Zwei Tage nach dem Ständerat verhandelte auch der Nationalrat erneut über die Verpflichtungskredite ab 2019 des Programms Agglomerationsverkehr. Nachdem der Ständerat an der Differenz festgehalten hatte, beantragte auch die Kommissionsmehrheit der KVF-NR Festhalten: Die umstrittene Umfahrung Oberburg war ursprünglich im Nationalrat auf Antrag der KVF-NR ins Programm aufgenommen worden und die Kommissionsmehrheit sah keinen Grund, von ihrer Haltung abzurücken. Ein Minderheitsantrag Hadorn (sp, SO) verlangte die Zustimmung zum Ständerat und damit das Fallenlassen der Umfahrung Oberburg. Gestritten wurde im Plenum hauptsächlich über den Baubeginn in Oberburg: Während Bundesrätin Sommaruga betonte, dass der Bau auch bei Aufnahme ins Programm nicht vor 2022/2023 beginne, vertrat Nationalrat Grunder (bdp, BE) die Ansicht, bei diesem Termin handle es sich um die sichtbaren Bauarbeiten, die Vorarbeiten inklusive dem Bau der Tunnelbohrmaschine würden sofort beginnen, weshalb eine Nicht-Aufnahme ins Agglomerationsprogramm eben doch zu Verzögerungen führen würde.
Obschon die Verkehrsministerin wie in bisher jeder Debatte zum Geschäft erneut die Wichtigkeit der Gleichbehandlung aller Regionen beschwor und bei der Umfahrung Oberburg eine Bevorzugung gegenüber Projekten in Schwyz, St. Gallen, Basel Stadt und Genf ausmachte, stimmte der Nationalrat mit 131 gegen 56 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) auch dieses Mal für Festhalten.

À la fin de l’été, les CFF ont annoncé l’achat de matériel roulant pour les réseaux régionaux vaudois, bâlois et tessinois. Le conseil d’administration a octroyé un crédit de CHF 418,6 millions pour acquérir 32 trains automoteurs articulés de type « FLIRT », dont 19 sont destinés au RER vaudois, 11 au TILO tessinois et 2 au Regio-S-Bahn bâlois.

En avril, le DETEC a mis en consultation la vue d’ensemble du fonds destiné à la réalisation des projets d’infrastructure des transports publics (FTP) et le futur développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB). La réalisation du projet du ZEB (deuxième étape de Rail 2000) doit notamment permettre une réduction d’une demi-heure des temps de parcours entre l’ouest et l’est du pays et d’un quart d’heure entre les nœuds de Lausanne et de Berne, de Bienne et de Zurich, ainsi que de Zurich et de Saint-Gall. (Pour plus d’informations sur le FTP, voir ici.) Le projet englobe les besoins financiers révisés et le crédit d’ensemble actualisé de la NLFA, ainsi que le projet du ZEB. Il comporte six actes législatifs pour un montant total de CHF 31,5 milliards, dont CHF 19,1 milliards pour le crédit d’ensemble NLFA et CHF 5,2 milliards pour la réalisation du ZEB. Le volume d’investissement FTP est ainsi augmenté de CHF 1 milliard (3%) par rapport au projet initial afin de garantir le financement intégral de la NLFA et du ZEB dans le cas où les risques calculés se produiraient. Connaissant un accueil globalement mitigé, le projet a suscité de vives critiques de la part des cantons du nord-ouest du pays (Argovie, Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Berne, Jura et Soleure) et de l’arc lémanique. Leurs représentants ont dénoncé le choix du gouvernement de subordonner le financement du ZEB à celui de la NLFA, craignant que les surcoûts répétés de celle-ci ne mettent en péril la réalisation de projets jugés essentiels comme la troisième voie entre Lausanne et Genève et la transversale jurassienne (tunnel de Wisenberg notamment). Selon le projet du Conseil fédéral, ces deux infrastructures seraient en effet reléguées dans un second paquet et leur mise en service n’interviendrait qu’à l’horizon 2030. La Conférence suisse des directeurs cantonaux des transports a pris une position similaire en dénonçant le sacrifice des projets concernant le plateau au seul profit du Gothard. Elle a par conséquent réclamé à Moritz Leuenberger l’attribution de CHF 8 milliards en lieu et place des CHF 5,2 milliards prévus pour la réalisation du ZEB. À la mi-août, le ton est à nouveau monté d’un cran du côté des cantons romands après un éboulement survenu à Flamatt (FR) et ayant occasionné une interruption du trafic sur la ligne Fribourg-Berne durant une dizaine de jours. Cette coupure partielle de la Suisse occidentale par rapport au reste du pays a été érigée en symbole de la faillite prévisible d’une politique fédérale des transports sacrifiant le réseau ferroviaire de plaine à la faveur du trafic transalpin. Le gouvernement n’a pas donné suite aux exigences et critiques émises par les autorités cantonales durant la consultation. Le message qu’il a adopté en octobre, pour l’essentiel identique au projet mis en consultation, comporte toutefois un crédit de planification de CHF 40 millions pour établir un nouveau message (ZEB 2) censé répondre aux attentes des cantons en matière d’extension de l’infrastructure ferroviaire.

Pour répondre aux exigences du chef du DFTCE et de la délégation des finances, les CFF ont présenté en juin leur projet nommé «Rail 2000-1re étape», où le projet initial est revu à la baisse pour ne plus coûter qu'environ CHF 7.4 milliards. Ainsi, la proposition de relier les principaux noeuds ferroviaires helvétiques en moins d'une heure et à une cadence de trains de 30 minutes n'est maintenue que pour les lignes où la demande est suffisante. De la sorte, les CFF abandonnent ou renvoient une bonne partie de la construction des tronçons prévus tels que les lignes Kloten-Winterthour ou Muttenz-Olten. En conséquence, il subsistera essentiellement la ligne Mattstetten-Rothrist, utile pour la liaison Berne-Olten et pour absorber le trafic du nouveau Lötschberg, le tunnel de Vauderens entre Lausanne et Fribourg et le triplement de la ligne Genève-Lausanne jusqu'à Coppet. Pour compenser l'abandon de la construction de certaines infrastructures lourdes, les CFF ont annoncé vouloir améliorer leur matériel roulant, notamment en acquérant des rames de type Pendolino et des wagons à deux étages, ce qui devrait permettre de réduire les temps de trajet et accroître les capacités. En outre, la ligne du pied du Jura serait mise à égalité avec celle passant par Fribourg et Berne en termes de temps de parcours. Selon les CFF, ce nouveau programme respecterait les objectifs de Rail 2000; l'offre ferroviaire serait substantiellement améliorée avec une diminution du temps de parcours de huit pour cent entre les 23 villes principales de Suisse et avec une augmentation de la capacité de 13 pour cent. Des critiques sont notamment venues de Bâle, de Thurgovie, de Lucerne et de la Suisse orientale en général. Le gouvernement Saint-Gallois s'est clairement opposé au projet des CFF.

A Paris, en début d'année, a été créée, par l'Association Trans-Europe TGV Rhin-Rhône-Méditerranée, une société d'économie mixte franco-suisse dont le but est de recueillir les fonds nécessaires aux études préalables et à la déclaration d'utilité publique de la première étape du TGV Rhin-Rhône-Mulhouse-Dijon-Dôle. Les cantons de Vaud, Jura, Neuchâtel, Berne, Soleure, Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Argovie et Zurich y participent, intéressés qu'ils sont à une liaison du nord-ouest de la Suisse et du Jura à cette ligne. Les représentants de l'économie privée sont la Banque Nationale de Paris et la Société de Banque Suisse.