L’Allemagne n’a pas tardé à réagir en mettant en place des mesures unilatérales. La première étape – le 17 avril, l’interdiction de survol du territoire allemand a été prolongée d’une heure le matin (de 6 à 7 heures) et avancé d’une heure le soir (de 21 à 22 heures). Les altitudes minimales des vols au-dessus du territoire allemand ont été rehaussées de 600 mètres (3'600 mètres). L’ordonnance allemande a aussi plafonné les mouvements au-dessus de son territoire: la première année, la limite sera de 110'000, puis l’année suivante (2004), elle sera abaissée à 80'000. Ces chiffres pourraient toutefois être revus selon l’activité de l’aéroport. La deuxième étape – le 10 juillet – prévoyait que les dérogations admises aux interdictions de vol seraient fortement restreintes. Seules les dérogations motivées par des conditions météorologiques seraient désormais autorisées (visibilité inférieure à 1'800 mètres), celles fondées sur des raisons d’ordre technique ne le seraient plus. Par ailleurs, elles devraient être approuvées par le service allemand du contrôle aérien. Comme ces mesures prétéritaient une trentaine d’atterrissages par jour, l’aéroport de Zurich a déposé une demande de modification du règlement d’exploitation (autorisation d’approches par le sud et l’est) auprès de l’Office fédéral de l’aviation civil (OFAC). Unique a également demandé l’autorisation d’installer des instruments d’aide à l’atterrissage (ILS) pour la piste sud (piste 34). Pour éviter la fermeture de l’aéroport pendant ces deux heures, l’OFAC a rapidement pris la mesure provisionnelle d’autoriser les avions à atterrir par l’est (piste 28) de 6 à 7 heures et 21 à 22 heures. La mesure était provisionnelle car les personnes concernées pouvaient faire recours auprès de la commission de recours du DETEC. Auparavant, l’OFAC a consulté le canton de Zurich et les quatre cantons voisins (AG, SG, SH et TG). Ces derniers ont exprimé leurs critiques vis-à-vis de la requête de l’aéroport.

Verschärfung der Flugbeschränkungen über Süddeutschland für den Flughafen Zürich (2003)
Dossier: Verhandlungen mit Deutschland betreffend den Flughafen Zürich