail Alliance (TransEuropeanExcellence). Les trois compagnies restent indépendantes l'une de l'autre. Leur premier objectif était de proposer un horaire adapté à tous et d'abandonner les changement de personnel et de trains à la douane. Le second visait à obtenir des tarifs unifiés et transparents. Les CFF, les DB et les ÖBB ont aussi émis la volonté de commander ensemble dans le futur 130 trains à caissons inclinables. Grâce à cette acquisition d'environ CHF 2,5 milliards, les coûts baisseraient de 10%.