La Commission européenne a rejeté la plainte du Conseil fédéral contre les restrictions de vol allemandes. D’après elle, l’ordonnance allemande ne violait pas le principe de proportionnalité, ni ne discriminait la compagnie Swiss. Les mesures allemandes étaient justifiées et leurs effets limités ne pouvaient être atteints par d’autres moyens. Il n’y avait non plus pas de discrimination directe ou indirecte à ses yeux, car les transporteurs suisses et communautaires étaient pareillement soumis aux nouvelles règles. Le fait que Swiss soit plus touché que d’autres transporteurs avec de faibles parts de marché n’était pas suffisant pour établir une discrimination indirecte. Par ailleurs, Bruxelles était d’avis que l’accord bilatéral sur le trafic aérien constituait un échange de droits de trafic entre la Suisse et l’UE, mais que la Suisse ne participait pas pour autant au marché aérien intérieur européen comme elle croyait. N’adhérant pas aux conclusions de la Commission européenne, le Conseil fédéral a décidé de faire recours contre cette décision auprès de la Cour de justice des Communautés européennes. Il ne partageait pas l’appréciation de la Commission en ce qui concernait les répercussions effectives des restrictions, ni celle des bases juridiques. Selon lui, les restrictions étaient discriminatoires pour Swiss, parce que la compagnie, principale utilisatrice de l’aéroport de Kloten et ayant son centre opérationnel à Zurich, était la plus touchée. Par rapport à ses concurrents, elle était désavantagée dans son accès à l’espace aérien européen, ce qui constitue une discrimination indirecte. Quant à l’accord bilatéral, dont la Commission européenne l’a réduit à un seul échange de droits de trafic, le Conseil fédéral le concevait comme servant à ouvrir progressivement le marché du transport aérien à la Suisse. Les autorités fédérales tenaient donc à garantir que la Suisse puisse bénéficier des droits que lui confère l’accord.

Verschärfung der Flugbeschränkungen über Süddeutschland für den Flughafen Zürich (2003)
Dossier: Verhandlungen mit Deutschland betreffend den Flughafen Zürich